Wilkes(1984) đưa ra ba mức đe dọa đến nguồn tài nguyên di truyền và đa dạng nguồn tài nguyên di truyền thực vật như sau:
- Xói mòn di truyền (Genetic erosion):
Xói mòn di truyền là một quá trình làm hạn chế và thu nhỏ vốn gen của một loài thực vật hay động vật, ngay cả khi có hơn một cá thể trong quần thể bị mất không có cơ hội thu lại hay lặp lại ở cá thể khác và gây nguy hiểm đến đa dạng quần thể.
Xói mòn di truyền trong đa dạng nông nghiệp và chăn nuôi là sự mất đa dạng di truyền, gồm mất các gen và các tổ hợp gen đặc thù (hoặc phức hợp gen), như mất các giống địa phương các loài thuần hóa đã thích nghi với môi trường tự nhiên, nơi nó phát sinh và phát triển.
Thuật ngữ xói mòn di truyền đôi khi sử dụng với nghĩa hẹp là mất các allel hoặc các gen và nghĩa rộng là mất các giống hay các loài
Kỹ thuật cải tiến giống cây trồng phát triển đã loại trừ những giống cơ bản hay nguồn gen gốc tạo ra giống cây trồng cải tiến đó. Hơn 10.000 năm, cây trồng đã tạo ra một số lượng lớn những kiểu gen thích nghi với các điều kiện địa phương. Những giống cây trồng này là những giống địa phương, giống cây trồng nông nghiệp do người dân chọn lọc và cây bản địa. Chúng là nguồn di truyền cho các nhà tạo giống sử dụng để cải tiến nguồn gen tạo ra các giống cây trồng chịu thâm canh và năng suất cao. Ngay sau đó các giống cải tiến năng suất cao đã thay thế các đa dạng di truyền hàng nghìn năm tạo nên. Bên cạnh đó do dân số tăng, dẫn đến đất đai được sử dụng vào sản xuất nông nghiệp mở rộng hơn để đáp ứng nhu cầu của con người làm biến mất nơi sinh sống của các loài hoang dại. Các nguy cơ trên yêu cầu nhân loại phải ngay lập tức thu thập và bảo tồn nguồn tài nguyên di truyền thực vật còn lại, nếu không chúng sẽ biến mất hoàn toàn. Thế giới cũng bắt đầu đưa ra những thuật ngữ và kỹ thuật mới là bền vững và đa dạng sinh học, đa dạng di truyền, bảo tồn nội vi (In- situ), bảo tồn ngoại vi (Ex –situ)… và chúng trở thành là một thành phần của sự bền vững trong tương lai
- Nguồn di truyền dễ tổn thương (Genetic vulnerability):
Nguồn di truyền dễ tổn thương là những loài dễ bị thay thế hay đang bị đe dọa tuyệt chủng do môi trường bất thuận, dịch bệnh và điều kiện kinh tế -xã hội khác. Nguồn tài nguyên bị mất môi trường sinh sống hoặc môi trường sinh sống bị phá vỡ, chia cắt cũng làm cho nguồn tài nguyên di truyền dễ bị tổn thương
Nguồn di truyền dễ tổn thương gây rủi ro cho nền nông nghiệp đầu tư cao để trồng cây lương thực, cây hàng hóa ở những nước phát triển. Xói mòn di truyền là sự giảm dần của đa dạng di truyền thực vật còn tổn thương di truyền là sự mỏng manh của nền tảng di truyền hẹp, canh tác độc canh trên một phạm vi rộng (sự đồng nhất của hàng triệu cây), bao trùm hàng nghìn ha. Canh tác độc canh có rủi ro cao khi gặp điều kiện bất thuận hay dịch hại, ví dụ bệnh rỉ sắt thân của lúa mì năm 1954, bệnh khô vằn ở ngô năm 1970 và nạn đói do mất mùa khoai tây ở Ai len 1840 là những minh chứng cho tính dễ tổn thương di truyền.
- Sự tuyệt chủng (Genetic wipeout):
Sự đe dọa thứ ba đến nguồn tài nguyên di truyền thực vật là sự biến mất của các loài tiềm năng đã tạo nên đa dạng nguồn tài nguyên di truyền, nó phá vỡ quần xã và ổn định của nguồn tài nguyên di truyền. Sự phá vỡ này có thể dẫn đến biến mất một số đa dạng di truyền mong muốn. Rất nhiều loài cây trồng và cây trồng hoang dại đã bị tuyệt chủng và cần thiết phải có chiến lược thu thập bảo tồn. Nghiên cứu của V. Holubec, 1997 cho thấy các loài hoang dại của bông ở châu Phi, nơi có nguồn gen bông đa dạng nhất thế giới, nhưng một số loài ngày nay có rất ít thông tin về chúng. Các loài bông địa phương này thuộc 4 nhóm gen nôm (A, B, E và F) đang bị đe dọa tuyệt chủng. Do vậy, con người cần xây dựng bản đồ phân bố,
thu thập và bảo tồn chúng. Một số loài như G. areysianum, G. incanum; G. capitis-viridis
còn rất ít thông tin và được xếp ở mức đe dọa tuyệt chủng nguy hiểm