Trong lĩnh vực công nghệ chế biến thủy sản có 100% cơ sở chế biến được đổi mới thiết bị công nghệ hoặc đầu tư mới với công nghệ tiên tiến hiện đại, tăng 28,6 lần so với năm 2001. Ứng dụng công nghệ chế tạo thiết bị sản xuất, chế biến mụn dừa xuất khẩu, cải tiến hệ thống sản xuất chỉ xơ dừa đồng bộ hoàn chỉnh, phù hợp với điều kiện nông thôn vùng sâu, vùng xa. Nâng cấp công nghệ chế biến kẹo dừa, rượu Phú Lễ, rượu vang Sơri, mứt dẻo, bánh tráng Mỹ lồng, bánh phồng Sơn Đốc. Đặc biệt thông qua nghiên cứu ứng dụng đã phát triển công nghệ tạo ra dòng sản phẩm mới có giá trị tăng cao phục vụ tiêu dùng trong nước và xuất khẩu như công nghệ chế biến thạch dừa, cơm dừa nạo sấy, mụn dừa ép viên, viên nén mụn dừa làm giá thể ươm hạt giống có khả năng thay thế thiết bị ngoại nhập (giá thành thiết bị từ 30-40% so với giá nhập). Công nghệ chế biến vỏ nhãn, vỏ ca cao làm phân vi sinh, nấm bào ngư, chanh, tắc xí muội, chanh tắc sấy khô, nước ép cô đặc đóng chai. Kết quả dự án “Hỗ trợ công nghệ sản xuất sạch hơn
và tiết kiệm năng lượng” trong chế biến thủy sản và chế biến dừa tại các cơ sở sản xuất kẹo dừa - bánh phồng mì Thiên Long; cơ sở sản xuất thạch dừa Minh Châu; nhà máy chế biến thủy sản xuất khẩu Ba Lai góp phần hoàn thiện công nghệ để có thể tiết kiệm 10- 15% năng lượng và giảm chi phí sản xuất từ 7 - 10%. Đến nay, Bến Tre đã có hơn 500 công nghệ chế biến các loại nông sản hàng hóa, tạo được niềm tin cho bà con nông dân an tâm sản xuất và tiêu thụ [34, tr.25].