Đến nay hạt của các loài thân gỗ thường cho bảo tồn dài hạn, hơn nữa một số lớn hạt nhưng loài thân gỗ sinh sản vô tính, rất hạn chế trong bảo tồn hạt do vậy bảo tồn chủ yếu các mẫu bộ phân sinh dưỡng. Số lượng nguồn gen này rất lớn theo Gass, Tubutt và Zanetto, 1996 có khoảng 30.000 mẫu nguồn gen trên 21 quốc gia có loại nguồn gen này. Bảo tồn đông lạnh là một chiến lược quan trọng đối với bảo tồn nguồn gen các loài cây thân gỗ. - Bảo tồn đông lạnh mô và cơ quan của các loài cây thân gỗ
Những tiến bộ gần đây trong công nghệ nuôi cấy mô thực vật đã tạo ra một số lượng rất lớn mô và cơ quan có thể tồn trữ trong ni tơ lỏng, có ba loại mô thực vật thân gỗ bảo tồn đông lạnh
+ Đỉnh sinh trưởng: đỉnh sinh trưởng 1 - 2mm tách từ đỉnh cây, đỉnh mầm nách, đỉnh sinh trưởng trong nuôi cây In vitro.
+ Hạt hoặc phôi phân lập với các loài tạo hạt: những loài này hạt không chịu làm khô hay bán chịu làm khô không thể bảo tồn bằng ngân hàng gen hạt truyền thống
+ Dòng callus sinh phôi: tránh mất các dòng sinh phôi tiềm năng cho phép tồn trữ các vật liệu chuyển gen trong khi đang thử nghiệm trên đồng ruộng - Đông lạnh kính bảo tồn các loài cây gỗ cứng
Phương pháp đông lạnh kính đã được cải tiến trong những năm gần đây để áp dụng bảo tồn nhiều loài thân gỗ cứng, gọi là đông lạnh/đóng băng từng bước (Vitrification/one-step freezing). Khi dung dịch PVS2 được giới thiệu sử dụng bảo tồn đông lạnh tế bào cây họ cam quýt (Sakai, Kobayashi và Oiyama,1990), phương pháp này đã được áp dụng phổ biến. Đến nay PVS2 đã sử dụng bảo tồn đông lạnh đỉnh sinh trưởng thành công nhiều loài cây
thân gỗ cứng như lê (Pyrus), táo ( Malus Mill.)...Nhiều nghiên cứu ghi nhận, khi ngâm các mô vào PVS2 để bảo tồn lạnh, sau bảo tồn làm tan đông lạnh cho thấy tỷ lệ sống sót ảnh hưởng mạnh bởi thời gian xử lý, thời gian phải đủ dài đủ để khử nước tế bào và không gây độc tế bào. Dung dịch áp dụng tại 25oC trong thời gian 20 - 120 phút. Để giảm gây hại do độc tố có thể dùng dung dịch 0oC hoặc mức của nồng độ 50% trong 30 phút, tiếp theo là 100% trong 50 phút và sau đó bảo quản trong ni tơ lỏng. Nhiệt độ làm tan đông lạnh sau khi bảo tồn từ 20 - 45oC, phổ biến áp dụng là 40oC
Ngày nay bảo tồn đông lạnh cho các mắt sinh dưỡng, trên cơ sở kỹ thuật của Sakai,1960 đã áp dụng bảo tồn 1915 mẫu nguồn gen táo, các mắt thu thập mùa đông làm khô trong nhiệt độ phòng lạnh - 5oC với độ ẩm 30%; hạ nhiệt độ 1oC/giờ đến -30oC trong 24 giờ sau đó chuyển vào môi trường ni tơ lỏng - 160oC
- Bảo tồn đông lạnh với cây thân gỗ mềm
Bảo tồn đông lạnh đóng vai trò quan trọng trong chương trình chọn lọc dòng vô tính, trên cơ sở những biến dị xô ma, hiệu quả của làm lạnh chậm thành công trong nuôi cấy phôi của nhiều loài như cây vân sam xanh (Pyceapungens Engelm.) , thông (Pinus) , thông rụng lá (Larixoccidentalis Nutt.)..
- Bảo tồn đông lạnh trục phôi và hạt cây thân gỗ
Bảo tồn dài hạn hạt bằng đông lạnh đã được áp dụng với toàn bộ hạt hoặc phôi ở nhiều mức nhiệt độ khác nhau, các loài thân gỗ nhiệt đới. Đầu tiên làm khô đến độ ẩm 20% sau đó làm lạnh chậm bằng nhúng vào ni tơ lỏng, phương pháp áp dụng phổ biến cho loài hạt khô, nhưng cùng rất thành công đối với loài hạt bán khô hoặc không khô. Hạt của họ cam quýt đa phôi nhiều phương pháp đông lạnh đã được phát triển để bảo tồn hạt của chúng