Đặc trưng nổi bật nhất của giai đoạn cuối thập kỷ 80 là thời kỳ cực kỳ khó khăn và thử thách đối với quan hệ thương mại Mông Cổ – Việt Nam, là giai đoạn tình trạng trì trệ trong quan hệ Mông Cổ - Việt Nam, đặc biệt trong lĩnh vực kinh tế - thương mại.
Trong giai đoạn từ cuối những năm 80 đến đầu những năm 90 quan hệ Mông Cổ - Việt Nam đã vào tình trạng trì trệ không chỉ trên lĩnh vực kinh tế - thương mại còn mối quan hệ khác giữa hai nước cũng chỉ được xúc tiến ở mức thấp và nhiều khi mang tính hình thức trong thời gian qua. Dĩ nhiên có hàng loạt nguyên nhân dẫn đến sự trì trệ của quan hệ Mông Cổ -Việt Nam trong thời gian này. Nguyên nhân chủ yếu của sự giảm sút hợp tác kinh tế - thương mại và những mối quan hệ khác giữa hai nước Mông Cổ - Việt Nam được giải thích như sau:
+/ Đều chịu sự chi phối những diễn biến phức tạp, những biến động
trong tình hình mỗi nước và các nhân tố quốc tế.
+/ Do cuộc khủng hoảng kinh tế - xã hội ở hai nước Mông Cổ và Việt
Nam trong giai đoạn này ngày càng tăng.
+/ Sự trì trệ của nền kinh tế và tình trạng tiền khủng hoảng kinh tế - xã
hội nghiêm trọng ở Mông Cổ trong giai đoạn này đã dẫn đến tình trạng trì trệ trong tất cả các khâu của nền kinh tế quốc dân, một số xí nghiệp sản xuất hàng xuất khẩu của Nhà nước bị ngừng trệ. Do vậy dự trữ hàng được cung cấp từ phía Mông Cổ bị hạn chế.
+/ Năng suất, chất lượng và khả năng cạnh tranh trên trường quốc tế
của hàng hoá xuất khẩu hai nước Mông Cổ và Việt Nam bị hạn chế.
+/ Khả năng phương thức thanh toán bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi
còn hạn chế.
+/ Công tác xúc tiến thương mại của các doanh nghiệp hoạt động chưa
đạt hiệu quả, chưa có sự gắn kết chặt chẽ giữa các nhà kinh doanh xuất nhập khẩu của Việt Nam với hệ thống các kênh phân phối thị trường Mông Cổ.
+/ Hợp tác kết nối các hệ thống giao thông và thông tin còn thiếu và
yếu, chưa đồng bộ giữa Mông Cổ và Việt Nam nói riêng và các nước khu vực Đông Nam Á nói chung.
Vì những lý do vừa nói trên này, trong giai đoạn này, các mặt hàng xuất khẩu truyền thống của Mông Cổ sang Việt Nam như xe KAMAZ, bột xương, gỗ thông, lông cừu, da đã bị thu hẹp mạnh trên thị trường Việt Nam. Trước tình hình đó, Việt Nam buộc phải nhanh chóng tìm kiếm các đối tác mới từ khu vực Đông Á, Đông Nam Á, Tây Âu.
Song từ những năm đầu 90 quan hệ Mông Cổ - Việt Nam bắt đầu khởi đầu bằng nhiều bước đi tích cực và thực tế hơn. Năm 1991, để thúc đẩy hợp tác kinh tế - thương mại hai bên nhất trí cần tiếp cận nhìn nhận về sự ngưng trệ của hợp tác Mông Cổ - Việt Nam. Việc ký Hiệp định mới về hợp tác trên lĩnh vực thương mại và khâu thanh toán trong quan hệ Mông Cổ - Việt Nam có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với triển vọng quan hệ hai nước.
Dưới tác động của cách mạng khoa học và công nghệ mà chủ yếu là cách mạng viễn thông thông tin, các quan hệ kinh tế thương mại quốc tế đã phát triển hết sức mạnh mẽ. Mở cửa để phát triển đã trở thành một nhu cầu cấp thiết đối với mọi nước trên thế giới. Do vậy, tự do hoá thương mại đã trở
thành làn sóng được phổ biến rộng khắp ở mọi nơi trên thế giới. Chính vì thế, Mông Cổ và Việt Nam cũng không thể đứng ngoài quá trình liên kết kinh tế thế giới và hệ thống thương mại thế giới. Từ thập kỷ 90 hai nước Mông Cổ và Việt Nam đều nỗ lực cải cách phát triển kinh tế thị trường và hướng ra ngoài thực hiện chính sách hội nhập khu vực và thế giới, mở rộng quan hệ hợp tác với các nước và các tổ chức quốc tế. Trong bối cảnh quỗc tế trong thời kỳ đó có nhiều khó khăn thách thức, đặc biệt là ảnh hưởng của khủng hoảng suy thoái kinh tế và nạn khủng bố quốc tế, nhu cầu tăng cường quan hệ hợp tác giữa Mông Cổ và Việt Nam nói riêng, Mông Cổ và Đông Nam Á là tất yếu cần thiết. Đánh giá cao tầm quan trọng của Đông Nam Á nói riêng và Châu Á - Thái Bình Dương nói chung, Mông Cổ coi trọng định vị vai trò của mình ở đây. Việt Nam là thành viên tích cực của ASEAN-10 mà thực sự là một liên kết khu vực tạo ra sức mạnh tăng lên của các nước Đông Nam Á và về mặt chính trị, ngoại giao, vị thế của ASEAN đang trở lên ngày càng quan trọng trên trường quốc tế và khu vực.
Mông Cổ quan tâm đến Việt Nam không chỉ vì hai nước có mối quan hệ bạn bè truyền thống mật thiết lâu đời với nhau mà quan trọng hơn là do Mông Cổ nhìn nhận Việt Nam như là một đối tác chiến lược do vị trí địa lý của Việt Nam và vai trò to lớn của Việt Nam ở khu vực, đặc biệt trong khu vực ASEAN và sẽ đóng vai trò quan trọng trong việc góp phần thúc đẩy hợp tác Mông Cổ - ASEAN.
Nhu cầu tăng cường quan hệ Mông Cổ - Việt Nam hữu nghị truyền thống trên nhiều lĩnh vực xuất phát trước hết từ việc tạo dựng khuôn khổ pháp lý mới đáp ứng nhu cầu phát triển quan hệ hữu nghị truyền thống hai nước trong tình hình mới.
Xuất phát từ lý do trên, nước Mông Cổ với việc trao đổi các đoàn cấp cao và việc ký kết một loạt các hiệp định hợp tác và thoả thuận đã tạo sự tin cậy, hiểu biết lẫn nhau và đặt cơ sở pháp lý vững chắc cho sự phát triển mạnh mẽ hơn nữa quan hệ và quan tâm đến đáp ứng lợi ích của nhau, cùng nhau thúc đẩy để mối quan hệ hữu nghị truyền thống và hợp tác giữa các nước khu vực ASEAN nói chung, và hai nước Mông Cổ và Việt Nam nói riêng ngày càng mở rộng trên nhiều lĩnh vực, nhất là trong lĩnh vực thương mại, đầu tư, nông nghiệp, du lịch, thông tin, giáo dục - đào tạo, khoa học - công nghệ và
môi trường, đặc biệt trong lĩnh vực mà hai bên có kinh nghiệm và thế mạnh như trồng trọt, quản lý rừng, và thuỷ lợi.
Đặt nền móng và tạo thuận lợi cho việc phát triển quan hệ thương mại song phương trong thời gian qua, là các hoạt động ngoại giao cấp cao và hàng loạt các văn kiện quan trọng trong việc thúc đẩy mối quan hệ truyền thống đã được ký kết. Trên cơ sở đó, năm 1991, Chính phủ hai nước Mông Cổ và Việt Nam được ký kết Hiệp định mới về hợp tác trên lĩnh vực thương mại và khâu thanh toán. Như vậy, từ năm 1991 Mông Cổ và Việt Nam đã thống nhất quyết định việc buôn bán giữa hai nước được thực hiện trên cơ sở giá cả thế giới và bằng ngoại tệ có thể chuyển đổi thay cho những nguyên tắc hợp tác trước kia. Tuy Hiệp định Thương mại đã được ký, nhưng trong mấy năm qua quan hệ kinh tế thương mại giữa hai nước vẫn chưa có được chú trọng những bước tiến mới. Nhưng cũng cần thấy rằng qua việc ký kết hiệp định, Mông Cổ đã bày tỏ lòng mong muốn trong bước khôi phục và mở rộng quan hệ hợp tác kinh tế thương mại giữa Mông Cổ và Việt Nam.
Đầu năm 1993, trong chuyến thăm Việt Nam của đoàn đại diện Bộ Ngoại giao Mông Cổ do trưởng ban Châu Á - Phi ông Hurelbaatar dẫn đầu và đoàn đại diện Hội Hữu nghị Mông Cổ - Việt Nam do Chủ tịch Hội hữu nghị Mông Cổ - Việt Nam ông Adya dẫn đầu, hai bên Mông Cổ và Việt Nam đều khẳng định cần phải có những biện pháp nhằm thúc đẩy quan hệ hợp tác truyền thống giữa hai nước, đặc biệt là quan hệ kinh tế - thương mại; hai phía đều trao đổi ý kiến về khả năng chia sẻ những kinh nghiệm của hai nước trong quá trình chuyển đổi sang nền kinh tế thị trường. Trong chuyến thăm này, Chính phủ nước Việt Nam đã quyết định trợ cấp 1000 tấn gạo cho nhân dân Mông Cổ. Nhưng vì lý do phí vân tải đất và do mùa đông lạnh rét năm 1993 gây thêm những khó khăn khó vượt qua nổi đối với nhân dân Mông Cổ tại nông thôn, Chính phủ nước Việt Nam đã quyết định trợ cấp tiền với trị giá 200 nghìn đô la Mỹ thay cho 1000 tấn gạo.
Ngoài ra còn trên cơ sở sự đề nghị từ phía Mông Cổ, Chính phủ Việt Nam đã ký được Hiệp định về việc xử lý nợ giữa CHXHCN Việt Nam và nước Mông Cổ. Theo tinh thần của Hiệp định số nợ với trị giá 400 triệu rúp đã được huỷ bỏ. Như vậy, với những nỗ lực của cả hai phía đã có cơ sở để khẳng định rằng trong thời gian tới quan hệ Việt Nam - Mông Cổ sẽ phát triển mở rộng.