Điều hành chung hoạt động của NH là Tổng Giám đốc, giúp việc cho Tổng Giám đốc có các phó Tổng Giám đốc, Kế toán trƣởng và bộ máy các phòng ban chuyên môn nghiệp vụ. (Phụ lục 3)
TGĐ là ngƣời chịu trách nhiệm trƣớc Hội đồng quản trị và trƣớc pháp luật về việc điều hành hoạt động hàng ngày của NH. TGĐ điều hành theo chế độ thủ trƣởng thông qua bộ máy tổ chức, hệ thống quy chế, quy trình, quy định, kế hoạch kinh doanh, chƣơng trình công tác và hệ thống kiểm soát nội bộ của NH.
P. TGĐ là ngƣời giúp TGĐ điều hành một hoặc một số lĩnh vực hoạt động của NH theo phân công của TGĐ. TGĐ chỉ định một P. TGĐ làm nhiệm vụ P. TGĐ thƣờng trực để phối hợp hoạt động điều hành giữa các P. TGĐ và thay mặt TGĐ điều hành hoạt động của NH khi TGĐ vắng mặt thời gian từ một ngày trở lên.
Kế toán trƣởng giúp TGĐ chỉ đạo thực hiện công tác tài chính và kế toán, của NH, có các quyền hạn và nhiệm vụ theo quy định của pháp luật.
Trƣởng phòng tại Hội sở chính là ngƣời quản lý cao nhất của các phòng nghiệp vụ, chịu trách nhiệm trƣớc TGĐ về việc quản lý, điều hành toàn bộ hoạt động của phòng. Giúp việc cho Trƣởng phòng là các Phó Trƣởng phòng, chịu trách nhiệm quản lý một hoặc một số nghiệp vụ của phòng theo sự phân công của Trƣởng phòng.
Các đơn vị phòng ban chuyên môn tại Hội sở chính: ngoài nhiệm vụ thực hiện các hoạt động nghiệp vụ tại Hội sở chính có trách nhiệm hƣớng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ và giúp cho TGĐ chỉ đạo về chuyên môn nghiệp vụ cho các đơn vị thành viên trong toàn hệ thống NH.
Giám đốc các đơn vị thành viên hạch toán độc lập và hạch toán phụ thuộc chịu trách nhiệm trƣớc TGĐ về việc tổ chức, điều hành toàn bộ hoạt động của đơn vị mình theo điều lệ hoặc quy chế tổ chức và hoạt động của đơn vị đó.