Những nguyên nhân trên dẫn đến tình trạng suy thoái nguồn tài nguyên đất, nước và tài nguyên di truyền thực vật cũng diễn ra ngày một nghiêm trọng hơn. Thiên tai, mất mùa, bão, lũ và thời tiết bất thuận xảy ra thường xuyên và ngày càng nặng nề cũng là một hậu quả của suy thoái tài nguyên và mất đa dạng. Những hậu quả chính được tóm tắt như sau:
-Mất đa dạng sinh học do giảm nguồn gen thực vật, mất nguồn thức ăn của động vật và vi sinh vật
-Suy yếu môi trường sinh thái
-Sản xuất kém ổn định và phát triển không bền vững
-Xói mòn và suy giảm số lượng, chất lượng nguồn tài nguyên đất
-Xói mòn và suy giảm số lượng, chất lượng nguồn tài nguyên nước
-Thiên tai xảy ra khốc liệt hơn
-Phát sinh dịch bệnh và nhiều dịch bệnh mới
-Mất dần văn hóa, tập quán và kiến thức bản địa
Nông nghiệp, lâm nghiệp và nơi sinh sống của con người đòi hỏi 95% môi trường trái đất, trong khi diện tích trái đất không phát triển thêm (Lacher et al., 1999). Dân số toàn cầu ngày càng tăng, nhu cầu của con người về lương thực ngày càng cao, nhu cầu thực phẩm, nhiên liệu và các nhu cầu khác cũng tăng nhanh chóng. Con nguời khai thác tự nhiên quá mức, mở mang thêm đất trồng trọt, khai thác rừng làm nguyên liệu cho công nghiệp chế biến...Đây là nguyên nhân cơ bản nhất dẫn đến suy thoái và giảm nguồn tài nguyên, trong đó có nguồn tài nguyên di truyền thực vật.
Suy giảm nguồn gen xảy ra mạnh mẽ sau cuộc cách mạng xanh những năm 1960 do các giống cải tiến, giống ưu thế lai có năng suất cao ra đời thay thế những giống cây trồng địa phương năng suất thấp. Việt Nam cũng trong tình trạng tương tự, những giống cây trồng địa phương đặc biệt là cây lương thực như lúa, ngô suy giảm nghiêm trọng về số lượng giống và diện tích gieo trồng, nhiều giống lúa đã mất như lúa dự, lúa gié của đồng bằng sông Hồng. Các tỉnh miền núi, vùng sâu, vùng xa mức độ đa dạng giống địa phương phong phú hơn nhưng cũng đang trong tình trạng đe dọa suy giảm.
Diện tích đất canh tác giảm do dân số tăng ở miền núi cũng là một nguyên nhân quan trọng, trước đây một hộ nông dân có 3 – 4 nương canh tác, nay chỉ có 1 – 2 nương, chu kỳ luân canh các nương quá ngắn dẫn đến đất không có khả năng phục hồi độ màu mỡ. Các giống cây lương thực địa phương (lúa, ngô) không sinh trưởng, phát triển được trên đất đã nghèo kiệt, năng suất thấp. Nông dân bỏ hóa hoặc chuyển sang sử dụng cho mục đích khác, đây cũng là một nguyên nhân giảm số lượng và diện tích gieo trồng các giống địa phương ở các tính miền núi, Việt Nam
Ví dụ số lượng giống lúa ngô địa phương của huyện miền núi Điện Biên suy giảm qua 4 năm minh họa tại hình 2-2
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 2002 2003 2004 2005 Giống lúa Giống ngô
Hình 2-2 : Mức độ suy giảm giống lúa và ngô địa phương của huyện Điện Biên, tỉnh Điện Biên
qua 4 năm ( nguồn Vũ Văn Liết, Đồng Huy Giới 2006)
Nguồn gen cây trồng đã và đang suy giảm mạnh đòi hỏi con người phải có những giải pháp thu thập, bảo tồn đảm bảo cho an ninh lương thực và phát triển bền vững trong tương lai.