- Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn (Bộ NN-PTNT): đóng vai trò khá quan trọng trong việc điều hành và đề ra những chiến lược, giải pháp, các chính sách phát triển của ngành thủy sản. Là nơi cung cấp và hướng dẫn những kỹ thuật trong việc nuôi trồng thủy sản cho người nông dân, giúp đỡ chính quyền địa phương trong việc hoạch định, giám sát và quản lý hoạt động nuôi trồng thủy sản.
- Ủy ban nhân dân tỉnh: ban hành các chính sách và quản lý, giúp đỡ người nông dân và nhà chế biến như giảm lãi suất hay gia hạn việc thanh toán nợ vay.
- Bộ công thương: kiểm soát và phát triển thị trường xuất khẩu.
- Chi cục quản lý chất lượng và bảo vệ nguồn lợi thủy sản: giúp Sở Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn quản lý nhà nước về các lĩnh vực trong nuôi trồng và bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
- Cục Quản lý chất lượng, an toàn vệ sinh và thú y thuỷ sản (Nafiqaved): có chức năng chính là quản lý chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm của các doanh nghiệp chế biến và
kiểm soát chất lượng những vùng nuôi. Cục đã tạo được những thành công và uy tín cao được thế giới công nhận vì thế mà các chứng nhận do NAFI cấp đều được thị trường quốc tế chấp nhận. Điều này sẽ tạo ra nhiều lợi thế cho doanh nghiệp của ta trong vấn đề xuất khẩu khi nhận được sự đồng ý của NAFI.
- Ngân hàng và các quỹ tín dụng: đóng một vai trò khá quan trọng đối với mọi tác nhân trong chuỗi cung ứng về vấn đề cấp vốn và phát triển các hoạt động sản xuất kinh doanh. – Hiệp hội chế biến và xuất khẩu thủy hải sản Việt Nam (VASEP): là một hiệp hội mang lại cho các tác nhân trong một chuỗi cung ứng khá nhiều lợi ích cần thiết. Đặc biệt là việc cung cấp nhanh chóng và đầy đủ các thông tin về thị trường, giá cả, đặc điểm của mỗi vùng miền, quốc gia. Ngoài ra, VASEP còn giúp liên kết các nhà sản xuất và xuất khẩu thủy sản, có ảnh hưởng đến sự ổn định của nguồn cung thủy sản ở cả thị trường trong và ngoài nước.
- Bên cạnh đó còn có các tổ chức khác có liên quan đến lĩnh vực nuôi trồng thủy sản như: Thanh tra Nhà nước, Viện nghiên cứu thủy sản,…