Bến Tre xuất phát điểm từ một nền nông nghiệp lạc hậu, sản xuất phân tán, manh mún; năng suất, chất lượng và hiệu quả kém. Đất đai bị chia cắt, biệt lập với các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long và Thành phố Hồ Chí Minh. Diện tích canh tác nhỏ bé (bình quân khoảng 800m2/người), thu nhập của tỉnh chủ yếu từ nông nghiệp, dân số sống bằng nghề nông, đời sống gặp nhiều khó khăn, thiếu vốn sản xuất và chuyển giao, ứng dụng tiến bộ KH, CN vào sản xuất. Trình độ dân trí thấp, việc áp dụng KH, CN gặp nhiều khó khăn, tình trạng chảy máu chất xám có xu hướng ngày càng cao.
Do xuất phát điểm về KH, CN còn thấp, cả về nhận thức, trình độ, năng lực sáng tạo và nhu cầu, năng lực tiếp nhận của sản xuất còn hạn chế nên việc nâng cao năng lực và trình độ công nghệ của các ngành sản xuất phải có thêm thời gian, hơn nữa đây là những nhiệm vụ khó và mới mẻ, đòi hỏi phải tập trung nhiều vốn, trí tuệ và sự phối hợp đồng bộ của các ngành các cấp. Trong khi đó, điều kiện thu hút vốn và đội ngũ cán bộ khoa học, kỹ thuật gặp nhiều khó khăn, do thu nhập thấp, sức mua của người tiêu dùng còn hạn chế. Đầu tư vào lĩnh vực nghiên cứu, ứng dụng KH, CN vào sản xuất nông nghiệp lợi nhuận không cao, nên nhiều doanh nghiệp và nhà khoa học ít quan tâm. Hàng năm, Bến Tre phải chịu sự tác động thường xuyên của thiên tai và bão lụt đã làm giảm tốc độ phát triển của nông nghiệp hàng hóa và gây khó khăn nhất định đối với việc ứng dụng tiến bộ KH, CN vào sản xuất nông nghiệp.