Bản thân các doanh nghiệp Việt Nam phần lớn là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, năng lực tài chính hạn chế, thiếu kiến thức và kinh nghiệm về tham gia chuỗi giá trị toàn cầu. Bên cạnh đó, việc tiếp cận ứng dụng khoa học công nghệ còn nhiều hạn chế, khiến khả năng cạnh tranh và chiếm thị phần trong chuỗi vô cùng khó khăn. Chủ yếu các doanh nghiệp Việt nam chỉ tham gia khâu gia công, sản xuất thô là chính, khâu có giá trị gia tăng thấp nhất trong chuỗi.
Như đã phân tích ở trên, khoa học công nghệ là một trong những nhân tố ảnh hướng lớn đến việc tham gia vào chuỗi giá trị toàn cầu, đặc biệt là ở những khâu có giá trị gia tăng cao trong chuỗi. Tuy nhiên, việc cứu phát triển và ứng dụng khoa học công nghệ trong khối doanh nghiệp, đặc biệt là khu vực kinh tế tư nhân lại có phần bị xem nhẹ.
Theo điều tra mới nhất của Bộ Khoa học & Công nghệ, trên cả nước hiện có khoảng 1.200 tổ chức khoa học và công nghệ, với khoảng 600 tỷ đồng ngân sách hàng năm. Đầu tư trên đầu người cho khoa học và công nghệ ở mức rất thấp, chỉ khoảng 5 USD (năm 2007), với nguồn đầu tư chủ yếu là từ ngân sách nhà nước. Trong khi đó, tại Trung Quốc là khoảng 20 USD (năm 2004) và Hàn Quốc khoảng 1000 USD (2007).
Tuy nhiên, nguồn đầu tư cho khoa học công nghệ từ ngân sách nhà nước cũng chỉ chiếm khoảng 2% tổng chi ngân sách (khoảng 0,5-0,6% GDP), trong khi tỷ trọng đầu tư của doanh nghiệp chưa đến 0,1% GDP. Phần lớn các doanh nghiệp vẫn ở quy mô nhỏ và siêu nhỏ, chưa có điều kiện đầu tư cho khoa học và công nghệ. Việc huy động các nguồn lực từ khối kinh tế tư nhân vào phát triển khoa học công nghệ còn rất hạn chế, hiện nay tỷ lệ đầu tư cho khoa học và công nghệ từ ngân
sách nhà nước so với khu vực ngoài nhà nước khoảng 5:1, trong khi tại Trung Quốc tỷ lệ này là 1:3
Về thực trạng đổi mới công nghệ tại các doanh nghiệp Việt Nam, phần lớn các doanh nghiệp đưa ra được dịch vụ và sản phẩm mới hoặc có cải tiến đáng kể đều được tiến hành bởi chính doanh nghiệp, việc các doanh nghiệp hợp tác với các công ty hoặc viện nghiên cứu trong và ngoài nước để đưa ra sự cải tiến mới còn hạn chế. Bên cạnh đó, việc tiến hành đổi mới cải tiến công nghệ cũng còn nhiều vấn đề, theo khảo sát của Phòng Thương mại công nghiệp Việt Nam đối với 630 doanh nghiệp thuộc mọi ngành nghề kinh doanh thì tỷ lệ các doanh nghiệp đạt mức tự động hóa hoàn toàn chỉ chiếm 25%, 60% là bán tự động hóa, 15% số doanh nghiệp còn lại chỉ mới dừng ở mức độ thủ công cơ khí thuần túy. Phần lớn các thiết bị công nghệ có xuất xứ từ Trung Quốc, nguồn Mỹ, Nhật và các nước châu Âu rất ít.
Nhìn chung, có thể thấy rõ ràng đang tồn tại một khoảng cách rất xa giữa việc ứng dụng và chuyển giao, phổ biến công nghệ tại Việt Nam. Thực trạng này kéo dài sẽ là cản trở lớn cho sự phát triển và tăng cường năng lực cạnh tranh của các doanh nghiệp Việt Nam trong quá trình hội nhập tham gia vào chuỗi giá trị toàn cầu.