Phân loại dựa trên phân loại thực vật được sử dụng phổ biến cho phép bảo tồn, tra cứu và sử dụng nguồn gen thuận tiện. Phương pháp này tạo ra thống nhất trên thế giới theo hệ thống của IPGRI. Phân loại theo hệ thống phân loại thực vật đảm bảo chính xác và thuận tiện trao đổi thông tin lưu trữ số lượng dữ liệu lớn. Phân loại theo trật tự từ giới đến biến chủng đến giống. Ví dụ loài hoa hồng Trung Quốc có mùi thơm, màu sắc đẹp được con người phát hiện và thuần hóa từ năm 1675 thuộc loài Rosa bracteata theo hệ thống phân loại như sau
Thuộc Giới thực vật: Plantae
Thuộc lớp 2 lá mầm : Magnoliopsida
Lớp phụ : Rosidae
Bộ -Rosales
Họ : Rosaceae
Chi: Rosa L.
Từ loài nguồn gen chia thành loài phụ (Subspecies), biến chủng (Varietas), mẫu nguồn gen (accession). Thông thường mẫu nguồn gen được số hóa để lưu trữ theo IPGRI. Ví dụ nguồn gen hoa hồng lai ở Mỹ lưu giữ hàng nhìn mẫu khác nhau ( Nguồn Dr. Eileen W. Erlanson Macfarlane, University of Michigan) và hệ thống lưu trữ ở cấp mẫu nguồn gen mô tả trong bản sau:
Bảng 2-11: Ngân hàng gen hoa hồng ở Mỹđược số hóa như sau
Accession ( mẫu)
Hybrid (Lai)
Số hoa. Quả Hạt Nảy mầm
Bố mẹ
13637 blanda x arkansana 7 5 47 10,6 North Dakota
13641 blanda x arkansana 7 6 32 37,5 Manitoba
14724 blanda x arkansana 23 19 74 4,1 Mich. Colorado
13642 blanda x Woodsii 8 5 49 73,0 Michigan, S. Dakota
14744 blanda x Woodsii 12 12 135 62,0 Michigan, Utah
14769 californica x acicularis 3 2 7 57,1 Calif., B. C.
14730 californica. x nutkana 13 13 160 50,0 Calif., Wash.