Chính phủ (gọi tắt là các Bộ): Theo quy định, Phịng lưu trữ Bộ có chức
năng “giúp Chánh Văn phòng và lãnh đạo Bộ thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về công tác lưu trữ và tài liệu lưu trữ trong phạm vi bộ và các cơ quan trực thuộc” [33;548]. Tuy nhiên, trên thực tế, Phòng Lưu trữ bộ chủ yếu làm nhiệm vụ lưu trữ tài liệu cho cơ quan, cịn chức năng quản lý cơng tác lưu trữ trong phạm vi Bộ và đơn vị trực thuộc hầu như chưa được thực hiện. Sở dĩ có tình trạng như vậy là vì: phần lớn các Bộ khơng bố trí đủ cán bộ. Theo thống kê của Cục Lưu trữ Nhà nước đối với 75 cơ quan TW năm 2002, chỉ có 23 cơ quan bố trí cán bộ làm cơng tác lưu trữ vượt qua giới hạn tối thiểu như trong Thông tư số 40/1998/TT – TCCP ngày 24/01/1998 của Ban Tổ chức Cán bộ Chính phủ quy định, có tới 2/3 số cơ quan bố trí từ 1 đến 2 cán bộ. Đây là một hạn chế rất lớn đối với tổ chức lưu trữ ở các cơ quan. Vì khi số lượng cán bộ q ít thì hiệu quả hoạt động thấp, về cơ bản các cán bộ lưu trữ ở đây chỉ làm nhiệm vụ “trông nom” tài liệu chứ chưa thực hiện được nhiệm vụ theo yêu cầu. Ngoài ra, tại nhiều cơ quan chỉ bố trí cán bộ làm kiêm nhiệm công tác lưu trữ chứ khơng có cán bộ chun trách. Vì vậy thực tế tổ chức lưu trữ của nhiều cơ quan chỉ có danh mà khơng có thực “có tên tổ chức, nhưng tổ chức
hoạt động khơng có hiệu quả ”. Phòng lưu trữ, hoặc tổ lưu trữ ở những cơ quan đó thực chất chỉ là những nhà kho chứa tài liệu do các đơn vị chuyển xuống khi hết diện tích.
Bên cạnh những hạn chế về số lượng, trình độ cán bộ lưu trữ ở các bộ cũng còn nhiều bất cập. Cụ thể cũng theo thống kê tại báo cáo trên, trong tổng số 75 cơ quan có 163 cán bộ làm cơng tác lưu trữ, chỉ có 60 cán bộ có trình độ
đại học lưu trữ, chiếm 36,7%; cán bộ có trình độ trung cấp lưu trữ 38 người, chiếm 23,9%, số cán bộ cịn lại khơng có trình độ chun mơn về lưu trữ. Hay nói cách khác họ làm trái ngành, trái nghề. Như vậy, theo quy định tiêu chuẩn ngạch công chức lưu trữ họ không đạt yêu cầu, số lượng này chiếm tỷ lệ khá lớn ở các cơ quan. Cũng theo số liệu điều tra trên, trong tổng số 75 cơ quan, có tới 39 cơ quan khơng có cán bộ có trình độ đại học về lưu trữ chiếm 52%.
Bên cạnh những hạn chế về đội ngũ cán bô, trong quy định về chức năng, nhiệm vụ của các Phòng lưu trữ Bộ chưa xác định mối quan hệ ngành dọc với cơ quan quản lý ngành. Hiện nay, Phòng lưu trữ các Bộ được quan niệm là một tổ chức thuộc Văn phịng Bộ và khơng có mối quan hệ pháp lý đối với cơ quan quản lý ngành. Phòng Lưu trữ Văn phòng Bộ chỉ chịu trách nhiệm trước Văn phòng, và Bộ chủ quan mà khơng phải chịu trách nhiệm gì về mặt chun mơn với Cục Văn thư và Lưu trữ nhà nước.