Trong giai đoạn này Agribank đang áp dụng cách điều chuyển vốn nội bộ dựa trên số liệu thừa thiếu vốn toàn chi nhánh, tức là điều chuyển vốn với phần chênh lệch ròng thay vì điều chuyển toàn bộ. Với cách làm này, các chi nhánh trong hệ thống có trách nhiệm tự cân đối nguồn vốn để phục vụ kinh doanh và đối với phần thừa thiếu thì sẽ có trụ sở chính đứng ra xử lý thông qua hệ thống điều chuyển vốn nội bộ. Các chi nhánh cũng được giao các hạn mức chênh lệch ròng tối đa để tuân thủ trong quá trình hoạt động của mình, đảm bảo nguyên tắc không vượt quá hạn mức này.
Trong khi đó thì giá điều chuyển vốn tại Agribank được xác định bằng một đường thẳng không phân biệt kỳ hạn. Các mức giá này bám rất sát diễn biến lãi suất trên thị trường, do tính chất trung bình của nó dựa trên vốn vay và huy động. Trong giai đoạn 2008 – 2013, lãi suất thị trường có những đợt biến động rất mạnh và giá điều chuyển vốn theo đó cũng được quan sát là có những điều chỉnh theo. Với cách thức xác định giá điều chuyển vốn rất đơn giản, hoàn toàn không phân biệt kỳ hạn mà Agribank áp dụng thì cho thấy những sự thích ứng không tốt với tình hình biến động của thị trường.
Việc làm này có khả năng tiềm ẩn những nguy cơ gia tăng rủi ro thanh khoản toàn hệ thống xuất phát từ những điểm yếu mà phương pháp FTP đơn nhóm giá cộng với cách thức điều chuyển vốn ròng. Thực tế cho thấy rằng với nhiều chi nhánh, để tối đa hóa lợi nhuận thì họ chỉ tập trung vào những mảng kinh doanh tiền gửi hay tiền vay có lợi ích cho họ. Ví dụ như huy động vốn ngắn hạn (lãi suất thấp) và cho vay vốn dài hạn (lãi suất cao), từ đó làm mất cân đối kỳ hạn của nguồn vốn một cách nghiêm trọng. Lúc này cơ chế FTP không còn hiệu quả khi không đảm bảo được thanh khoản cũng như đáp ứng yêu cầu chiến lược kinh doanh chung trên toàn hệ thống. Mục tiêu quản lý rủi ro bị bỏ qua đối với không những chi nhánh mà trụ sở chính còn tỏ ra bất lực.
Cách quản lý của Agribank là làm cho chi nhánh hoạt động như một ngân hàng con độc lập, tự sắp xếp nguồn vốn và cũng đồng thời tự mình quản lý rủi ro. Thực tế ghi nhận lượng vốn điều chuyển qua lại giữa chi nhánh và trụ sở chính chiếm tỷ lệ rất thấp so với quy mô vốn huy động hay cho vay.