Công ty cổ phần môi trường đô thị Hà Giang tổ chức thu gom, vận chuyển, xử lý chất thải rắn sinh hoạt tại thành phố Hà Giang; Trung tâm dịch vụ công cộng môi trường và cấp thoát nước các huyện tổ chức thu gom, vận chuyển, xử lý chất thải rắn sinh hoạt của các thị trấn (trừ thị trấn Vĩnh Tuy, huyện Bắc Quang chưa thực hiện). Tổng lượng chất thải rắn sinh hoạt khu vực đô thị được thu gom là 156,7 tấn/ngày, đạt 93,5% tổng lượng rác thải phát sinh. Rác thải sinh hoạt được thu gom chung (chưa tiến hành phân loại rác tại nguồn) bằng xe đẩy tay, vận chuyển đến các điểm tập kết rác và được chở bằng xe chuyên dụng đến các khu xử lý rác thải.
Chất thải rắn sinh hoạt được xử lý tại bãi rác của thành phố và các huyện; trong đó, 05 huyện thực hiện xử lý rác bằng phương pháp chôn lấp là: thành phố Hà Giang, huyện Vị Xuyên, huyện Bắc Quang, huyện Hoàng Su Phì và huyện Xín Mần (huyện Xín Mần đã xây dựng sân phơi rác và lắp đặt lò đốt rác nhưng chưa hoạt động do thiếu kinh phí và người để vận hành); 06 huyện đã xây dựng lò đốt công suất từ 250 kg/giờ đến 500 kg/giờ để xử lý rác thải phát sinh hàng ngày nhưng hoạt động chưa hiệu quả. Việc xử lý rác thải bằng phương pháp chôn lấp hiện phát sinh ô nhiễm môi trường do một số bãi chưa được đầu tư xây dựng các công trình bảo vệ môi trường theo quy chuẩn; các lò đốt rác được đầu tư trước khi ban hành Quy chuẩn QCVN 61-MT:2016/BTNMT nên chưa đảm bảo; kinh phí vận hành các bãi xử lý rác thải ít dẫn đến việc vận hành các bãi chôn lấp và các lò đốt rác thải chưa đảm bảo quy trình ảnh hưởng đến các hộ dân sống xung quanh14.