Dịch bệnh đối với vật nuôi ở Bến Tre cũng như trong xu hướng chung của cả nước là rất phức tạp, mặc dù hiện nay từ Trung ương đến các địa phương đã và đang ra sức phòng trừ. Các loại dịch bệnh thông thường trên gia súc gia cầm đều giảm so với các năm trước, thậm chí một số dịch bệnh đã được khống chế. Thế nhưng,do chăn nuôi chủ yếu dưới hình thức hộ gia đình, chưa được quản lý chặt, điều kiện các lò giết mổ gia súc, gia cầm còn nhỏ lẻ, manh mún; tình trạng vận chuyển kinh doanh động vật bất hợp pháp…dẫn đến tình hình virút cúm phát sinh ở gia cầm và gia súc vẫn còn là mối đe dọa của tỉnh. Vì vậy, công tác phòng chống dịch được đặt lên hàng đầu:
Đối với gia súc: Hầu hết các dịch bệnh đều xuất phát từ việc cơ thể vật nuôi bị nhiễm Virút và biến thể. Vì vậy, trước hết chủ động phòng bệnh bằng cách áp dụng biện pháp an toàn sinh học với kỹ thuật xử lý chuồng trại phải được đảm bảo sạch sẽ như sát trùng định kỳ bằng Vimekon, tạo cảnh quang thoáng mát và đầy đủ ánh sáng, tăng cường các loại vitamin A, C, E, D, acid hữu cơ và bêtaglucan, manan oligosaccarid giúp khôi phục hệ miễn dịch. Ngoài ra, tiêm vacxin PRRS nhược độc cho heo sau cai sữa, heo nái không mang thai, heo đậu bị, tiêm vacxin phòng Myconplasma (đối với heo bị dịch tai xanh), nhằm giảm nguy cơ phát sinh PRRS trong đàn. Tiêm phòng vacxin lở mồm lông móng miễn phí cho đàn gia súc trong tỉnh với hơn 161.696 liều vacxin đã ngăn chặn dịch này không còn xảy ra trên địa bàn tỉnh Bến Tre. Dùng một trong các loại kháng sinh sau trộn vào thức ăn cho heo ăn ngừa bệnh: Ampiseptryl, Vime-baciflor, hoặc Vimix plus nhằm tăng cường khả năng miễn dịch giúp heo có khả năng chống lại các tác nhân gây stress. Đến năm 2008, Bến Tre không còn đàn heo nào mắc dịch bệnh đưa tổng số lượng lên đến 330.450 con đạt 93,13% so với các năm trước. Ngoài ra, người nông dân đã biết sử dụng chế phẩm từ cây thuốc nam như củ gừng, tỏi, khoai môn, lá trầu không, rượu trắng giả nhỏ pha với nước; hoặc tiêm bắp Cafein, tricnin, Vitamin B1, Vtamin C cho trâu, bò bệnh liệt dạ cỏ. Hiện đã thực hiện thành công đàn bò, trâu trên 560 con [33, tr.34, 56].
Đối với gia cầm: Theo đánh giá của sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh thì tình hình dịch cúm gia cầm và một số dịch bệnh khác diễn ra với quy mô nhỏ, mức độ hẹp, nhưng ảnh hưởng tương đối lớn cho sức khỏe con người và thu nhập của nhân dân trong tỉnh. Do đó, việc ứng dụng kỹ thuật trong phòng trừ dịch bệnh là rất cần thiết.
Nghiên cứu quy luật sinh tồn và phát triển của các loại virút có ảnh hưởng trực tiếp đến gia cầm gây ra dịch bệnh, chúng ta thấy xuất hiện các dịch cúm thông thường, bệnh tụ huyết trùng, bệnh đậu gà và nhất là dịch cúm H5N1 đều do môi trường sống dẫn đến lây lan dịch bệnh ngày càng phức tạp. Vì vậy, các cơ quan chức năng của tỉnh đã tiến hành cấp phát 2.900 tờ rơi về phòng chống dịch cúm gia cầm và các dịch bệnh khác đến tay người chăn nuôi, đồng thời thực hiện công tác vệ sinh tiêu độc khử trùng chuồng trại và môi trường có dịch bệnh. Hàng năm, Chi cục thú ý đã tổ chức triển khai 3 đợt tổng vệ sinh tiêu độc khử trùng với tổng số hóa chất sử dụng 7.928 lít, tổ chức 2 đợt tiêm phòng vacxin đạt tỷ lệ 80,5% so với tổng đàn và 94,13% so với diện tiêm. Chi cục thú y triển khai lấy mẫu giám sát huyết thanh sau tiêm phòng với tổng số là 900 mẫu, trong đó vịt 510 mẫu, gà 390 mẫu. Kết quả đạt tỷ lệ bảo hộ trên đàn gà là 66,2% và trên đàn vịt là 62,6%. Các loại vacxin sử dụng tiêm phòng cho gà, vịt như Vacxin Gumboro, Lasota, Vacxin cúm gia cầm, Vacxin Niu cat xơn, vacxin tụ huyết trùng, vacxin đậu gà đã nhanh chóng đưa đến người chăn nuôi. Đến cuối năm 2008, Bến Tre đã dập dịch bệnh hoàn toàn, đưa chăn nuôi trở lại trạng thái bình thường [33, tr.43, 67] .
Thủy sản: Bến Tre đã chuyển giao và ứng dụng 4 bộ kít (Kit mono PCR-WSSV, Kit mono PCR-HPV, Kit mono PCR-MBV, Kit mono PCR-IHHNV) mới có khả năng phát hiện nhanh chóng nguyên nhân gây bệnh tôm bao gồm: Bệnh đốm trắng, gan tụy, còi, hoại tử nhằm giúp người nuôi tôm phòng được dịch bệnh. Hầu hết các bệnh này là do virút WSSV thuộc họ Nimaviridae (bệnh đốm trắng), virút HPV thuộc họ Parvoviridae (bệnh gan tụy), virút MBV thuộc nhóm Baculovirus (bệnh còi), virút IHHNV thuộc nhóm Parvovirus tất cả đều gây nhiễm và lây lan rất nhanh. Do đó, khâu chăm sóc hiện nay là sử dung biện pháp tổng hợp nhằm hạn chế bao gồm: chọn và thả giống tôm SPF hoặc SPR, hay dùng thức ăn phù hợp, có đầy đủ chất dinh dưỡng, quản lý tốt việc cho ăn, không thả tôm quá dày, đảm bảo yếu tố môi trường nước trong phạm vi thích hợp bằng
cách xử lý hóa chất diệt vi khuẩn và tạp chất trong ao. Đến cuối năm 2008 hơn 90% ao nuôi tôm không bị nhiễm virút và cho năng suất cao, bình quân 25-30 con/kg [42, tr.27].
Tình hình dịch bệnh cá tra con ở Bến Tre cũng tương đối phổ biến. Những năm qua như bệnh ngoại ký sinh, nội ký sinh, gan thận mủ, xuất huyết, bệnh trắng gan, trắng mang gây mất lòng tin đối với người nuôi tôm. Năm 2008, Trung tâm Khuyến ngư đã tập huấn kỹ thuật phòng trừ bệnh cho người nuôi. Bằng phương pháp bón vôi kết hợp xử lý Zeoplite plus, sát khuẩn nước ao nuôi bằng Fresh water, Vimekon nước hoặc Vime- Protex. Tăng sức đề kháng cho cá bằng Vitamin C Antistress và Vime glucan. Với kỹ thuật này, người nuôi cá an tâm không sợ dịch bệnh nữa, đến cuối vụ thu hoạch sản lượng đạt trên 90%.
Vào mùa mưa ở Bến Tre (khoảng tháng 5 -> 11 hàng năm) cá nuôi (nước ngọt, mặn) thường xảy ra bệnh trắng da và đuôi cá làm cho người nuôi và người tiêu dùng rất lo sợ, năng suất rất kém ảnh hưởng lớn đến thương phẩm. Đây là bệnh do vi khuẩn Pseudomonas dermoalba gây ra kéo dài khoảng 2 đến 3 ngày cá chết. Trung tâm Khuyến ngư đã hướng dẫn nông dân cần bổ sung các loại dinh dưỡng cho cá như Venevit no.9 cộng với Antistress, đồng thời bổ sung Vitamin C và các khoáng chất cần thiết cho cá. Hoặc thay thế Prozyme for fish (men tiêu hóa), Anti parast, Vime-antidisea với liều 100g điều trị cho 2tấn cá…sau một thời gian phòng trị cá lớn nhanh, chất lượng cao, thương phẩm tốt tạo được động lực cho người nuôi và được thị trường chấp nhận.