Về kiểm soát hoạt động tài chính trong các trường: Đó là toàn bộ các những biện pháp để duy trì, nâng cao chất lượng công tác quản lý, thông qua việc sử dụng, áp dụng các quy định, chuẩn mực, định mức được quy định trong quản lý tài chính công, từđó kỷ luật tài chính sẽđược duy trì và chất lượng QLTC sẽđược nâng lên.
Đảm bảo chất lượng từ bên trong gắn với hệ thống kiểm soát từ bên trong nhà trường, còn từ bên ngoài gắn với các cơ quan chuyên môn bên ngoài. Nó gồm có các hình thức: kiểm tra, kiểm toán nội bộ , đánh giá, đánh giá lẫn nhau hay xếp hạng.
Trách nhiệm trực tiếp của nhà trường là lập ra các bộ phận đủ năng lực để hỗ trợ và đánh giá chất lượng, còn gián tiếp là tác động đến hệ thống đảm bảo chất lượng bên trong thông qua các hướng dẫn chính sách.
Kiểm soát là nhằm đảm bảo nguồn lực đầu tưđược sử dụng trung thực, đúng mục đích, chống thất thoát và lãng phí, có hiệu quả. Nó cũng là cách đảm bảo tự chịu trách nhiệm của trường học, có liên quan tới việc giám sát chất lượng đầu ra của các trường.
Kiểm soát có thểđược thực hiện bằng nhiều cách: kiểm toán độc lập các báo cáo năm và kế toán; thanh tra hoạt động qua kiểm toán nhà nước; thiết lập cơ chế, quy trình đánh giá chất lượng giảng dạy; yêu cầu trình các kế hoạch thực hiện cho cơ quan chủ quản hay cơ quan tài trợ; quy định thành viên bên ngoài tham gia hội đồng trường phải là người có kinh nghiệm quản lý tài chính, và tổ chức kiểm toán nội bộ phù hợp. Ngoài ra, để hạn chế tiêu cực, nhà trường cần kết hợp nhiều biện pháp kiểm soát. Sự kiểm soát tài chính nhà trường không nhất thiết phải theo các khoản mục hay mục lục ngân sách cứng nhắc mà cần phải gắn với chế độ báo cáo tin cậy và kịp thời về cách thức chi tiêu, hoạt động và đầu ra của nhà trường. Mức độ yêu cầu báo cáo phụ thuộc vào tình hình cụ thể. Trong trường hợp phân cấp triệt để thì nhà nước giao toàn bộ trách nhiệm tự cân bằng ngân sách và nhân sự cho các nhà trường. Nhà nước cũng cần đặt các nhà trường trong vị trí pháp lý mà có thể kiểm soát được các yếu tốảnh hưởng đến chi phí trong hoạt động, tin tưởng vào khả năng quản lý tài chính hiệu quả của các nhà trường thông qua hội đồng trường.
Các cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc được ủy quyền thực hiện việc thanh tra, kiểm tra và giám sát các cơ cấu, quá trình, hoạt động liên quan đến việc lập kế hoạch và hướng dẫn của các cá nhân và tổ chức làm công việc quản lý tài chính nhằm thiết lập trật tự kỷ cương chung. Hai nội dung mà hoạt động kiểm soát thường nhắm tới là: (i) Sự minh bạch trong việc huy động và sử dụng các nguồn lực
tài chính; (ii) Sử dụng hiệu quả các khoản đầu tư nhằm duy trì và phát triển hoạt động giáo dục trong nhà trường.