Môi trường chăn nuôi ở Việt Nam hiện nay đang bị ô nhiễm đến mức báo động. Các trang trại hầu hết phát triển tự phát, ít có quy hoạch, xây dựng ngay trong vườn nhà, trong thôn xóm. Chỉ một số ít các trang trại được xây dựng và quy hoạch cách ly khu dân cư, có đầu tư xử lý môi trường nhưng cũng không triệt để.
Ở thành phố Biên Hòa, để giải quyết vấn đề ô nhiễm môi trường trong chăn nuôi, thành phố Biên Hòa đã và đang triển khai thực hiện nhiều biện pháp như: di dời các cơ sở chăn nuôi xa khu dân cư, xây dựng hệ thống hầm khí biogas…Tuy nhiên trên thực tế các cơ sở chăn nuôi có chuồng trại hợp vệ sinh trên địa bàn thành phố còn khá thấp và vẫn nằm xen lẫn trong các khu dân cư; số hộ chăn nuôi gia súc có áp dụng biện pháp xử lý ô nhiễm môi trường chưa nhiều nên việc xử lý nước thải, khí thải gây ô nhiễm môi trường trong chăn nuôi còn gặp nhiều khó khăn.
Chăn nuôi càng phát triển thì việc phòng chống ô nhiễm môi trường càng trở nên cần thiết và cấp bách. Phòng chống ô nhiễm môi trường luôn đi đôi với sự phát triển của ngành chăn nuôi hiện đại, có như thế thì việc phát triển ngành chăn nuôi tập trung, chăn nuôi trang trại mới bền vững được.
Từ số liệu số trang trại và quy mô chăn nuôi gia cầm thuộc các tỉnh đồng bằng sông Hồng trong Báo cáo thống kê của Cục Chăn nuôi - Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn năm 2007, đã xác định lượng phân gà thải ra tại các trang trại chăn nuôi tập trung trong một năm lượng phân lên đến 253.299 tấn. Tuy nhiên lượng phân này phân bố không đều ở các tỉnh. Tỉnh Hà Tây (cũ) có số lượng trang trại nhiều nhất 375 trang trại, số gà chăn nuôi tập trung cao nhất (1.602.000) con và lượng phân thải ra lớn nhất (63.588 tấn). Tỉnh Ninh Bình với số trang trại là 33, số gia cầm chăn nuôi tập trung là 225 000 con, với lượng phân thải ra là 9.043 tấn. Theo tính toán, năm 2008, lượng chất thải do chăn nuôi ở nước ta trên 82 triệu tấn. Nghiên cứu của Cục Chăn nuôi cho rằng khoảng 50% chất thải rắn (40 triệu tấn) và 80% lượng nước thải (20 đến 25 triệu m3) thải trực tiếp ra môi trường không qua xử lý. Một nghiên cứu khác kết luận rằng một phần chất thải chăn nuôi được giải quyết bằng cách trữ phân chuồng tươi (26%), xử lý bằng biogas (21%), khoảng 12% lượng nước thải chăn nuôi được đưa ra ao cá không qua xử lý. Số phân chuồng, nước thải không được xử lý và tái sử dụng lại chính là nguồn cung cấp phần lớn các khí thải gây hiệu ứng nhà kính (chủ yếu là CO2, N2O), ngoài ra còn làm mất độ phì đất, nhiễm kim loại nặng, ô nhiễm đất,
gây phì dưỡng và ô nhiễm nguồn nước (Bùi Hữu Đoàn, 2007).
Theo số liệu của Sở Khoa học và Công nghệ Nam Định năm 2014, qua khảo sát tại xã Trực Thái (Trực Ninh - Nam Định) có 91,13% hộ nuôi lợn và xã Trung Châu (Đan Phượng -Hà Tây cũ, nay thuộc Hà Nội) với 93,33% số hộ nuôi lợn, quy mô 3-43 con/hộ thấy mức độ ô nhiễm đang ở tình trạng báo động. Khí độc NH3, H2S có trong không khí cao hơn mức cho phép 4,7 lần, nhiễm khuẩn trong chuồng trung bình là 18.675 vi sinh vật (cao hơn tiêu chuẩn của Nga 12 lần), nước thải nhiễm E.Coli và 25% số mẫu nhiễm trứng giun với mật độ 4.025 trứng/500ml nước thải. Hàm lượng COD (nhu cầu ôxy hoá học) là 3.916mg/l, trong khi tiêu chuẩn cho phép chỉ từ 100 đến 400mg/lít. Một ví dụ khác, ở các trại lợn tại xã Đức Sơn (TP. Đồng Hới) của Trung tâm Giống vật nuôi tỉnh Quảng Bình, hàng ngày thải ra lượng chất thải lớn không được xử lý làm 50 hộ dân quanh vùng không thể sử dụng nguồn nước ngầm do có váng vàng, mùi hôi tanh. Tỷ lệ người dân mắc bệnh tiêu chảy, mẩn ngứa, ghẻ lở rất cao. Chăn nuôi lợn ở xã Tô Hiệu (Thường Tín - Hà Nội) với việc xả thẳng phân, nước tiểu lợn ra cống rãnh và hệ thống thoát nước làm môi trường ở đây ô nhiễm nặng nề, ảnh hưởng đến sức khỏe người dân. Chất gây ô nhiễm môi trường không chỉ là phân mà còn có lượng lớn chất độn chuồng, thức ăn thừa, xác gia súc, gia cầm chết. Ngoài ra, còn có chất thải rắn trong lò mổ như chất thải trong ống tiêu hóa còn máu, mỡ, phủ tạng hoặc sản phẩm bị loại bỏ trong quá trình kiểm soát giết mổ.
Chất thải chăn nuôi làm ô nhiễm môi trường đất, nước, không khí và nó còn mang tính chất lây nhiễm mầm bệnh. Phân vật nuôi có chúa các vi sinh vật gây bệnh khi bị lan tỏa nó sẽ gây bệnh cho các vật nuôi khác và cả người. Vật nuôi này mang những mầm bệnh của động vật khác cùng với nguồn nước bề mặt bị nhiễm bẩn sẽ đe doạ đến sức khoẻ của chúng và vật nuôi khác. Vật nuôi cũng có thể gây ô nhiễm bề mặt nước trên diện rộng. Khi thời tiết lạnh, đặc biệt là khi trời mưa thì nguy cơ lây nhiễm của vi sinh vật gây bệnh thương hàn ở dòng nước đứng (nước tan chảy) là rất cao. Điều này cũng được thấy mầm bệnh vi sinh vật có ở cả người và vật nuôi khi nhiễm bẩn trực tiếp nước bề mặt chứa phân. Hơn nữa, sự nhiễm bẩn thực phẩm cũng được tìm thấy khi quản lý chất thải chăn nuôi không tốt. Phân chuồng bón cho thực vật có thể bị nhiễm trong đất do vi sinh vật thương hàn đã được cho thấy bởi Brackett. Các bằng chứng nhiễm bẩn đã tìm thấy trong thức ăn sống, từ đó làm tăng xu hướng nhiễm bệnh (Nguyễn Xuân Thành, 2003).
Ô nhiễm môi trường không khí cũng đáng lo ngại bởi nó bao gồm các khí độc, gây khó chịu, tiếp xúc lâu có thể gây các bệnh nguy hiểm về hô hấp.
Khí NH3 được sinh ra từ phân và nước tiểu vật nuôi sẽ gây tiết dịch, co thắt khí quản và ho. Trên lợn NH3 có thể làm chậm sự dậy thì và động hớn trên lợn nái dự bị, làm tăng tỷ lệ bệnh viêm phổi và viêm teo xương mũi trên lợn. Khí H2S là một loại khí rất độc có trong không khí chuồng nuôi bị ô nhiễm. H2S phá hủy Hemoglobin (Hb) gây thiếu máu hay kết hợp với sắt trong Hb làm mất khả năng vận chuyển oxy của Hb. Ngoài việc tích lũy hai chất khí trên, không khí chuồng nuôi còn tích lũy một số khí khác như CO2 và các khí có mùi hôi thối khó chịu.
Trong nước thải chăn nuôi còn chứa một lượng lớn vi sinh vật gây bệnh và trứng ký sinh trùng. Thời gian tồn tại của chúng trong nước thải khá lâu. Theo các số liệu nghiên cứu cho thấy: Erysipelothrise insidiosa 92-157 ngày, Brucella 105-171 ngày, Mycobacterium 475 ngày, virus lở mồm long móng 190 ngày, Leptospira 21 ngày, trứng ký sinh trùng đường ruột 12 - 15 tháng. Đây là nguồn truyền bệnh dịch rất nguy hiểm.
So với nước bề mặt, nước ngầm ít bị ô nhiễm hơn. Tuy nhiên với quy mô chăn nuôi ngày càng tập trung, lượng chất thải ngày một nhiều, phạm vi bảo vệ không đảm bảo thì lượng chất thải chăn nuôi thấm nhập qua đất đi vào mạch nước ngầm làm giảm chất lượng nước. Bên cạnh đó, các vi sinh vật nhiễm bẩn trong chất thải chăn nuôi cũng có thể xâm nhập nguồn nước ngầm. Ảnh hưởng này có tác dụng lâu dài và khó có thể loại trừ.
Kim loại nặng có xu hướng tích luỹ trong đất, đặc biệt ở lớp đất gần bề mặt. Do vậy, mức độ độc hại về lâu dài phải được chú ý đến. Tính độc của kim loại nặng biểu hiện ở việc gây nên sự sụt giảm số lượng và làm giảm sự đa dạng của vi sinh vật đất, ảnh hưởng lên vi sinh vật có lợi cho đất (ví dụ vi sinh vật cải thiện sự hô hấp của đất, phân huỷ chất hữu cơ, cố định nitơ…). Kim loại nặng còn có tác dụng gián tiếp làm giảm sự phân huỷ thuốc trừ sâu và những chất hữu cơ khác thông qua việc tiêu diệt các loại vi khuẩn và nấm mà trong điều kiện bình thường các vi sinh vật này sẽ phân giải các chất nguy hại. Đồng (Cu) và kẽm (Zn) tồn dư trong chất thải chăn nuôi là hai trong nhiều yếu tố gây ô nhiễm kim loại nặng đối với đất. Việc bổ sung oxid kẽm (ZnO) với hàm lượng quá cao trong thức ăn cho lợn so với quy định để phòng ngừa tiêu chảy là nguyên nhân cơ bản dẫn đến tình trạng này.
Công tác quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn của ngành nông nghiệp nói chung và ngành chăn nuôi nói riêng trong việc bảo vệ môi trường chăn nuôi bước đầu cũng đã
có kết quả đáng ghi nhận. Bộ Nông nghiệp và PTNT đã ban hành khoảng gần 30 văn bản có nội dung liên quan chi tiết đến công tác bảo vệ môi trường trong chăn nuôi từ khâu xuất nhập khẩu con giống, chỉ đạo sản xuất, phòng chống dịch bệnh, ... và nhiều văn bản khác có yêu cầu chú ý đến môi trường trong sản xuất, kinh doanh vật nuôi thông thường và vật nuôi quý hiếm. Một số Sở Nông nghiệp và PTNT đã ban hành văn bản về quy định hoặc hướng dẫn bảo vệ môi trường trong chăn nuôi. Nhiều mô hình khuyến nông chăn nuôi (lợn, gà) được xây dựng có tiêu chí an toàn sinh học và thân thiện với môi trường được áp dụng ở hầu hết các tỉnh thành trong toàn quốc. Hiện cũng đã có khoảng vài chục nghiên cứu chuyên sâu về môi trường trong chăn nuôi và đề xuất các giải pháp thích ứng.
Công tác bảo vệ môi trường trong chăn nuôi (thụ động đối phó) và giảm thiểu rủi ro cho chăn nuôi do ô nhiễm và sự cố môi trường (chủ động ứng phó) là công tác đã và đang được nhiều bộ, ngành, các cấp chính quyền và người chăn nuôi quan tâm.
Tuy nhiên, các hoạt động thiết thực như đẩy mạnh công tác nghiên cứu, ban hành các tiêu chuẩn, quy chuẩn, thông tư hướng dẫn xây dựng đánh giá tác động môi trường, bản cam kết bảo vệ môi trường, ... , công tác thanh tra, kiểm tra, công tác hỗ trợ kỹ thuật, thiết bị xử lý chất thải, cải thiện môi trường cho các quy mô chăn nuôi, ... còn chưa đáp ứng yêu cầu thực tế. Việc lồng ghép công tác bảo vệ môi trường trong chăn nuôi với các hoạt động chỉ đạo sản xuất, quản lý, thanh kiểm tra sản xuất, kinh doanh giống vật nuôi cũng chưa cao. Chưa xây dựng được đánh giá môi trường chiến lược trong chiến lược phát triển ngành chăn nuôi. Số lượng trang trại chăn nuôi xây dựng đánh giá tác động môi trường được phê duyệt và thực hiện nghiêm túc còn ít.