TĐKTNN có cơ cấu tổ chức phức tạp, bao gồm nhiều doanh nghiệp hoạt động dưới nhiều hình thức khác nhau. Khoản 3 Điều 4 Nghị định 69 quy định, TĐKTNN có không quá ba cấp doanh nghiệp và có cơ cấu như sau:
a) Công ty mẹ (gọi tắt là doanh nghiệp cấp I) là doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ hoặc giữ quyền chi phối; được tổ chức dưới hình thức công ty TNHH một thành viên do Nhà nước làm chủ sở hữu hoặc công ty cổ phần, công ty TNHH hai thành viên trở lên có cổ phần, vốn góp chi phối của Nhà nước; giữ vai trò hạt nhân lãnh đạo, chi phối các doanh nghiệp thành viên trong TĐKT. Ví dụ: Công ty mẹ - Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN), Công ty mẹ - Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN).... Trong cơ cấu tổ chức của công ty mẹ một số TĐKTNN có thể có các TCT hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con. Ví dụ: Tổng công ty Khoáng sản - Vinacomin của VINACOMIN. Tiếp đến, nhiều công ty con của Tập đoàn - Công ty mẹ (doanh nghiệp cấp II) lại là công ty mẹ của các ty cháu (doanh nghiệp cấp III)
Trường hợp Công ty mẹ được tổ chức dưới hình thức công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên thì phần vốn nhà nước phải chiếm tối thiểu 75% vốn điều lệ của Công ty mẹ. Đại diện cho loại hình này là VINATEX và VRG hiện đang cổ phần hóa và nhà nước giữ trên 75% vốn điều lệ.
b) Công ty con của doanh nghiệp cấp I (gọi tắt là doanh nghiệp cấp II) là doanh nghiệp do Công ty mẹ nắm quyền chi phối. Doanh nghiệp cấp II được tổ chức dưới hình thức Cty TNHH một thành viên trong trường hợp công ty mẹ nắm giữ 100% vốn điều lệ hoặc công ty cổ phần, Cty TNHH hai thành viên trở lên trong trường hợp công ty mẹ nắm quyền chi phối. Một số doanh nghiệp cấp II được tổ chức dưới hình thức TCT và hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con;
c) Công ty con của doanh nghiệp cấp II (sau đây gọi tắt là doanh nghiệp cấp III) là doanh nghiệp do doanh nghiệp cấp II nắm quyền chi phối. Doanh nghiệp cấp III được tổ chức dưới hình thức Cty TNHH một thành viên trong trường hợp doanh nghiệp cấp II nắm giữ 100% vốn điều lệ hoặc công ty cổ phần, Cty TNHH hai thành viên trở lên trong trường hợp doanh nghiệp cấp II nắm quyền chi phối;
d) Công ty liên kết là công ty có cổ phần, vốn góp dưới mức chi phối của Công ty mẹ và công ty con; công ty không có vốn góp của Công ty mẹ và công ty con, tự nguyện tham gia vào TĐKT dưới hình thức hợp đồng liên kết.
Tập đoàn không cần đăng ký kinh doanh và không có tư cách pháp nhân (Điều 5 Nghị định 69). Quy định này phù hợp với Điều 84 Bộ Luật Dân sự về pháp nhân vì ngoài việc không đăng ký kinh doanh, Tập đoàn không có tổ chức bộ máy quản lý (không có cơ cấu tổ chức ổn định), không có tài sản độc lập và tự chịu trách nhiệm bằng tài sản đó. Như vậy, Tập đoàn không đáp ứng đầy đủ các điều kiện để được công nhận có tư cách pháp nhân. Công ty mẹ và các doanh nghiệp thành viên được tổ chức dưới nhiều loại hình doanh nghiệp khác nhau theo quy định của pháp luật và có tư cách pháp nhân (Điều 3 Nghị định 69). Nhà nước là chủ sở hữu vốn trực tiếp đầu tư tại Công ty mẹ. Công ty mẹ là chủ sở hữu vốn nhà nước tại công ty con và công ty liên kết (trừ các công ty liên kết không có vốn của Công ty mẹ).
Kết quả nghiên cứu cho thấy, cấu trúc chi tiết bên trong của mỗi TĐKTNN có sự khác nhau. Trong cơ cấu tổ chức của đa số các Công ty mẹ, ngoài các Ban chức năng, Ban quản lý dự án, các đơn vị sự nghiệp, trong cơ cấu tổ chức còn có nhiều doanh nghiệp hoạch toán phụ thuộc hoặc TCT/công ty TNHH một thành viên do nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ (VINACOMIN, EVN, VNPT). Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam lại tách các đơn vị sự nghiệp ra khỏi cơ cấu tổ chức của Công ty mẹ.
(Xem phụ lục 1, 2, 3)