Mặc dù đạt được những thành tựu trên nhiều lĩnh vực, góp phần to lớn vào sự phát triển vượt bậc của sản xuất nông nghiệp ở tỉnh Bến Tre trong những năm gần đây, nhưng qua thực tiễn cho thấy việc ứng dụng tiến bộ KH, CN vào sản xuất nông nghiệp ở tỉnh vẫn còn nhiều hạn chế và yếu kém thể hiện trên các mặt sau:
Thứ nhất: Trình độ KH, CN trong sản xuất nông nghiệp ở tỉnh còn lạc hậu - năng suất, chất lượng, hiệu quả kinh tế đối với cây trồng, vật nuôi chưa cao. Việc nghiên cứu phát triển sản phẩm và sáng tạo công nghệ chưa thật sự trở thành yếu tố quan tâm của nông dân và các nhà khoa học trong tỉnh, nên sự đóng góp từ kết quả KH, CN vào phát triển một số lĩnh vực nông nghiệp và những ngành phục vụ sản xuất nông nghiệp chưa rõ nét làm ảnh hưởng trực tiếp tới sự phát triển cây trồng, vật nuôi theo hướng sản xuất hàng hóa. Năng suất bình quân chỉ đạt 54,47 tạ thóc/ha, 738 tạ mía /ha, 8.520 trái dừa/ha; riêng cây ăn quả với diện tích 36.727ha, đạt 96,66% kế hoạch, sản lượng thu hoạch 365,341 tấn [42, tr.19]. Trong đó, chỉ đạt 50% sản phẩm là hàng hóa, còn lại chủ yếu cho tiêu dùng cá nhân, hộ gia đình là chính. Vì vậy, nền nông nghiệp tỉnh Bến Tre vẫn còn mang tính chất tự cung, tự cấp, chưa thoát khỏi sản xuất nông nghiệp thuần túy.
Thứ hai: Đội ngũ cán bộ KH, CN vừa thiếu về số lượng, vừa yếu về chất lượng, hệ thống các cơ quan nghiên cứu và triển khai trong lĩnh vực nông nghiệp chưa hợp lý và hiệu quả hoạt động thấp.
Tiềm lực KH, CN tuy có tăng cường nhưng vẫn còn yếu. Đội ngũ cán bộ kỹ thuật có trình độ, kinh nghiệm còn yếu và thiếu, toàn tỉnh chỉ có 5 tiến sỹ, 78 thạc sỹ; cơ cấu nhân lực KH, CN theo ngành nghề còn bất hợp lý chủ yếu khoa học xã hội nhân văn, còn lĩnh vực khoa học tự nhiên rất ít, nhất là kỹ sư trong lĩnh vực sản xuất nông nghiệp lại càng thiếu. Trong khi đó lực lượng lao động trong nông nghiệp chiếm trên 50% lao động chưa qua đào tạo tay nghề. Vì vậy, chưa đáp ứng kịp với sự tiến bộ của khoa học, công nghệ hiện có.
Hệ thống các cơ quan nghiên cứu khoa học nông nghiệp chưa được nhiều, sắp xếp và phân bố chưa hợp lý chủ yếu tập trung ở thị xã, nhưng chỉ có một số trung tâm như trung tâm nghiên cứu ứng dụng tiến bộ KH, CN, trung tâm khuyến nông, khuyến ngư. Cở sở vật chật kỹ thuật, trang thiết bị phục vụ cho công tác nghiên cứu khoa học của Sở KH, CN, các trung tâm nghiên cứu ứng dụng KH, CN, đặc biệt là khoa học nông nghiệp tuy có được quan tâm đầu tư nâng cấp bước đầu, song nhìn chung còn rất nghèo nàn và lạc hậu, khả năng tiếp cận và cập nhật những tri thức mới trong lĩnh vực KH, CN nông nghiệp của thế giới còn hạn chế. Mạng lưới quản lý KH, CN cấp cơ sở chưa phát huy tốt.
Hệ thống dịch vụ KH, CN, tư vấn chuyển giao công nghệ vào sản xuất nông nghiệp còn thiếu, chưa hoàn thiện và kém hiệu quả.
Hệ thống các trung tâm khuyến nông , khuyến ngư, mặc dù cũng có những thành tựu nhất định trong việc đưa tiến bộ KH, CN vào sản xuất nông nghiệp nhưng kết quả còn hạn chế. Nguyên nhân là do kinh nghiệm về tổ chức và hoạt động khuyến nông, khuyến ngư còn ít; công tác triển khai, thực hiện các chỉ thị 63-CT/TW của Bộ Chính trị “về việc đẩy mạnh nghiên cứu, ứng dụng khoa học và công nghệ phục vụ công nghiệp hóa, hiện đại hóa nông nghiệp và nông thôn”, Chỉ thị 50-CT/TW của Ban Bí thư “về đẩy mạnh phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học phục vụ CNH, HĐH trên địa bàn tỉnh Bến Tre” còn chậm, hiệu quả chưa cao. Đội ngũ cán bộ khuyến nông, khuyến ngư chủ yếu tập trung ở tỉnh, tuy họ có kinh nghiệm chỉ đạo sản xuất nhưng chưa được đào tạo về nghiệp vụ khuyến nông, khuyến ngư một cách có hệ thống nên chưa đáp ứng được yêu cầu chuyển giao tiến bộ KH, CN cho nông dân.
Thứ ba: Việc tự nghiên cứu, ứng dụng những công nghệ mang tính chất chuyên ngành (công nghệ gen-biến đổi gen-chuyển gen vào thực vật, động vật; công nghệ enzyme…) còn hạn chế. Từ đó, dẫn đến việc tiến hành khảo nghiệm, phục tráng giống cây trồng chỉ mới tập trung cho cây lúa, chưa tự lai tạo được giống lúa có chất lượng cao; tốc độ thay đổi giống mới đối với cây màu, cây công nghiệp, cây ăn quả còn chậm; chưa có giống cây trồng đặc thù riêng cho tỉnh ngoài xoài cát hòa lộc, sầu riêng 9 Hóa, dừa dứa. Việc chuyển giao công nghệ sản xuất giống chỉ mới thực hiện ở dạng mô hình. Các kết quả nghiên cứu khoa học, nhiều mô hình sản xuất có hiệu quả về ứng dụng KH, CN chưa được tổng kết kịp thời, thiếu giải pháp phù hợp để tuyên truyền sâu rộng cho các thành phần kinh tế và nông dân tiếp thu, nhân rộng. Việc xác định cơ cấu giống và ưu tiên đầu tư cho công nghệ sinh học để ứng dụng vào sản xuất còn chậm, chưa có điều kiện để ứng dụng rộng rãi công nghệ sinh học trong đổi mới giống cây, giống con. Chưa đáp ứng được yêu cầu giống cho nông nghiệp, thủy sản theo hướng sản xuất hàng hóa và xuất khẩu. Trình độ thâm canh, chuyên canh chưa cao, quy mô sản xuất nhỏ, chất lượng hàng nông sản còn thấp và không đồng đều, số lượng sản phẩm không ổn định, sức cạnh
tranh yếu. Chưa có sản phẩm công nghệ cao từ nguồn nguyên liệu địa phương, công nghệ chế biến nông, thủy sản còn lạc hậu, công suất, hiệu quả thấp.
Nhìn chung việc ứng dụng, nhân rộng kết quả nghiên cứu KH, CN vào sản xuất và đời sống còn chậm, quy mô nhỏ, hiệu quả chưa cao; chưa có chính sách, dự án liên kết toàn vùng, còn lúng túng về phương thức tổ chức quản lý và trách nhiệm. Chưa khai thác, phát huy đúng mức tiềm năng KH, CN, còn lãng phí chất xám; thiếu độ ngũ cán bộ kỹ thuật đầu đàn; cơ cấu nhân lực KH, CN theo ngành nghề chưa hợp lý. Đầu tư cho KH, CN vẫn còn thấp; trang thiết bị, cơ sở vật chất các trạm, trại triển khai thực nghiệm chưa đáp ứng yêu cầu. Mạng lưới quản lý KH, CN cơ sở vừa thiếu vừa yếu. Vì vậy, hậu quả kéo theo là việc chuyển giao, nghiên cứu, ứng dụng vào sản xuất cây trồng, vật nuôi còn rất hạn chế, ảnh hưởng trực tiếp đến nền nông nghiệp tỉnh Bến Tre trong những năm trước mắt.
Thứ tư: Chưa liên kết chặt giữa cơ quan quản lý và ứng dụng hoa học, công nghệ. Sở Khoa học và Công nghệ, các Trung tâm nghiên cứu ứng dụng tiến bộ KH, CN vào sản xuất nông nghiệp là các cơ quan quản lý trực tiếp kết quả nghiên cứu, nhưng thiếu thông tin, hoặc thông tin chưa đầy đủ cho nông dân trong việc ứng dụng vào sản xuất. Các phương tiện thông tin đại chúng mặc dù đã chú trọng nhiều hơn đến các chương trình KH, CN, nhưng thời lượng phát sóng rất ít; những trang thông tin chuyên mục khuyến nông, khuyến ngư trên báo, đài địa phương rất ít được cập nhật thường xuyên. Thiếu sự liên kết giữa các trung tâm KH, CN tỉnh với Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, trường đại học Cần Thơ trong việc chuyển giao công nghệ giống mới và kỹ thuật nuôi trồng cây con giống. Mặc dù trong thời gian qua, tỉnh có mời một số cán bộ của ngành nông nghiệp tham gia xét duyệt, đánh giá và nghiệm thu (đỡ đầu) kết quả các đề tài nghiên cứu, nhưng phần lớn các cán bộ ở lĩnh vực này đều là những nhà quản lý, nên đề tài khi được chuyển giao cho nông dân, kết quả ứng dụng đều không cao, hoặc cho vào ngăn kéo cất đi… Đấy là những bất hợp lý hiện nay ở Bến Tre.