Việt Nam khi tham gia hợp tác GMS, mặc dù đạt được một số thành quả trong những năm qua, song trong quan hệ hợp tác Nhật Bản và GMS, với tư cách là một thành viên tham gia, Việt Nam gặp phải các khó khăn và thách thức. Các khó khăn, thách thức này chia làm hai loại: (1) xuất phát từ chính những điểm yếu nội tại của Việt Nam, (2) xuất phát từ sự thiếu đồng bộ GMS, ảnh hưởng đến sự hợp tác Nhật Bản và các thành viên GMS nói chung và Việt Nam nói riêng.
120
Trước tiên là việc giải quyết các vấn đề như thiếu vốn đầu tư, thiếu công nghệ, kỹ năng quản lý tiên tiến và thiếu nhiều điều kiện cần thiết khác để triển khai các chương trình, dự án ưu tiên của Việt Nam trong GMS là thách thức lớn đối với Việt Nam trong bối cảnh khó khăn kinh tế như hiện nay.
Hai là, việc điều phối và quản lý hiệu quả các hoạt động hợp tác GMS tại Việt Nam. Việt Nam đã tham gia trên 12 sáng kiến trong khu vực trong địa bàn GMS là một thách thức không nhỏ trong điều kiện hệ thống pháp lý của Việt Nam còn thiếu nhiều, và đang trong giai đoạn hoàn chỉnh theo hướng phát triển đồng bộ.
Các sáng kiến hợp tác trong GMS đều có cơ chế, thể chế hợp tác độc lập và hoạt động trên cùng một địa bàn, do vậy thường gây ra sự chồng chéo giữa các nỗ lực hợp tác, gây ra lãng phí nguồn lực tài chính vốn đã hạn hẹp, khó huy động được cho các dự án tiểu vùng. Nhiều sáng kiến hợp tác cùng tồn tại trong cùng một địa bàn là nguyên nhân gây ra sự nhầm lẫn, ảnh hưởng xấu và đe doạ thực sự đến hoạt động điều phối và quản lý GMS tại Việt Nam.
Ba là, việc hoàn thiện cơ chế chính sách cho hợp tác vùng nói chung và hợp tác GMS nói riêng là thách thức lớn đối với Việt Nam.
Thực tế cho thấy, cơ chế điều phối và quản lý hợp tác tiểu vùng GMS ở Việt Nam còn chưa đồng bộ. Văn bản pháp quy còn thiếu, chưa đồng bộ, chồng chéo làm kéo dài thời gian xử lý các dự án hợp tác GMS, giảm hiệu quả đầu tư và cản trở các hoạt động hợp tác GMS tại Việt Nam, ảnh hưởng tới khả năng cạnh tranh của Việt Nam trong GMS.
Bốn là, việc hoàn thiện cơ cấu tổ chức, quản lý GMS tại Việt Nam trong điều kiện có nhiều cơ quan là đầu mối cùng tham gia điều phối và quản lý hợp tác tiểu vùng (cơ quan điều phối quốc gia, cơ quan điều phối ngành, cơ quan điều phối các diễn đàn…).
121
Hiện nay, bộ máy quản lý hợp tác GMS của Việt Nam chưa có đồng bộ, thiếu nhiều khâu gây trở ngại trong quá trình điều phối hợp tác GMS tại Việt Nam.
Xuất phát từ tổ chức của GMS.
Với định hướng hợp tác nhiều đối tác trong phạm vi một dự án GMS của Nhật Bản, thì khó khăn chung đặt ra cho GMS đó chính là khả năng phối hợp hoạt động yếu giữa các nước thành viên GMS bởi chính từ việc thiếu cơ chế hợp tác chính thức, thống nhất, hợp lý của hợp tác kinh tế GMS.
Hợp tác GMS trong điều kiện không có hiến chương, không có cơ cấu tổ chức chung, hầu hết đều dựa vào Ban Thư ký quốc tế, điều phối hoạt động của ADB. Đồng thời, cơ cấu tổ chức của các đơn vị đầu mối về hợp tác GMS là rất khác nhau giữa các nước GMS: tại Campuchia là Cơ quan Phát triển Campuchia (CDC), tại Lào là Bộ Ngoại giao, tại Trung Quốc là Bộ Tài chính, tại Myanmar là Bộ Kế hoạch, tại Thái Lan là Uỷ Ban Phát triển kinh tế và xã hội, tại Việt Nam là Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Chính vì thiếu sự đồng bộ nên sự phối hợp hoạt động giữa các nước GMS là còn yếu .