Do đặc điểm vị trí địa lý của đầm nên môi trường của đầm Đông Hồ đã và đang chịu những ảnh hưởng rất lớn từ các hoạt động của con người. Các ảnh hưởng này không chỉ trực tiếp từ các chất thải sinh hoạt của vùng đô thị Hà Tiên và các vùng xung quanh của đầm mà còn từ các vùng dân cư sống ven sông vùng thượng nguồn sông Giang Thành và ven hệ thống kênh Hà Tiên – Rạch Giá, kênh Vĩnh Tế. Sự tác động này thể hiện sự bồi lắng do các vật liệu bị rửa trôi dọc hai bờ sông, kênh rạch và các chất độc hại trong quá trình canh tác nông nghiệp theo các dòng chảy này đi vào đầm. Theo kết quả khảo sát cho thấy hầu hết người dân ở thị xã Hà Tiên nuôi tôm theo qui mô hộ gia đình và không có hệ thống xử lý nước thải. Vì vậy môi trường nước của Đông Hồ còn chịu ảnh hưởng từ các nguồn nước thải của các hoạt động nuôi trồng thủy sản này (1).
Đánh bắt thủy sản tại đầm mang tính chất tận thu cũng góp phần làm suy giảm đáng kể nguồn lợi thủy sản của khu vực. Trong những năm gần đây việc khai thác tài nguyên thủy sản ở đầm Đông Hồ diễn ra có qui mô nhiều hơn và hình thức đánh bắt tận thu đã ảnh hưởng rất nhiều đến sự đa dạng của đầm. Theo thống kê, hiện nay trong lòng hồ có khoảng 300 – 400 dàn đăng, gần 100 miệng đáy và nhiều người dùng phương tiện rà điện để đánh bắt thủy sản trong lòng Đông Hồ. Với cách khai thác này chắc chắn sẽ làm suy thoái nghiêm trọng đến tài nguyên ở đây vì không
những sinh vật trưởng thành bị đánh bắt mà sinh vật non cũng bị chết. Đông Hồ được xem là nơi sinh sản của rất nhiều loài sinh vật biển và là nơi cung cấp nguồn giống nhiều loài thủy sản cho khu vực của đầm và các vùng lân cận. Do vậy nếu chúng ta không có biện pháp ngăn chặn kịp thời chắc chắn về lâu dài không những tính đa dạng sinh học ở đây suy giảm mà còn ảnh hưởng nghiêm trọng đến đời sống của người dân ở đây.
Những tác động của con người trong quá trình qui hoạch và phát triển của Hà Tiên đã phần nào làm suy thoái và mất đi những cảnh quan tự nhiên của Hà Tiên nói chung, Đông Hồ nói riêng. Tất cả các tác động này đều xuất phát từ ý thức của con người. Vì vậy để bảo vệ được môi trường sinh thái ở đây, ngoài những giải pháp kỹ