Chiếm phần lớn các đơn vị nghiên cứu này thuộc về các các trƣờng đại học (1421 đơn vị nghiên cứu). Trƣớc năm 2000, một tiến trình sáp nhập quan trọng đã diễn ra trong ngành giáo dục đại học của Hungary. Để đƣơng đầu với thách thức do số lƣơng sinh viên tăng lên, phù hợp với mục tiêu dài hạn cuả
chính phủ, do sự cần thiết phải linh hoạt hơn và do sự đa dạng của giáo dục đại học, một chƣơng trình sáp nhập các trƣờng đại học lớn đã đƣợc chính phủ chấp nhận. Dựa theo Luật LII năm 1999, các trƣờng đại học chuyên sâu, chuyên ngành thƣờng đào tạo các ngành chuyên môn hẹp đã đƣợc hợp nhất vào các trƣờng đại học đa ngành. Sự thay đổi này đã tạo ra khả năng tăng số lƣợng sinh viên theo học, mở rộng giáo trình đào tạo, vƣơn tới số đơng ngƣời có học thức và thành lập các trung tâm nghiên cứu tầm vóc quốc tế.
Ngân sách NCPT của các trƣờng đại học phần lớn phụ thuộc vào trợ cấp của chính phủ. Có hai kiểu trợ cấp chính: hỗ trợ nghiên cứu đặc biệt và các quỹ và các chƣơng trình khác của chính phủ. Ngồi ra, sự hợp tác giữa các trƣờng đại học và khu vực kinh tế tƣ nhân và sự tham gia các chƣơng trình nghiên cứu song phƣơng và đa phƣơng là những nguồn kinh phí chủ yếu của các trƣờng đại học. Mặc dù, các nguồn này đã tăng lên khá nhiều trong những năm qua, nhƣng chi phí cho nghiên cứu của các trƣờng đại học vẫn chƣa đáng kể. Do đó, các nguồn kinh phí cho NCPT của các trƣờng đại học sẽ bắt đầu đƣợc tăng mạnh năm 2002, ví dụ, ngân sách dành cho Quỹ Nghiên cứu các trƣờng đại học sẽ tăng xấp xỉ ba lần (từ 884 triệu HUF lên 2,3 tỷ HUF).
34 viện nghiên cứu của Viện Hàn lâm Khoa học Hungary đang nghiên cứu các ngành khoa học tự nhiên và toán học, khoa học sự sống và khoa học xã hội và nhân văn (chiếm hơn một nửa số viện). Cần nhấn mạnh rằng, một quá trình củng cố và tái tổ chức các viện đã đƣợc tiến hành trong mạng lƣới các cơ quan nghiên cứu của Viện Hàn lâm đƣợc nhà nƣớc cấp ngân sách, nhƣ hợp nhất các đề tài NCPT giống nhau và nâng cao đội ngũ cán bộ nghiên cứu nhằm sử dụng có hiệu quả hơn các trang thiết bị. Một số nhóm nghiên cứu của Viện Hàn lâm nghiên cứu trong các trƣờng đại học tiếp tục hoạt động của mình trong môi trƣờng thuận lợi ở các trƣờng đại học mới sáp nhập.
Trong số những cơ quan nghiên cứu của các Hội và Hiệp hội thì Hội Bay Zoltán (BZF) và Collegium Budapest (CB) là quan trọng nhất. BZF là Hội nghiên cứu khoa học lớn nhất ở Hungary, đƣợc thành lập năm 1993, bao gồm 3 cơ quan nghiên cứu: Viện Công nghệ Sinh học, Viện Khoa học và Công nghệ Vật liệu và Viện Logistic và Kỹ thuật sản xuất. Theo mơ hình tiên phong của Viện Princeton Nghiên cứu Tiên tiến, Hội CB là tổ chức đầu tiên kiểu IAS ở Trung và Đông Âu. Do áp dụng mơ hình Princeton, CB thể hiện một kiểu tổ chức mới khác với các trƣờng đại học và các cơ quan nghiên cứu chuyên
ngành. Sự hấp dẫn chính của mơ hình này là ở chỗ, nó mời chào những đồng nghiệp nghiên cứu của mình khơng bị lệ thuộc vào những trách nhiệm hành chính và giảng dạy, cho phép họ hồn tồn tập trung vào chƣơng trình nghiên cứu mà họ đã lựa chọn.
Điều quan trọng cần nói là năm viện nghiên cứu thuộc Viện Hàn lâm Khoa học Hungary cũng nhƣ Hội CB đã đƣợc duyệt đơn xin tham gia chƣơng trình hỗ trợ “những trung tâm xuất sắc” trong khu vực bằng kinh phí 3 năm do Uỷ ban Châu Âu cấp và đã nhận đƣợc một khoản kinh phí hỗ trợ của Uỷ ban Châu Âu. Hơn 180 viện nghiên cứu thuộc các nƣớc Trung và Đông Âu đã nộp đơn và Hội CB đƣợc xếp ở vị trí thứ ba.