Đối với các tuyến đường sông ngoại thành, qui hoạch lại các tuyến đường sông như: Tuyến Kênh Tẻ - Kênh Đôi - sông Chợ Đệm và sông Bến Lức - rạch Ông Lớn - kênh Cây Khô, … với mục tiêu làm sạch môi trường, qui hoạch thành tuyến đường thủy nội địavà đi đến các khu vực lân cận.
Đối với các tuyến nội địa như Kênh Bến nghé - kênh Tàu hủ, rạch Thị nghè - Nhiêu Lộc, giải tỏa các hộ dân 2 bên bờ kênh, nạo vét cải tạo lại, xây kè hai bên, qui hoạch thành tuyến đường thủy nội địa.
Sắp xếp lại mặt bằng, tăng tải trọng cầu bến, củng cốđường ô tô ra vào đối với các cảng hàng hóa như cảng Bình Đông, cảng Tôn Thất Thuyết; lập dự án cụ thể cảitạo và mở rộng năng lực cảng ThủĐức, nâng cấp và mở rộng thêm cảng Phú Định,…
Nâng cấp, cải tạo hệ thống nhà ga tiện nghi hiện đại, đáp ứng nhu cầu du khách 500.000 HK/năm. Tàu khách du lịch từ 5 - 200 ghế đối với bến tàu khách du lịch đường sông Bạch Đằng. Nghiên cứu khả thi xâydựng bến hành khách trên kênh Tàu Hủ, dự kiến đoạn từ rạch Bến Nghé đến Tân Cảng sẽ xây dựng cảng khách du lịch trong tương lai.
Dự kiến từ nay đến 2010, hệ thống cảng biển khu vực thành phố sẽ có tổng công suất khoảng 49 - 55 triệu tấn/năm.
2-57
Từ nay đến năm 2010, cải tạo xây dựng tuyến đường sắt trên cao từ Hòa Hưng đi thành phố Biên Hòa - sẽ là tuyến đường sắt chạy nhanh, có đường sắt chạy trên nền cao từ ga Gò Vấp theo tuyến hiện hữu tới ga Hòa Hưng (khoảng 5 km đi trên cầu cao ở thành phố Hồ Chí Minh và 3km ở Biên Hòa). Kinh phí ước tính 2100 tỷđồng hoặc xây dựng mới tuyến Metro đầu tiên từ Bến Thành đến sân bay Tân Sơn Nhất khoảng 7km, kinh phí ước tính khoảng 4.000 tỷđồng. Xây dựng một ga trung tâm kỹ thuật tảu khách tại khu vực Bình Triệu rộng 40,1ha, kinh phí đầu tư khoảng 440 tỷđồng.