Theo quy định của Luật tổ chức cơ quan điều tra hình sự năm 2015 thì hệ thống tổ chức cơ quan điều tra gồm: Cơ quan điều tra của CAND; Cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân; Cơ quan điều tra của VKSNDTC.
Trong CAND có: Cơ quan An ninh điều tra BCA; Cơ quan An ninh điều tra Công an cấp tỉnh; Cơ quan CSĐT BCA; Cơ quan CSĐT Công an cấp tỉnh; Cơ quan CSĐT Công an cấp huyện.
Tổ chức bộ máy của Cơ quan CSĐT BCA gồm có: Văn phịng Cơ quan CSĐT; Cục CSĐT tội phạm về trật tự xã hội; Cục CSĐT tội phạm về tham nhũng, kinh tế và chức vụ; Cục CSĐT tội phạm về ma túy; Cục CSĐT tội phạm về buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, sản xuất, buôn bán hàng giả, hàng cấm, xâm phạm sở hữu trí tuệ (trên thực tế Cục này đã sáp nhập vào Cục CSĐT tội phạm về tham nhũng, kinh tế và chức vụ).
Tổ chức bộ máy của Cơ quan CSĐT Công an cấp tỉnh gồm có: Văn phịng Cơ quan CSĐT; Phòng CSĐT tội phạm về trật tự xã hội; Phòng CSĐT tội phạm về tham nhũng, kinh tế và chức vụ; Phòng CSĐT tội phạm về ma túy; Phòng CSĐT tội phạm về buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, sản xuất, buôn bán hàng giả, hàng cấm, xâm phạm sở hữu trí tuệ (trên thực tế khơng thành lập phịng này).
Tổ chức bộ máy của Cơ quan CSĐT Cơng an cấp huyện gồm có: Đội Điều tra tổng hợp; Đội CSĐT tội phạm về trật tự xã hội; Đội CSĐT tội phạm về kinh tế và chức vụ; Đội CSĐT tội phạm về ma túy.
Cơ quan CSĐT các cấp hiện có khoảng 13.000 điều tra viên. Số lượng điều tra viên này chưa đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ. Nhiều điều tra viên phải làm việc quá tải nên phần nào ảnh hưởng đến chất lượng công tác.
Từng đơn vị thuộc Cơ quan CSĐT các cấp trong quá trình thực hiện hoạt động điều tra tội phạm đều có chức năng, nhiệm vụ HTQT về TTTPHS theo từng lĩnh vực được phân công để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Các đơn vị này đồng thời có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với nhau để đảm bảo các hoạt động này được thực thi một cách có hiệu quả, góp phần vào hoạt động phòng ngừa, đấu tranh tội phạm, thúc đẩy hoạt động HTQT phòng, chống tội phạm.
Căn cứ chức năng nhiệm vụ và yêu cầu thực tiễn thì cần thiết có đơn vị theo dõi, thực hiện hoạt động TTTPHS của Cơ quan CSĐT. BCA đã giao Văn phòng Cơ quan CSĐT BCA giúp Thủ trưởng Cơ quan CSĐT BCA thực hiện nhiệm vụ theo dõi, đề xuất, trực tiếp thực hiện yêu cầu TTTPHS, dẫn độ thuộc chức năng, nhiệm vụ của Cơ quan CSĐT BCA; phối hợp với các đơn vị có liên quan thuộc Cơ quan CSĐT BCA thực hiện HTQT trong TTHS.
Ngày 08/5/2012, Bộ trưởng BCA đã ban hành quyết định thành lập Phòng TTTP về hình sự và HTQT trong TTHS thuộc Văn phòng Cơ quan CSĐT BCA. Ngày 2/10/2012 Phịng đã chính thức triển khai hoạt động với chức năng, nhiệm vụ theo dõi, đề xuất, trực tiếp thực hiện yêu cầu TTTPHS, dẫn độ thuộc chức năng, nhiệm vụ của Cơ quan CSĐT BCA do VKSNDTC chuyển giao hoặc những yêu cầu khác có liên quan; phối hợp với các đơn vị thuộc Cơ quan CSĐT BCA thực hiện HTQT trong TTHS; hướng dẫn công an các đơn vị, địa phương về cơng tác TTTP về hình sự và HTQT trong TTHS.