Vấn đề an toàn và bảo mật là vấn đề được quan tâm không chỉ bởi doanh nghiệp mà còn đối với tất cả các đối tượng nộp thuế kể cả tổ chức lẫn cá nhân. Đối với doanh nghiệp các thông tin về doanh nghiệp cũng như các thông tin về thuế được kê khai luôn phải được bảo mật cao và đảm bảo an toàn. Theo kết quả nghiên cứu, giá trị
trung bình của đánh giá doanh nghiệp về sự an toàn và bảo mật của các dịch vụ thuế trực tuyến là 3,13 điểm, trong đó theo nghiên cứu vấn đề an ninh website được đánh giá thấp nhất cho thấy doanh nghiệp chưa có niềm tin vào an ninh trang web được cung cấp. Muốn cải thiện vấn đề này, Cục thuế Hà Nội nói riêng, ngành Thuế nói chung cần xây dựng hệ thống tường lửa, hệ thống antivirus thống nhất toàn ngành và theo kịp bước chân thời đại vì hiện nay các loại virus, mã độc phát triển như vũ bão. Ngoài ra, cần“xây dựng được một bộ tiêu chuẩn về an toàn, ứng dụng các tiêu chuẩn này vào hệ thống nhằm loại trừ hoặc giảm thiểu tới mức tối đa các tác động nguy hiểm của các biện pháp tấn công ngày càng đa dạng và tinh vi, đe dọa nghiêm trọng tới sự an tồn của thơng tin.”
Mặt khác, Cục Thuế Hà Nội cần có sự phối hợp chặt chẽ với Kho bạc Nhà nước, Ngân hàng, các đơn vị cung cấp dịch vụ chữ ký số nhằm đảm bảo các thủ tục hành chính thuế liên quan đến dịch vụ thuế trực tuyến được thực hiện một cách nhanh chóng, dễ dàng, đảm bảo tính an tồn và bảo mật, chính xác và tồn vẹn dữ liệu. Bên cạnh đó, cũng cần nâng cấp hệ thống phần mềm hỗ trợ kê khai (iHTKK) thường xuyên, định kỳ nhằm đáp ứng được các chính sách mới của Nhà nước, đảm bảo cập nhật thơng tin và quy trình chính xác nhất. Việc phát hiện sai sót số học và cảnh bảo cho doanh nghiệp thông qua hệ thống trang web cũng cần được nâng cấp, tránh tình trang hồ sơ kê khai thiếu sót, có xuất hiện sai lỗi số học như hiện nay có một số doanh nghiệp mắc phải mà chưa được phát hiện.