a. Bộ phận sản xuất chính
* Nhà máy chế biến thủy sản 17 * Nhà máy chế biến thủy sản 90
- Phân xưởng chế biến: là phân xưởng sản xuất chính. Nhiệm vụ chính của phân xưởng là chế biến sản phẩm tươi thành sản phẩm đông lạnh như cá đông lạnh, ghẹ, cua, mực đông lạnh …
- Phân xưởng đặc sản: là phân xưởng lớn thứ hai cả về quy mô và mặt hàng sản xuất, chế biến các mặt hàng khô hoặc tẩm gia vị như: mực khô, mực tẩm gia vị, cá khô, cá tẩm gia vị… Đây là các sản phẩm đặc trưng của Khánh Hòa.
b. Bộ phận phụ trợ
- Là bộ phận mà hoạt động của nó có tác dụng phục vụ trực tiếp cho sản xuất chính có thể tiến hành đều đặn và liên tục.
- Phân xưởng cơ điện: có trách nhiệm bảo trì, bảo dưỡng, vận hành máy móc thiết bị cho toàn Công ty; đồng thời sản xuất nước đá phục vụ cho phân xưởng chế biến và kinh doanh bên ngoài.
- Cửa hàng vật tư.
- Nhà hàng Nha Trang Seafoods. c. Bộ phận phục vụ sản xuất
- Là bộ phận đảm nhận việc cung ứng, cấp phát, vận chuyển nguyên liệu, thành phẩm, dụng cụ lao động.
- Nhà ăn: phục vụ khẩu phần ăn cho công nhân viên toàn Công ty.
- Phòng y tế: có nhiệm vụ khám sức khỏe định kỳ, phòng và chữa bệnh cho cán bộ công nhân viên toàn Công ty.
- Hệ thống kho tàng: dùng để dự trữ toàn bộ nguyên liệu chưa được chế biến, bảo quản những thành phẩm được sản xuất ra nhưng chưa được tiêu thụ cho Công ty. Mỗi kho có một thủ kho chịu trách nhiệm trước phòng tài vụ về xuất nhập nguyên liệu và thành phẩm.