Về kỹ thuật nuôi, Bến Tre ứng dụng chủ yếu kỹ thuật thâm canh và một vài mô hình xen canh trên diện tích mặt nước canh tác, mang lại hiệu quả kinh tế cao.
Kỹ thuật nuôi thâm canh: Ngoài việc tiến bộ đáng kể và hiệu quả nghiên cứu, ứng dụng trước đây, đã mở rộng quy mô đầu tư các dự án nuôi thâm canh tôm sú, tiếp tục nghiên cứu, ứng dụng theo chiều sâu, cải tiến công nghệ để hoàn thiện quy trình nâng cao hiệu quả nghề nuôi. Hiện nay, Bến Tre đang triển khai dự án thực hành nuôi tôm tốt, kiểm soát vùng nuôi an toàn theo hướng bền vững. Nghiên cứu, ứng dụng và chuyển giao tiến bộ mới công nghệ sinh học từ khâu xử lý môi trường ao nuôi đến quá trình sinh trưởng của vật nuôi với hơn 60 mô hình nuôi nước ngọt. Nhiều mô hình nuôi lồng bè, nuôi công nghiệp, bán công nghiệp, nuôi thả tự nhiên vừa bảo vệ giống bản địa (cá rô đồng, lóc, trê, sặc rằn, cá kèo, tôm càng xanh…), vừa du nhập có chọn lọc các đối tượng mới (cá tra, cá điêu hồng, ba sa, cá rô phi dòng Gift…) có giá trị thương phẩm tốt.
Kỹ thuật nuôi xen: Trên cùng một diện tích cánh tác, người nông dân đã đưa kỹ thuật thay đổi vật nuôi tùy theo mùa và sự thay đổi nguồn nước (ngọt, lợ), để sử dụng con giống thích ứng. Nếu là mùa nắng, nước mặn nhiều, thì người nuôi có thể sử dụng giống (tôm sú, cua biển, nghêu, sò) để thả nuôi bằng biện pháp công nghiệp, bán công nghiệp. Nhưng nếu là mùa mưa, lượng mưa lớn trên 100mm trở lên, thì người nuôi sử dụng con giống thích ứng (rô phi, điêu hồng, tôm đất, cá lóc…), thả nuôi tự nhiên. Với kỹ thuật nuôi như vậy đã tạo ra năng suất cao, đáp ứng tiêu dùng quanh năm, tăng thu nhập và việc làm cho người lao động nông nghiệp, mang lại nguồn thu lớn cho ngân sách tỉnh.