Khi thực hiện kê khai và nộp thuế qua mạng thì tính hiệu quả là vấn đề được doanh nghiệp rất quan tâm bởi khi sử dụng bất kỳ dịch vụ nào doanh nghiệp luôn xem xét đến những lợi ích mà dịch vụ mang lại. Theo kết quả nghiên cứu tính hiệu quả đạt 3,0 điểm – thấp nhất trong các nhân tố được xem xét trong luận án, cho thấy doanh nghiệp chưa thực sự cảm thấy dịch vụ thuế trực tuyến mang lại hiệu quả.
Để nâng cao hơn nữa sự hài lòng của doanh nghiệp đối với dịch vụ Thuế trực tuyến thì Cục Thuế Hà Nội cần có một hệ thống trang web hiện đại hơn, đáp ứng được nhu cầu sử dụng của doanh nghiệp về các tính năng cũng như tốc độ đường truyền cần ổn định hơn, khắc phục tình trạng lỗi mạng, lỗi hệ thống đến mức tối đa.
Đối với vấn đề chữ ký số, có một vướng mắc cịn tồn tại là việc sử dụng chữ ký số phải có xác thực của chủ doanh nghiệp. Vấn đề này sẽ gây ra khó khăn cho nhân viên kế toán khi chủ doanh nghiệp đi vắng. Vì khơng ai thay thế được, có thể dẫn đến tình trạng kê khai và nộp thuế chậm so với quy định. Vì vậy, Cục Thuế cần nhanh chóng hồn thiện hệ thống, nâng cấp ứng dụng giúp doanh nghiệp có thể đăng ký nhiều chữ ký số cho một dịch vụ phù hợp với phân công công việc trong nội bộ doanh nghiệp, giải quyết được tình trạng chủ doanh nghiệp đi vắng vẫn có người đại diện hồn thành cơng việc.
Bên cạnh đó, Cục Thuế cần phối hợp với các bộ, ban ngành liên quan để triển khai việc nộp thuế và hoàn thuế điện tử. Đặc biệt là đối với vấn đề hoàn thuế mới bắt đầu triển khai hiện nay. Cần rút ngắn thời gian cũng như thủ tục hành chính để việc nộp thuế và hồn thuế trực tuyến sẽ trở nên thuận tiện và dễ dàng hơn.