Sau khi Nghị định số 95/2005/NĐ-CP được ban hành, chế độ đăng ký quyền sở hữu đối với nhà ở được Nhà nước tái công nhận. Điểm mới trong Nghị định này là ngoài việc quy định về cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, thì lần đầu tiên pháp luật cũng quy định về đăng ký cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu đối với cơng trình XD. Kể từ thời điểm này, các cơng trình XD mới được Nhà nước cơng nhận về mặt giấy tờ pháp lý, chủ sở hữu cơng trình mới có đầy đủ cơ sở pháp lý để tham gia giao dịch trên thị trường BĐS. Tuy nhiên, điểm bất
hợp lý của chính sách này là quy định một BĐS của cùng một chủ sở hữu phải có hai loại giấy chứng nhận, bao gồm: (i) GCNQSDĐ; (ii) và Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở. Điều này đã dẫn đến những phiền hà trong quá trình thực hiện, chủ sở hữu phải đến hai cơ quan khác nhau để thực hiện đăng ký một BĐS: Đối với đất thì đến cơ quan tài ngun và mơi trường (TN&MT), cịn đối với nhà thì đến cơ quan XD. Do hai cơ quan thực hiện thủ tục đăng ký quyền sở hữu nhà, đất nên vấn đề cung cấp thơng tin và quản lý BĐS gặp nhiều khó khăn. Đây là một trong những nguyên nhân làm cho hoạt động quản lý nhà nước về nhà ở, đất ở kém hiệu quả. Chính sự bất hợp lý này mà nhiều địa phương đã không thực hiện quy định của Nghị định số 95/2005/NĐ-CP. Song, để đáp ứng nguyện vọng của người dân, một số tỉnh đã “phá rào”, thay vì ghi nhận nhà ở trên GCNQSDĐ theo quy định của Luật đất đai năm 2003, chính quyền địa phương lại thực hiện cấp GCNQSDĐ và thực hiện công nhận quyền sở hữu nhà ở trong giấy chứng nhận này (một hình thức tương tự như giấy chứng nhận cấp theo Nghị định số 60/CP năm 1994).
Trước những bức xúc và đòi hỏi của người dân, Luật Nhà ở năm 2005 và Nghị định số 90/2006/NĐ-CP ngày 06 tháng 9 năm 2006 hướng dẫn thi hành Luật Nhà ở (sau đậy gọi chung là Nghị định số 90/2006/NĐ-CP) đã khẳng định thực hiện chính sách cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở đã được quy định từ năm 1994 (gọi là “Sổ hồng”). Tuy nhiên, khác với Nghị định số 60/CP trước đây, Luật Nhà ở năm 2005 quy định cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu cho cả nhà ở tại đô thị và nhà ở tại nông thôn; đồng thời áp dụng hai mẫu giấy chứng nhận quyền sở hữu cấp cho nhà ở. Theo đó, những trường hợp “chủ sở hữu nhà
ở đồng thời là chủ sử dụng đất ở và chủ sở hữu căn hộ chung cư thì được cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở” (gọi là giấy “2
quyền” áp dụng cho cả nhà và đất); còn đối với “trường hợp chủ sở hữu nhà
khác với chủ sử dụng đất thì chỉ cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở” (gọi
là giấy “1 quyền” áp dụng cho nhà ở) như đất cho mượn, cho thuê để xây dựng nhà ở, trong trường hợp này đất có nhà ở thì cấp GCNQSDĐ. Có thể khẳng định
rằng, đây là văn bản pháp lý có hiệu lực cao nhất kể từ trước tới nay quy định về vấn đề đăng ký quyền sở hữu nhà ở. Với quy định này, Nhà nước thực hiện đăng ký quyền sở hữu thông qua việc cấp cho chủ sở hữu một Giấy chứng nhận quyền sở hữu, trong đó ghi đầy đủ các thơng tin cần thiết về đặc điểm và hiện trạng của nhà ở và đất ở. Giấy chứng nhận này là cơ sở để chủ sở hữu nhà ở được Nhà nước bảo vệ khi có sự xâm phạm quyền sở hữu; đồng thời là cơ sở pháp lý để các chủ sở hữu thực hiện các quyền liên quan đến nhà ở như: thế chấp, tặng cho, mua bán nhà ở...
Một điểm đáng chú ý nữa của Luật Nhà ở năm 2005, đó là chỉ quy định đăng ký quyền sở hữu nhà ở theo hình thức tuỳ nghi (khơng bắt buộc), bởi vì Nhà nước thực hiện việc đăng ký khơng phải để xác lập quyền sở hữu cho chủ sở hữu mà chỉ thực hiện công nhận một người nào đó đã có quyền sở hữu nhà ở trên thực tế. Mặt khác, cũng do Luật Nhà ở năm 2005 khơng có quy định dừng việc đăng ký cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đối với đất có nhà ở theo quy định của Luật đất đai năm 2003, nên cũng đồng nghĩa với việc các địa phương vẫn có thể tiếp tục thực hiện việc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đối với đất có nhà ở. Đây là ngun nhân dẫn đến tình trạng khơng có sự thống nhất trong việc thực thi pháp luật. Trên thực tế vẫn có một số địa phương chỉ thực hiện quy định của pháp luật về đất đai mà không cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu theo pháp luật về nhà ở, điển hình như Thành phố Đà Nẵng, các tỉnh: Lào Cai, Điện Biên, Lai Châu, Thanh Hố...
Tóm lại: Mặc dù vẫn còn một số vấn đề đặt ra cần phải tiếp tục nghiên
cứu trong pháp luật về đăng ký quyền sở hữu nhà ở và cơng trình XD, nhưng có thể khẳng định rằng, Luật nhà ở và các văn bản hướng dẫn thi hành là những cơ sở pháp lý hết sức quan trọng để thực hiện đăng ký quyền sở hữu về tài sản gắn liền với đất, tạo điều kiện để các chủ sở hữu và những người có liên quan yên tâm khi tham gia các giao dịch về BĐS.