Mục đích của thu thập nguồn gen và phương thức lấy mẫu để xác định duy trì nó như thế nào? vật liệu nào yêu cầu nghiên cứu tiến hóa, hệ thống hóa, tế bào học, bệnh học. Thiết kế bảo tồn đồng ruộng rất quan trọng để duy trì tính toàn vẹn các thành phần, tính trạng của vật liệu bảo tồn. Nếu yêu cầu của nhà tạo giống là một vốn gen có nền biến dị rộng, có thể duy trì như một khu chứa hỗn hợp và nó sẽ cung cấp một hỗn hợp các biến dị thích nghi với điều kiện địa phương cần thiết cho cải tiến cây trồng một cách bền vững. Hệ thống dự trữ hỗn hợp cần ít lao động và chi phí để trồng và thu hoạch, quá trình tiến hóa vẫn xảy ra trong hệ thống dự trữ này. Mặc dù vậy, Marshall và Brown, 1975 ghi nhận rằng bảo tồn hỗn hợp làm giảm biến dị di truyền nhanh chóng và nguyên lý này không sử dụng để bảo tồn nguồn tài nguyên di truyền thực vật hiện nay băng phương pháp bảo tồn đồng ruộng.
Những đòi hỏi cỡ mẫu tồn trữ cây nhân giống vô tính sinh dưỡng và cây thân gỗ nên xác định 8.000 đến 20.000 hạt với cây lấy hạt, số lượng phụ thuộc vào biến dị của quần thể thu thập và tổ hợp là 4000 đến 12 000 cho nguồn gen cơ bản, 1.000 – 3.000 bản sao của nguồn gen cơ bản và 3.000 đến 5.000 mẫu của nguồn gen hoạt động. Số lượng này lớn hơn
so với số lượng thu thập đã quy định trong lượng mẫu thu thập nguồn gen, do vậy cần có quá trình nhân sau thu thập để tăng lượng hạt và vật liệu cho bảo tồn.
Diện tích đất trồng đảm bảo cho số lượng mẫu chứa đủ các biến dị di truyền của loài, một số loài, hoặc nơi có ảnh hưởng của côn trùng truyền bệnh virus trồng trong nhà có mái che điều khiển môi trường, có thể sử lưới hoặc ni lông thay thế. Những cây phát triển củ, thân bò dưới mặt đất dài và xa với gốc, trồng trong chậu để tránh lẫn vô tính nguồn gen.
Những cây trồng trên ruộng hoặc vườn ươm yêu cầu phân hữu cơ để cân bằng dinh dưỡng, ngăn ngừa sâu bệnh và tưới nước. Duy trì cây thân gỗ rễ hơn cây nhỏ dài ngày giảm thay đổi di truyền vì số lần nhân của cây dài ngày ít hơn cây ngắn ngày, do vậy giảm bớt thay đổi sau mỗi lần nhân. Những cây dài ngày yêu cầu diện tích lớn dẫn đến quần thể hạn chế và chi phí trên một cây bảo tồn cao. Trồng và thu hoặch thực hiện hàng vụ với cây ngắn ngày dẫn đến chi phí cao và lẫn giống do sai sót của con người trong quá trình quản lý đồng ruộng, thu hoạch, chế biến và bảo tồn.
Singh và Williams,1984 ghi nhận rằng với những quần thể hoang dại duy trì khó khăn hơn so với cây đã thuần hóa. Cây hoang dại khi ra hoa bao cả hoa để khỏi rơi mất hạt và có thể hạt nảy mầm ngay trên cây. Khó khăn lớn nhất cả bảo tồn cây sinh sản sinh dưỡng là bệnh virus, do vậy ngăn ngừa và kiểm tra virus trên đồng ruộng là kỹ thuật quan trọng nhất. Cán bộ bảo tồn cần phải đào tạo tốt và kỹ lưỡng để sai sót xảy ra ở mức thấp nhất trong quá trình trồng, thu hoạch, kiểm tra, phân loại, xắp xếp ngân hàng gen đồng ruộng. Hawkes và Jackson, 1992 đề nghị ngân hàng cây con cũng áp dụng với nhưng cây hạt khó làm khô. Những loài này thường có hạt lớn, nảy mầm nhanh dưới điều kiện tự nhiên. Cây con có thể sống thời gian dài dưới tán rừng điều kiện ánh sáng thấp đến khi mở tán đầy đủ.
Bảo tồn ngân hàng gen đồng ruộng có hai yếu tố ảnh hưởng mạnh là cạnh tranh quần thể và thời tiết khí hậu nơi bảo tồn. Cây trồng trong một lô hay giữa các lô có những đặc điểm tối ưu cho ánh sáng, dinh dưỡng và nước tưới cũng là một yêu cầu trong bảo tồn đồng ruộng. Thực tế chứng minh cây trồng trong điều kiện ít cạnh tranh thường cho năng suất tốt hơn khi cạnh tranh cao trên một quần thể cơ bản. Ảnh hưởng của cạnh tranh thực vật rõ nét trên các đặc điểm rễ bị ảnh hưởng của môi trường (tính trạng số lượng). Nhiều nghiên cứu chỉ ra rằng cạnh tranh quần thể ít ảnh hưởng đến tính trạng chất lượng. Hai hình thức cạnh tranh là cạnh tranh trong quần thể và cạnh tranh giữa các quần thể. Hình thức cạnh tranh thứ nhất không quan trọng đối với thử nghiệm và bảo tồn, trong khi hình thức thứ 2 ảnh hưởng rất mạnh, do vậy kỹ thuật bảo tồn đảm bảo giảm cạnh tranh đến mức tối thiểu có thể. Trong một lô thí nghiệm các cây xung quanh thường có sức sống tốt hơn ở giữa ruộng do điều kiện ánh sáng, dinh dưỡng tốt hơn, cạnh tranh kiểu này đặc biệt với loài cao cây và thời gian chín khác nhau. Mặc dù vậy, trong ngân hàng gen đồng ruộng với cây cao không cần hàng bảo vệ nhưng vẫn thu thập số liệu trên những cây ở giữa để giảm ảnh hưởng của cạnh tranh giữa các quần thể. Các yếu tố thời tiết khí hậu như lượng mưa và nhiệt độ và nhiều yếu tố khí hậu khác không giống nhau từ năm này qua năm khác và địa phương này so với địa phương khác. Các kiểu gen khác nhau có thể phản ứng khác nhau với các điều kiện này. Do vậy những số liệu 01 năm, 01 địa phương không sử dụng để đánh giá chung cho kiểu gen, đặc biệt những tính trrạng số lượng. Nhưng đối với bảo tồn ngân hàng gen đồng ruộng những kỹ thuật này không cần thiết, trừ khi đánh giá kiểu gen cho sử dụng mới cần đánh giá qua nhiều điểm, nhiều năm.
Thiên tai như bão, lũ ,hạn, ngập, rét đậm có thể gây nguy hiểm đối với bảo tồn ngân hàng gen đồng ruộng, đôi khi làm mất nguồn gen. Chọn địa điểm bảo tồn và phương án phòng chống thiên tai cho khu bảo tồn ngân hàng gen đồng ruộng là một công việc phải chuẩn bị trước khi thực hiện bảo tồn