Quy hoạch chung xây dựng khu kinh tế cửa khẩu Thanh Thủy đến năm 2030 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 125/QĐ-TTg ngày 02/02/2012, điều chỉnh cục bộ theo Quyết định số 1077/QĐ-TTg ngày 29/8/2018 với tổng diện tích đất tự nhiên 28.781ha bao gồm 7 khu chức năng chính gắn với không gian của 7 xã: Khu trung tâm cửa khâu Thanh Thủy, khu trung tâm các xã Phong Quang, Thanh Đức, Xín Chai, Lao Chải, Phương Tiến thuộc huyện Vị Xuyên và khu trung tâm xã Phong Quang thuộc TP. Hà Giang. Tổng diện tích đất xây dựng theo quy hoạch của 7 khu chức năng là 4.428ha chiếm 15,57% diện tích tự nhiên. Đến nay, Khu kinh tế cửa khẩu Thanh Thủy đã triển khai lập, phê duyệt quy hoạch chi tiết tỉ lệ 1:500 được 2/7 khu chức năng là khu trung tâm cửa khẩu Thanh Thủy, khu trung tâm xã Phong Quang.
Đến nay, Ban Quản lý khu kinh tế chỉ mới tập trung thực hiện công tác quản lý đất đai, đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng kỹ thuật, mời gọi thu hút đầu tư tại Khu I (Khu phía bắc) khu trung tâm cửa khẩu Thanh Thủy có diện tích 152,09ha gồm các khu chức năng; khu trung tâm điều hành hoạt động cửa khẩu, khu thương mại biên giới Nà La, khu trung tâm hành chính Thanh Thủy, các trung tâm dịch vụ thương mại, hội chợ triển lãm và các khu ở với nhiều loại hình đa dạng.
Khu kinh tế cửa khẩu Thanh Thủy đến nay thu hút tổng số 41 dự án đầu tư chủ yếu tập trung tại Khu I khu trung tâm cửa khẩu Thanh Thủy và khu trung tâm xã Phong Quang. Trong đó, 31 dự án đã đi vào hoạt động, 7 dự án đang đầu tư xây dựng, 3 dự án chuẩn bị đầu tư. Các dự án tại khu kinh tế cửa khẩu Thanh Thủy chủ yếu thuộc lĩnh vực viến thông, ngân hàng, vệ sinh môi trường, kho bãi, bốc xếp, hội chợ triển lãm, kinh doanh tổng hợp, xăng dầu, cửa hàng miễn thuế, khách sạn, nhà hàng, sản xuất chế biến nông lâm nghiệp, ...
Khu trung tâm hành chính cửa khẩu Thanh Thủy đã đưa vào vận hành trạm xử lý nước thải sinh hoạt công suất 400m3/ngày đêm, tiếp nhận, xử lý nước thải sinh hoạt của trên 20 doanh nghiệp, cơ quan trên địa bàn.