Cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý là một hệ thống bao gồm nhiều mối quan hệ, đó là: Quan hệ quản lý trực tuyến, quan hệ quản lý theo chức năng, quan hệ quản lý thông qua tham mưu cố vấn, quan hệ phối thuộc, hợp tác trong quản lý27. Bởi vậy, sẽ có nhiều loại hình cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý kinh tế khác nhau tùy thuộc vào tiêu chí xem xét, cụ thể:
- Căn cứ vào hình thức cấu tạo bên trong thì cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý kinh tế gồm: Cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý kinh tế chính thức và phi chính thức:
+ Cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý kinh tế chính thức của một tổ chức là tập hợp các bộ phận và cá nhân có mối quan hệ tương tác, phối hợp với nhau, được chuyên mơn hố, có nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm nhất định, được bố trí theo những cấp khác nhau, thực hiện các hoạt động của tổ chức nhằm đạt tới các mục tiêu kế hoạch. Cơ cấu tổ chức chính thức với những bộ phận, phân hệ, vị trí quản lý cơ bản và mối quan hệ trực tuyến - ra quyết định, kiểm sốt và chịu trách nhiệm giải trình trực tiếp, được thể hiện thông qua sơ đồ cơ cấu tổ chức.
+ Cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý kinh tế phi chính thức là do được tạo nên bởi các mối quan hệ phi chính thức giữa các thành viên của tổ chức, ví dụ tập hợp những người cùng quan điểm, lợi ích, sở thích, quê quán...
- Căn cứ sự phụ thuộc vào thiết lập cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý kinh tế nhằm thực hiện chiến lược hay kế hoạch tác nghiệp thì cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý kinh tế gồm: Cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý bền vững (mang tính chiến lược) và cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý tạm thời (mang tính tác nghiệp):