Dịch vụ khoa học công nghệ đối với phát triển CNNT là hết sức cần thiết, đặc biệt trong lĩnh vực công nghiệp chế biến nông lâm thuỷ sản, với sự đầu tư đổi mới trang thiết bị công nghệ, ứng dụng nhiều tiến bộ công nghệ vào sản xuất công nghiệp chế biến thuỷ sản ở các tỉnh DHNTB đã có những chuyển biến khá tích cực. Trước đây các mặt hàng xuất khẩu thuỷ sản chủ yếu xuất thô chưa qua chế biến hoặc chỉ là phơi khô, hiện nay đã tiếp nhận các công nghệ tiên tiến hiện đại như cáp đông tựđộng, chế biến tinh. Do đó, làm ra nhiều mặt hàng có chất lượng cao phù hợp với nhu cầu thị trường có giá trị và hiệu quả cao như sản phẩm ăn liền, sasơmy, cá philê, công nghệ giữ cho vận chuyển tôm, cá sống trong quá trình vận chuyển có giá trị xuất khẩu cao. Ứng dụng các công nghệ tiên tiến trong quá trình bảo quản, bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm. Đểđảm bảo vệ sinh an toàn trong nuôi trồng và chế biến thuỷ sản , người ta thường dùng hoá chất chlorin để khử trùng, hiện nay các doanh nghiệp đã thử nghiệm khử trùng nguồn nước bằng dung dịch hoạt hoá điện hoá tiết kiệm chi phí so với trước rất lớn. Ở nhà máy chế biến thuỷ sản Khánh Hoà trong 19 tháng tiết kiệm được 40 triệu đồng so với việc dùng nước clo.Giá trị làm lợi khi dùng dung dịch hoạt hoá để xử lý nước phèn với công suất 30 mét khối/ giờ của xí nghiệp kỹ thuật công nghệ Sài Gòn ( Nha Trang ) là 178,2 triệu đồng. Nhờ những tiến bộ trong việc ứng dụng khoa học công nghệ vào sản xuất của công nghiệp chế biến mà nhiều doanh nghiệp chế biến thuỷ sản của DHNTB được xuất thẳng sang EU.
Nhiều tỉnh đã thực hiện tốt các đề tài dự án giải quyết những vấn đề cần thiết phục vụ sản xuất và đời sống như sản xuất phân vi sinh, phân NPK, thức ăn tôm, khai thác chế biến khoáng sản, sản xuất hàng tiêu dùng, chế biến hàng nông sản,...Công ty khoáng sản Bình Định Việt Nam – Malaixia đã sản xuất được thiết bị tuyển quặng Titan sa khoáng di động, tuyển được các loại quặng nghèo dưới 3%. Đây là thiết bị công nghệ có nhiều ưu thế hơn hẳn các thiết bị nước ngoài phù hợp với điều kiện khai thác titan ở bờ biển DHMT.
Một sốđề tài nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệđã tập trung nghiên cứu và chế tạo các thiết bị thay thế nhập khẩu có giá thành hạ nhiều lần so với thiết bị ngoại nhập như: máy cắt đá liên hợp, máy đánh bóng đá granit tự động, đồng thời nghiên cứu cải tiến, đổi mới công nghệ nhằm nâng cao công suất, chất lượng và hạ giá thành sản phẩm. Kết quả là máy cắt đá liên hợp và máy đánh bóng đá tựđộng có tính năng tương tự máy ngoại nhập nhưng giá thành rẻ hơn 30%. Sản phẩm được tặng huy chương vàng hội chợ Techmart 2003. Sản phẩm này là của Bình Định nhưng hiện nay đã cung cấp cho nhiều tỉnh ở miền Trung cũng như cả nước. Các địa phương đã tư vấn cho các cơ sở sản xuất CNNT đầu tư xây dựng và ứng dụng các công nghệ , cụ thể là công nghệ sản xuất gạch tuy nen, lò đốt gạch liên tục kiểu đứng , các nhà máy chế biến thực phẩm,chế biến và bảo quản thuỷ hải sản nhỏ trên địa bàn các tỉnh. Nhờ dịch vụ chuyển giao công nghệ từ Viện hoá thực phẩm mà các làng nghề Quảng Ngãi đã nâng cao chất lượng đường phèn, phát triển nghề trồng và chế biến chè ở huyện Trà Bồng đạt chất lượng cao. Ở Quảng Nam hiện đang tổ chức triển khai mô hình trình diễn kỹ thuật sản xuất mặt hàng cơ khí của công ty trách nhiệm hữu hạn Cao Xuân Dũng tại xã Tàm Đàn( Phú Ninh).
Ngoài ra, các tỉnh cũng đã hình thành tổ chức khuyến công trực thuộc Sở công nghiệp. Ngân sách tỉnh đã dành một số kinh phí nhất định cho công tác khuyến công. (Ở Quảng Nam năm 2006 nguồn kinh phí này đã đạt 2,53 tỷđồng). Nhờ thực hiện hình thức khuyến công mà các tỉnh đã đạt được một số kết quả nhất định đó là: Đào tạo nghề, khởi sự doanh nghiệp, tham gia hội chợ , du nhập nghề mới, tìm kiếm thị trường, chương trình hỗ trợ các làng nghề, hỗ trợ thiết bị công nghệ và chuyển giao công nghệ về các cơ sở công nghiệp nông thôn, xúc tiến đầu tư, tham quan học tập , trao đổi kinh nghiệm mô hình tổ chức, nâng cao năng lực quản lý cho các cơ sở công nghiệp nông thôn...
Tuy nhiên dịch vụ khoa học công nghệ phục vụ phát triển CNNT vẫn còn rất nhiều hạn chế yếu kém và nhiều vấn đềđặt ra cần giải quyết đó là:
- Chuyển giao công nghệ và ứng dụng công nghệ vào sản xuất còn nhiều hạn chế. Việc tiếp nhận công nghệ và chuyển giao công nghệ còn mang tính chất bao cấp, chưa thực sự trở thành dịch vụ có trao đồi, mua bán theo cơ chế thị trường.
- Việc khôi phục và phát triển nghề mới, nhân cấy nghề mới tuy có thực hiện song không đồng đều. Nhiều địa phương chưa thật sự quan tâm đến vấn đề này. Ở Quảng Nam có 70% số thôn chưa có nghề tiểu thủ công nghiệp. Nhiều địa phương, với sự hỗ trợ ban đầu của khuyến công một số nghề được hình thành và phát triển tốt, song một thời gian thì mai một và phá sản. Điển hình là nghề trồng và chế biến chè vùng núi Quảng Ngãi. Nhiều địa phương do hạn chế về vốn khuyến công hoạt động không tốt do đó công tác nhân cấy nghề, phát triển nghề mới rất khó khăn
- Đầu tư cho khoa học công nghệ phục vụ các cơ sở CNNT còn hạn chế, kinh phí đầu tư cho hoạt động khoa học và công nghệ chủ yếu lấy từ ngân sách địa phương do đó không đáp ứng đủ nhu cầu, cơ chếđầu tư dàn trải mang tính bao cấp chưa huy động được các nguồn vốn khác. Bình quân chi phí đầu tư cho hoạt động KHCN tất cả các lĩnh vực mới đạt 1,5% ngân sách, trong đó kinh phí cho KHCN phục vụ phát triển CNNT lại càng nhỏ, có tỉnh chỉ mới đạt 5-6 tỷ đồng một năm, Khánh Hoà chỉ có 1% ngân sách...Các tỉnh chưa xây dựng được quỹ phát triển KHCN do đó chưa có nguồn kinh phí hỗ trợ cho các doanh nghiệp , cá nhân ứng dụng tiến bộ KHCN.
- Cơ chế quản lý KHCN còn nhiều vướng mắc, chưa thực sự tạo điều kiện ứng dụng KHCN vào các cơ sở CNNT. Thị trường KHCN chưa được hình thành, việc trao đổi mua bán, sản phẩm công nghệ thực hiện không tốt , các hội chợ công nghệ đơn điệu .