Để phối hợp và đánh giá việc thực hiện Hiệp định CEPT, Hội nghị thượng đỉnh ASEAN lần thứ tư đã quyết định thành lập hội đồng AFTA (AFTA Council). Hội đồng là một cơ quan bao gồm đại diện là các bộ trưởng từ các nước thành viên và tổng thư ký ASEAN. Hội đồng nhóm họp khi cần thiết nhưng ít nhất một năm một lần. Hội đồng có trách nhiệm báo cáo lên Hội nghị các Bộ trưởng kinh tế ASEAN (AEM). Hội nghị các quan chức cấp cao ASEAN (SEOM) có nghĩa vụ giúp Hội đồng thực hiện
định CEPT tại mỗi nước thành viên. Dưới SEOM là nhóm cơng tác lâm thời về CEPT để thực hiện AFTA (ITƯG). Nhóm cơng tác này đã được Hội nghị Hội đồng AFTA lần thứ 8 tại Băng Cốc đổi lại thành Uỷ ban điêù phối CEPT để thực hiện AFTA (CCCA). Thành viên của Uỷ ban này gồm đại diện từ các cơ quan Chính phủ khác nhau liên quan trực tiếp đến việc thực hiện Hiệp định CEPT.
Ban thư ký ASEAN có chức năng hỗ trợ cho Hội đồng AFTA, SEOM và CCCA trong việc thực hiện Hiệp định CEPT. Để thực hiện chức năng này, Ban thư ký ASEAN giám sát tiến trình và ảnh hưởng của việc thực hiện Chương trình CEPT. Mặt khác, Ban thư ký ASEAN cũng làm nhiệm vụ tập hợp tất cả các tài liệu liên quan đến việc thực hiện Chương trình CEPT.
Khu vực tư nhân được khuyến khích tham gia vào thực hiện CEPT/AFTA thơng qua Phịng thương mại và Công nghiệp ASEAN (ASEAN - CCi).
Cơ cấu tổ chức bộ máy Khu mậu dịch tự do AFTA được trình bày ở sơ đồ sau.
Hội nghị Bộ trưởng Kinh tế các nước ASEAN (AEM)
Hội đồng AFTA (AFTA Council)
Hội nghị các quan chức cấp cao ASEAN (SEOM)
Uỷ ban điều phối CEPT để thực hiện AFTA (CCCA)
Ban thư ký ASEAN (ASEAN Secretariat)
Phịng thương mại và cơng nghiệp ASEAN
(ASEAN - CCI)
Hội nghị các Bộ trưởng Kinh tế ASEAN (AEM) lần thứ 26 đã quyết định thành lập Vụ AFTA tại Ban thư ký ASEAN và các Cơ quan AFTA Quốc gia tại các nước thành viên nhằm tạo ra một mơ hình tổ chức, kênh liên lạc nối Ban thư ký ASEAN và các nước thành viên, giữa các nước thành viên với nhau đảm bảo chương trình CEPT thực hiện được thuận tiện.