+ Việc lựa chọn hình thức kế toán nào là do đơn vị thành viên tập đoàn tự quyết định trên cơ sở phù hợp với đặc điểm và yêu cầu quản lý cũng như trình độ của người làm kế toán. Song thực tế cho thấy có những mẫu sổ không được sử dụng hoặc nội dung ghi chép trong sổ chưa đầy đủ. Đại bộ phận mới chỉ sử dụng hệ thống sổ kế toán tổng hợp, còn hệ thống sổ kế toán chi tiết thực hiện chưa đầy đủ kể cả mẫu sổ và các chỉ tiêu phản ánh trên sổ.
+ Hệ thống sổ kế toán trong các tập đoàn hiện nay được mở chủ yếu phục vụ cho việc tổng hợp số liệu tại các đơn vị riêng biệt, còn các sổ chi tiết liên quan quá trình hợp nhất BCTC được mở nhưng chưa theo dõi một cách triệt để đối với các giao dịch nội bộ. Trong bộ hồ sơ, tài liệu về các thông tin liên quan đến quá trình hợp nhất, nhiều tập đoàn chưa có sổ kế toán chi tiết các giao dịch nội bộ, đặc biệt là các giao dịch nội bộ liên quan đến doanh thu, chi phí, giá vốn hàng bán, hàng tồn kho, tài sản cố định. Do vậy, định kỳ các công ty con chỉ chuyển về phòng kế toán công ty mẹ hệ thống BCTC riêng. Thực trạng này gây khó khăn cho bộ phận lập BCTCHN tại công ty mẹ là không đủ cơ sở số liệu để tổng hợp toàn bộ các sự kiện, giao dịch nội bộ do vậy không thực hiện được bút toán điều chỉnh, loại trừ đối với công nợ, doanh thu, giá vốn, chi phí nội bộ và lãi (lỗ) nội bộ chưa thực hiện. Ngoài ra, tại một số tập đoàn mà điển hình là các tập đoàn kinh tế Nhà nước thì các khoản đầu tư liên
kết, liên doanh gần như không được theo dõi để phục vụ lập BCTCHN nên các tập đoàn này không mở các sổ chi tiết như sổ chi tiết theo dõi các khoản đầu tư vào công ty liên kết, liên doanh, sổ chi tiết theo dõi phân bổ khoản chênh lệch phát sinh khi mua khoản đầu tư liên kết, liên doanh, bảng xác định phần lợi nhuận hoặc lỗ trong công ty liên kết, liên doanh, bảng phân bổ chi phí chung, bảng phân chia sản phẩm, bảng phân chia doanh thu…Điều này sẽ gây hạn chế nhất định khi trình bày thông tin về chỉ tiêu liên quan đến khoản đầu tư liên kết, liên doanh trên BCTCHN.