Hợp tác GMS đã tạo được nền tảng tương đối bền vững làm cơ sở và tiền đề cho khu vực này phát triển kinh tế - xã hội nhanh theo cả chiều rộng lẫn chiều sâu. GMS bước đầu đã tạo được Cơ chế hợp tác 2+ năng động, phù hợp cho hợp tác tiếp tục của GMS. Đồng thời, GMS tạo ra cơ sở pháp lý quan trọng tạo điều kiện cho Chính phủ các nước GMS thực hiện được các kết nối chính sách hợp tác ở nhiều lĩnh vực kinh tế quan trọng của GMS. Đặc biệt chiến lược hợp tác 3C là chiến lược đặc thù của hợp tác kinh tế GMS, có ý nghĩa quan trọng bậc nhất giúp các nước xích lại gần nhau, gắn kết và hợp tác với nhau.
Một hệ thống thể chế toàn diện là cơ sở cần thiết cho mối quan hệ giữa Nhật Bản và GMS phát triển ổn định, bền vững lâu dài và tránh được tranh chấp và xung đột. Chính vì vậy, hai bên đã quyết định thể thức hoá các hội nghị liên quan đến Mê Công - Nhật Bản bằng tuyên bố: cứ sau 3 năm thì Hội nghị cấp cao Mê Công - Nhật Bản sẽ lại được tổ chức tại Nhật Bản và vào dịp diễn ra các hội nghị đa phương; Hội nghị Bộ trưởng ngoại giao Mê Công - Nhật Bản sẽ được tổ chức thường kỳ tại nước làm chủ tịch ASEAN thuộc khu vực Mê Công hoặc tại Nhật Bản; Hội nghị các Bộ trưởng kinh tế Mê Công - Nhật Bản sẽ tổ chức thường kỳ để thúc đẩy hợp tác cơ sở Sáng kiến hợp tác công nghiệp và kinh tế Mê Công - Nhật Bản (MJ-CI); và Hội nghị các quan chức cấp cao Mê Công - Nhật Bản được tổ chức hàng năm để trù bị và chuẩn bị cho Hội nghị thượng đỉnh và Hội nghị các bộ trưởng ngoại giao.
111
Tóm lại, với những yếu tố tác động mang tích thúc đẩy hợp tác Nhật Bản – GMS và kết quả khả quan, dự đoán rằng hợp tác Nhật Bản – GMS sẽ ngày càng thắt chặt và nâng tầm đối tác song phương trong tương lai.