Sau giai đoạn đổi mới đến nay, quy mô và phương thức hoạt động của hệ thống dịch vụ vận tải (với các doanh nghiệp vận tải là hạt nhân) liên tục thay đổi nhằm đáp ứng nhu cầu của toàn xã hội. Doanh nghiệp vận tải vừa là đối tượng chịu sự tác động bởi chủ trương, chính sách quản lý từ các cơ quan QLNN, đồng thời cũng là tác nhân quan trọng góp phần nâng cao hiệu quả, hiệu lực của hoạt động QLNN trong các lĩnh vực liên quan. Dưới sự quản lý và điều tiết của các cơ quan QLNN, sự tuân thủ quy định pháp luật và chịu trách nhiệm trước pháp luật của doanh nghiệp cùng với các bên tham gia vào hoạt động vận tải có ảnh hưởng rất lớn đến mơi trường kinh doanh nói chung và mơi trường pháp luật nói riêng. Về tổng thể, trong hơn một thập kỷ qua, hệ thống dịch vụ VTHH bằng ơ tơ ở Việt Nam đã
có bước phát triển mạnh mẽ theo hướng ngày càng hiệu quả và có tính chun nghiệp cao. Tuy nhiên, dưới góc độ QLNN, hoạt động của các tổ chức, doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ vận tải nói chung, VTHH bằng ơ tơ nói riêng vẫn cịn nhiều tồn tại, bất cập trên một số phương diện sau:
- Về quản lý hoạt động kinh doanh: Khác với các phương thức vận tải đường sắt, đường thủy hay hàng khơng, DNVT hàng hóa bằng ơ tơ khơng phải đầu tư mạng lưới đường hay bến bãi nên quy mô vốn kinh doanh tập trung vào đầu tư phương tiện và hệ thống điều hành, quản lý doanh nghiệp. Trong giai đoạn hơn 10 năm trở lại đây, mặc dù số lượng DNVT hàng hóa bằng ơ tơ gia tăng nhanh chóng nhưng quy mô phương tiện khá nhỏ với nhiều mơ hình doanh nghiệp khác nhau, gồm: Các cơng ty cổ phần hóa từ doanh nghiệp nhà nước, cơng ty cổ phần, công ty TNHH, hợp tác xã và hộ kinh doanh. Quy mơ vốn, phương tiện nhỏ và trình độ quản lý vận tải còn lạc hậu, chưa đẩy mạnh áp dụng các phương pháp, công cụ quản lý ứng dụng công nghệ thông minh trong quản lý kinh doanh. Điều này dẫn đến khả năng kết nối thông tin trong tổ chức và hợp tác giữa các bên tham gia hoạt động vận tải chưa đem lại hiệu quả cao. Thực tế cho thấy, tỷ lệ quãng đường xe chạy rỗng vẫn ở mức cao (từ 30 - 50%) làm tăng giá thành vận tải, tăng lưu lượng phương tiện trên đường, giảm hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp và toàn hệ thống dịch vụ vận tải.
- Về tuân thủ các quy định của pháp luật: Về tổng thể, các doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ vận tải đã chấp hành tốt thủ tục hành chính đảm bảo điều kiện kinh doanh đúng quy định. Tuy nhiên trong quá trình hoạt động vận tải, theo nhận định của các cơ quan QLNN, một số đơn vị vận tải (trong đó nhân viên lái xe chịu trách nhiệm chính) đã bộc lộ một số hành vi chưa tuân thủ nghiêm quy định của QLNN về tải trọng phương tiện, an toàn giao thơng và bảo vệ mơi trường. Trong đó, ý thức tuân thủ pháp luật của người tham gia vận tải chưa cao, sức ép giảm chi phí vận chuyển và cạnh tranh gay gắt do mất cân đối cung - cầu là những nhân tố chủ yếu dẫn đến hành vi không tuân thủ quy định.
- Sự kết nối chặt chẽ và tuân thủ quy định về cung cấp thông tin của các DNVT liên quan đến hoạt động kinh doanh vận tải cho các cơ quan QLNN vẫn còn
nhiều hạn chế. Nguyên nhân chủ yếu là chưa có sự vào cuộc quyết liệt của các cơ quan QLNN, sự sẵn sàng của DNVT và các bên cung cấp giải pháp công nghệ quản lý điều hành hiện đại. Điều này gây khó khăn khơng nhỏ cho QLNN trong quản lý điều phối giao thông và ban hành các chính sách liên quan đảm bảo bám sát với thực trạng môi trường kinh doanh theo vùng lãnh thổ, tuyến giao thông và điều kiện cụ thể của doanh nghiệp.