Thuật ngữ “Quy định kiểm dịch động vật” chỉ các quy định có mục tiêu cơ bản nhằm đảm bảo an toàn thực phẩm, ngăn chặn các bệnh tật lây truyền qua động vật không cho phép nhập khẩu vào một quốc gia. Còn “Quy định kiểm dịch thực vật” là các quy định nhằm ngăn chặn những căn bệnh lây truyền qua thực vật.
Theo Phụ lục A của Hiệp định về áp dụng các biện pháp kiểm dịnh động thực vật (Agreement on the Application of Sanitary and Phytosanitary Measures - Hiệp định SPS), các biện pháp kiểm dịch động thực vật được các nước áp dụng để bảo vệ: (i) cuộc sống của con người hoặc vật nuôi khỏi rủi ro do lương thực gây ra do việc sử dụng chất phụ gia, chất gây ô nhiễm, độc tố hoặc các tổ chức gây bệnh (và do đó đảm bảo được an toàn thực phẩm); (ii) sức khoẻ con người khỏi các bệnh lây nhiễm từ vật nuôi hoặc cây trồng; (iii) vật nuôi và cây trồng khỏi các loại sâu và dịch bệnh.
Quy định về việc sử dụng các biện pháp kiểm dịch được nêu trong Hiệp định SPS yêu cầu các quốc gia thành viên phải:
(i) Hướng dẫn xây dựng các biện pháp SPS căn cứ vào các tiêu chuẩn chỉ dẫn và khuyến nghị quốc tế được các tổ chức sau xây dựng: Uỷ ban dinh dưỡng Codex; Văn phòng quốc tế về bệnh dịch động thực vật; Các tổ chức quốc tế và khu vực có liên quan, hoạt động trong khuôn khổ Công ước Bảo vệ Thực vật quốc tế; hoặc Bất kỳ tổ chức quốc tế nào khác do Uỷ ban về SPS của WTO uỷ quyền (Lời tựa Hiệp định SPS);
(ii) Tham gia đầy đủ vào hoạt động của các tổ chức quốc tế nêu trên nhằm thúc đẩy việc hài hoà các biện pháp SPS trên bình diện quốc tế (Điều 3.4 Hiệp định SPS);
(iii) Tạo cơ hội cho các bên liên quan ở các nước thành viên khác góp ý cho dự thảo các tiêu chuẩn nếu các tiêu chuẩn đó không có cơ sở là các tiêu chuẩn quốc
tế, hoặc đi chệch khỏi các tiêu chuẩn quốc tế hoặc khi không có tiêu chuẩn quốc tế liên quan (Điều 5 Hiệp định SPS);
(iv) Chấp nhận các biện pháp SPS của nước xuất khẩu nếu các biện pháp đó đạt cùng mức độ bảo vệ SPS và tham gia, khi có thể, vào các thảo thuận thừa nhận lẫn nhau về tính tương đương của các biện pháp kiểm dịch động thực vật cụ thể (Điều 4 Hiệp định SPS).
Hiệp định SPS yêu cầu các nước thành viên:
(1) “Đảm bảo biện pháp kiểm dịch động thực vật của các nước thành viên phù hợp với các đặc điểm kiểm dịch động thực vật của một vùng - hoặc trong cả nước, hoặc một vùng trong một nước, hoặc các vùng của một vài nước - từ đó sản xuất ra sản phẩm hoặc là nơi sản phẩm sẽ được xuất đến” (Điều 6.1). Các đặc điểm này phải được xác định, căn cứ vào mức độ phổ biến của những bệnh dịch và sâu bệnh cụ thể; và; (2) Không áp dụng các biện pháp SPS gây phân biệt đối xử vô căn cứ hoặc tuỳ tiện giữa các nước thành viên hoặc khu vực nếu như có các điều kiện tương đồng áp đặt hoặc tạo ra những hạn chế trá hình đối với thương mại quốc tế (Điều 2.3).
Tuy nhiên cần lưu ý rằng những linh hoạt trong việc cho phép không áp dụng nguyên tắc MFN chỉ được thực hiện đối với các biện pháp SPS có mục đích ngăn ngừa việc xâm nhập của các loại dịch và sâu bệnh gây ra bởi động thực vật vào nước thành viên. Các biện pháp SPS nhằm đảm bảo an toàn thực phẩm (ví dụ như các quy định về chất phụ gia, sự nhiễm bẩn hoặc mức độ chất không phân huỷ cho phép) phải được áp dụng trên cơ sở MFN.