Hệ thống thoát nước đô thị của thành phố cho đến nay đang có thay đổi lớn với các dự án xây dựng mạng lưới thoát nước lưu vực Nhiêu Lộc – Thị Nghè và Tàu Hủ - Bến Nghé, nhà máy xử lý nước thải sinh hoạt 141.000 m3/ngđ. Hệ thống thoát vẫn chung cho nước thải sinh hoạt, công nghiệp và nước mưa, nhưng sẽ tách ra khi mưa lớn. Sự phân cấp quản lý và thực hiện duy tu sửa chữa, xây dựng các công trình thoát nước theo địa bàn quản lý vẫn giữ nguyên như thời kỳ trước, chưa có sự thay đổi.
Trên địa bàn thành phố có khoảng 1.200 km kênh rạch, trong đó có 234 km do Công ty Thoát nước đô thị quản lý dùng cho chức năng thoát nước. Hệ thống sông ngòi, kênh rạch chịu tác động của chế độ bán nhật triều không đều của biển Đông, nên gây khó khăn cho việc thoát nước của cả hệ thống cống - kênh rạch - sông lớn. Lòng lạch bị bồi lắng, làm khả năng tiêu thoát nước tự nhiên của hệ thống này bị giảm đi khoảng 50 - 60 %.
Mạng lưới cống ngầm được xây dựng từ 1890, sau đó được phát triển thêm vào cuối những năm 1960, vừa thu nước thải và vừa thu nước mưa, phát triển đến nay mang tính chắp vá và phân bố không đều trên điạ bàn, tập trung ở các quận trung tâm. Hiện nay mạng lưới này đang được xây mới. Khu vực các quận mới như quận 2, quận 9, quận 12 mạng lưới thoát nước còn rất ít. Nhiều khu tập trung dân cư ở các quận ven, trong nội thành chưa có cống thoát nước. Nước thải được thải trực tiếp xuống mặt đất, chảy tràn lan và tự thấm gây ô nhiễm môi trường. Theo số liệu thống kê của Viện Qui hoạch, hiện trên địa bàn, các quận trung tâm có hệ thống thoát nước 100% (quận1, 3, và 5), các quận mới và huyện có tỉ lệ được phục vụ thoát nước thấp, riêng Bình Chánh chỉ có 0.3%. Diện tích phục vụ chung của mạng lưới thoát nước khoảng 12% trên tổng diện tích lãnh thổ.
Mạng lưới cấp 1 là sông/kênh rạch chính tự nhiên. Công ty Thoát nước Đô thị UDC quản lý các kênh rạch nhỏ trực tiếp nhận nước thải và làm nhiệm vụ thoát nước và Khu Đường sông quản lý các kênh, sông rạch lớn làm nhiệm vụ vừa thoát nước, vừa phục vụ giao thông vận tải đường thủy, tiếp nhận và pha loãng nước thải và thoát nước thải ra biển Đông. Như vậy hệ thống kênh rạch tự nhiên đóng một vai trò không kém phần quan trọng trong hệ thống thoát nước so với hệ thống đường ống cống. Sau khi được nạo vét thông thoáng và cải tạo kênh rạch sẽ tăng cường được nhiệm vụ thoát nước và phát triển giao thông vận tải đường thủy.
Hiện nay kênh Nhiêu lộc - Thị Nghè đã tiến hành, giải tỏa các nhà lấn chiếm 2 bờ, xây dựng hạ tầng kỹ thuật dọc kênh giai đoạn I với 1.311 m bờ kè dọc kênh, 10.125 m đường dọc hai
2-47
bên kênh, lắp đặt 1.736 cống thoát nước 400 đến 800. Một số các kênh rạch nhỏở như rạch Cầu (Q.4), rạch Đầm Sen (Q.11), Ông Buông, Tân Hóa, v.v... do Công ty Thoát nước đô thị nạo vét.
Ngoài ra, trên kênh Tàu Hũ, kênh Đôi, kênh Tẻ, cửa rạch Bến Nghé khu vực tập trung ghe thuyền cũng được nạo vét phuc vụ cho việc cải tạo bến cảng và giao thông thủy.
Tổng chiều dài của tuyến cống thoát nước được tính từ cấp 2 đến cấp 4 chia theo 2 cấp quản lý: tuyến cấp 2 và cấp 3 nhận nước mưa/nước thải từ tuyến cống cấp 3 và cấp 4 có đường kính từ 400 mm trở lên do Công ty Thoát nước đô thị quản lý ước tính có chiều dài khoảng 516 km; tuyến cống cấp 4 do quận quản lý ước tính có chiều dài khoảng 415 km. Như vậy tổng cộng có khoảng 931 km đường cống thoát nước, gần 200 cửa xả trên diện tích lãnh thổ khoảng 650 km2 cần phải phục vụ thoát nước (140 km2 nội thành, và 510 km2 khu vực xung quanh nội thành). Mật độ mạng lưới bình quân là 0,143 mét/ha lãnh thổ (số liệu tổng hợp từ Dự án JICA,1999). Chất lượng cống rất kém do xây dựng từ lâu, hay bị tắc nghẽn, riêng các cống tròn và cống hộp đa số mới xây dựng nên chất lượng còn khá tốt.
Tổng số trên toàn tuyến có 65.106 cái hầm ga. Hiện tại, khả năng hoạt động của các hầm ga chỉđạt 70 - 80 %. Trong năm 1999 đã xây thêm gần 200 hầm ga, làm biển báo cửa xả 122 cái, giải toả và nạo vét 65 cửa xả. Vấn đề tồn tại nghiêm trọng nhất hiện nay đối với thoát nước đô thị là úng ngập. Có khoảng 28% dân số bịảnh hưởng thường xuyên do bị ngập trong các mùa mưa.
Các dự án môi trường (1) Dự án thoát nước và vệ sinh môi trường (lưu vực Nhiêu Lộc – Thị Nghè, do Ngân hàng Thế giới WB cho vay, (2) Dự án cải thiện vệ sinh và nâng cấp đô thị lưu vực Tân Hóa – Lò Gốm, do chính phủ Bỉ tài trợ, (3) Dự án cải thiện vệ sinh môi trường nước lưu vực kênh Tàu Hủ - Bến Nghé, kênh Đôi – Tẻ, do JBIC tài trợ, và (4) Dự án thoát nước Hàng Bàng, do Ngân hàng Phát triển Châu Á tài trợ, đang làm thay đổi hệ thống thoát nước của thành phố Hồ Chí Minh.