Có thể khái quát nét đặc trưng cơ bản nhất của giai đoạn này, đó là sự thừa nhận tính cấp thiết và những nỗ lực theo hướng đưa quan hệ Mông Cổ - Việt Nam lên tầm chiến lược lâu dài và ổn định. Trước những diễn biến
của tình hình mới và của bối cảnh quốc tế ở vào nửa cuối thập niên 90, hai nước đều đã nhận thức được tầm quan trọng của việc thúc đẩy quan hệ hai bên lên một giai đoạn mới, một giai đoạn quan hệ cao hơn về chất. Cơ sở vững chắc để khôi phục và tiếp tục phát triển quan hệ Mông Cổ và Việt Nam là tình hữu nghị truyền thống gắn bó nhân dân hai nước qua nhiều thập kỷ, sự tương đồng về lợi ích và mục tiêu phát triển, sự gần gũi và trùng hợp quan điểm trên nhiều vấn đề quốc tế cơ bản. Những năm tới, hai bên có nhiều cuộc tiếp xúc làm việc ở các cấp khác nhau, theo đó tạo cơ sở pháp lý mới để phát triển quan hệ hợp tác giữa hai nước Mông Cổ và Việt Nam.
Được thúc đẩy bởi những cơ sở pháp lý mới và bầu không khí hữu nghị hiểu biết lẫn nhau, hợp tác Mông Cổ - Việt Nam bắt đầu khởi tiến bằng nhiều bước đi tích cực và thực tế hơn trong giai đoạn từ năm 1994 đến nay. Sự kiện mang ý nghĩa cột mốc đánh dấu một giai đoạn 1994-2005 trong quan hệ Mông Cổ -Việt Nam là chuyến thăm chính thức của Tổng thống Mông Cổ P.Ochirbat tháng 3-1994 với việc ký kết "Tuyên bố chung hợp tác Mông
Cổ - Việt Nam". Bản tuyên bố hợp tác Mông Cổ - Việt Nam tạo ra nền tảng
pháp lý mới và những nguyên tắc chỉ đạo hoạt động đối ngoại của mỗi nước với nhau và có ý nghĩa đặc biệt trong quan hệ đối với triển vọng quan hệ hai nước. Chuyến thăm này đã đánh dấu một bước khôi phục lại mối quan hệ hợp tác, trao đổi thương mại giữa Mông Cổ và Việt Nam sau một thời gian dài bị gián đoạn.
Tháng 5-1995, trong chuyến thăm chính thức Mông Cổ của Bộ trưởng Ngoại giao nước Việt Nam Nguyễn Mạnh Cầm Nghị định thư sửa đổi hợp đồng hợp tác hiệp định mới về hợp tác hữu nghị giữa hai nước Mông Cổ và Việt Nam đã được ký kết. Trong chuyến thăm lần này có nhiều cuộc tiếp xúc ở cấp khác nhau giữa hai nước Mông Cổ và Việt Nam. Trong cuộc đàm phán, các lãnh đạo Bộ ngoại giao hai nước Mông Cổ và Việt Nam nhất trí tăng cuờng hơn nữa quan hệ hợp tác và đều khẳng định nhu cầu ký kết Hiệp định mới quan hệ hợp tác hữu nghị giữa nhân dân hai nước trong điều kiện mới. Trong chuyến thăm này, lãnh đạo hai Nhà nước cũng đã khẳng định có những
khả năng tăng cường mạnh mẽ quan hệ hợp tác nhiều mặt cùng có lợi, nhất là các lĩnh vực thương mại, đầu tư, văn hoá và khoa học công nghệ. Có những khả năng thực tế tăng đáng kể khối lượng kim ngạch thương mại giữa hai nước và đồng thời nhấn mạnh những phương hướng đẩy mạnh quan hệ hợp tác Mông Cổ - Việt Nam, tương xứng với tiềm năng phong phú của hai bên và đáp ứng nguyện vọng và lợi ích của nhân dân hai nước.
Năm 1997, đoàn đại biểu Quốc hội nước Cộng Hoà Xã Hội Chủ Nghiã Việt Nam do phó Chủ tịch Quốc hội nước Việt Nam ông Đăng Quân Thuỷ chỉ đạo thăm Mông Cổ để khôi phục lại quan hệ truyền thống hợp tác trực tiếp các cơ quan hành pháp hai nước Mông Cổ và Việt Nam. Uỷ ban Mông Cổ - Việt Nam của Quốc hội nước Cộng Hoà Xã Hội Chủ Nghiã Việt Nam do đại biểu Quốc hội, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh Đồng Tháp ông Lê Minh Tạo làm trưởng ban đã được thành lập và đi vào hoạt động .
Chuyến thăm của Chủ tịch Quốc hội Mông Cổ R.Gonchigdorj sang Việt Nam tháng 11-1998, tiếp theo chuyến thăm của Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải từ phía Việt Nam ngày 2-10-1999 đã có ý nghĩa quan trọng cho sự củng cố và phát triển quan hệ hữu nghị truyền thống giữa hai nước Mông Cổ và Việt Nam. Trong chuyến thăm này hai bên đã thoả thuận và ký kết biên bản về quan hệ hợp tác giữa Quốc hội và giữa Uỷ ban hành chính Quốc hội hai nước Mông Cổ - Việt Nam. Cơ hội hợp tác giữa Mông cổ và Việt Nam hiện nay khá đa dạng.
Trong chuyến thăm thủ đô Hà Nội nước Cộng Hoà Xã Hội Chủ Nghiã Việt Nam của Thị trưởng thủ đô Ulaanbaatar nước Mông Cổ ông Narantratsralt năm 1998, hai bên đã đạt được thoả thuận về các biện pháp phát triển và mở rộng quan hệ hợp tác giữa thủ đô hai nước Mông Cổ và Việt Nam. Trên cơ sở đó, hai Thủ đô đã ký Kế hoạch hợp tác. Kế hoạch này cần được thực thi một cách tích cực. Theo đó, hai bên có thể triển khai một số dự án cụ thể, thiết thực như mở nhà hàng, lập Trung tâm Văn hoá - thương mại, lập liên doanh sản xuất, chế biến, tiêu thụ thực phẩm v.v… ở Thủ đô mỗi nước.
Các chuyến thăm tiếp theo như chuyến thăm Việt Nam của đoàn đại diện báo "Tin tức Chính phủ" nước Mông Cổ tháng 10 năm 1997, và chuyến thăm đoàn đại diện Hội hữu nghị Mông Cổ -Việt Nam năm 1996, đều đã góp phần thúc đẩy mối quan hệ hữu nghị hợp tác giữa hai nước ngày càng phát
triển, và đã tạo sự tin tưởng trong quan hệ để tiến đến sự hợp tác trong tương lai. Chuyến thăm Mông Cổ của đoàn đại diện báo "Nhân dân”, đã gặp gỡ với lãnh đạo các báo "Tin tức Chính phủ" và với báo "Sự thật" mà báo “Nhân dân” đã có quan hệ truyền thống lâu dài và bền vững.
Tiếp theo, chuyến thăm Mông Cổ của đoàn đại diện Hội hữu nghị Việt Nam - Mông Cổ tháng 8 năm 1998. Trong đoàn đã có mặt những đại diện các công ty Việt Nam nhiều lĩnh vực khác nhau, các doanh nghiệp Việt Nam đã có cuộc tiếp xúc với các doanh nghiệp Mông Cổ của hơn 40 công ty và các doanh nghiệp Việt Nam đặc biệt quan tâm và đánh giá cao tiềm năng của thị trường Mông Cổ và họ mong muốn tìm kiếm các cơ hội kinh doanh và đầu tư ở đây, thúc đẩy mối quan hệ hữu nghị hợp tác giữa hai nước, nhất là hợp tác trên lĩnh vực kinh tế cần được ưu tiên phát triển hơn nữa. Như vậy, chuyến thăm lần này đã tạo điều kiện thuận lợi để doanh nghiệp Mông Cổ và Việt Nam có dịp gặp gỡ, trao đổi về công cuộc làm ăn.
Sự kiện có ý nghĩa cực kỳ quan trọng trong quan hệ Mông Cổ - Việt Nam thời kỳ này là chuyến thăm chính thức Mông Cổ của Chủ tịch nước CHXHCN Việt Nam Trần Đức Lương tháng 4- 2000. Chuyến thăm này mở ra một bước phát triển mới trong quan hệ hai nước trong những năm đầu của thế kỷ thứ XXI. Đặc biệt đáng chú ý là trong chuyến thăm này Hiệp định quan hệ hợp tác hữu nghị đã được hai nước ký ngày 17-4-2000 giữa CHXHCN Việt Nam và Mông Cổ. Chính phủ Mông Cổ đã khẳng định rằng, một nhiệm vụ quan trọng trong chính sách đối ngoại của Mông Cổ ở Châu Á - Thái Bình Dương là củng cố tình hữu nghị truyền thống và phối hợp hành động toàn diện với Việt Nam, coi Việt Nam là đối tác chiến lược ở khu vực ASEAN.
Trong chuyến thăm Mông Cổ của Chủ tịch Trần Đức Lương đã có 30 doanh nghiệp Việt Nam sang tìm hiểu thị trường Mông Cổ và khảo sát mậu dịch và đầu tư. Nhiều công ty Việt Nam trong đoàn doanh nhân lần này tỏ ý định muốn liên doanh với đối tác Mông Cổ trong lĩnh vực sản xuất nhựa cao cấp, sứ vệ sinh, hàng thuỷ sản và trao đổi về khả năng hợp tác liên doanh sản xuất hàng may mặc, du lịch.
Gần đây nhất là các chuyến thăm Mông Cổ của Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Văn An (1-2003) và Thủ tướng Phan Văn Khải (5-2004) và các chuyến thăm Việt Nam của Thủ tướng Mông Cổ En-khơ-bay-a (10-2002),
Chủ tịch Quốc hội Mông Cổ S.Tumur Ochir(1-2004) và Tổng thống Mông Cổ N.Bagabandi (1-2005).
Chỉ trong vòng 15 năm qua, hai nước đã ký Hiệp định hợp tác trong các lĩnh vực thương mại, đầu tư, văn hoá, giáo dục, giao thông vận tải… Những hiệp định, thoả thuận đã được ký giữa Mông Cổ và Việt Nam là cơ sở quan trọng, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp hai bên tăng cường hợp tác. Hai nước Mông Cổ và Việt Nam cần lựa chọn những lĩnh vực có nhiều tiềm năng, thúc đẩy hợp tác về kinh tế, thương mại tương xứng với quan hệ chính trị tốt đẹp vốn có của hai nước.
Bang 2.1 Các hiệp định hợp tác đã ký giữa Chính phủ hai nước Mông Cổ và Việt Nam
Các hiệp định hợp tác Tháng
năm 1 Hiệp định mới về hợp tác trên lĩnh vực thương mại và khâu
thanh toán 3-1991