+ Hệ thống tài khoản kế toán tài chính được sử dụng tại các TĐKT hiện nay vẫn chưa hoàn toàn đáp ứng được yêu cầu hệ thống hoá thông tin để lập một số chỉ tiêu trên BCTC riêng, đặc biệt đối với việc thực hiện các bút toán điều chỉnh, loại trừ khi lập BCTCHN liên quan đến các chỉ tiêu phản ánh các giao dịch nội bộ tập đoàn như các khoản công nợ, hàng tồn kho, TSCĐ, doanh thu, giá vốn…
+ Việc lựa chọn một hệ thống tài khoản thích ứng và phù hợp với yêu cầu quản lý ở một số tập đoàn kinh tế nói chung và công ty mẹ nói riêng đôi
khi cũng chưa được chú trong đúng mức, hoặc vận dụng kém hiệu quả, đặc biệt chưa xây dựng được phân hệ tài khoản kế toán phục vụ cho công tác kế toán quản trị mà mới chỉ dừng lại ở việc phục vụ cho công tác kế toán tài chính. Thậm chí, ở một số công ty mẹ của TĐKT tư nhân, việc sử dụng các tài khoản chi tiết để phản ánh một cách cụ thể các nội dung về chi phí, doanh thu, kết quả kinh doanh chưa được thực hiện nên ảnh hưởng trực tiếp đến chức năng cung cấp thông tin của kế toán đối với công tác quản trị tại những tập đoàn này.
+ Một số nghiệp vụ kinh tế phát sinh không được phản ánh kịp thời, phản ánh không đúng quy định, lẫn lộn giữa các tài khoản hoặc chưa có sự thống nhất về tài khoản kế toán sử dụng giữa các đơn vị trong tập đoàn dẫn đến số liệu trên sổ kế toán và báo cáo kế toán thiếu chính xác và không hợp lý.