TheoQuy hoạch bảo tồn ĐDSH tỉnh Hà Giang, Hệ sinh thái đất ngập nước ở Hà Giang có diện tích 4.591,00 ha chiếm 0,57% bao gồm 2 hệ sinh thái là hệ sinh thái nước chảy và hệ sinh thái nước đứng. Hệ sinh thái nước chảy: gồm sông, suối; Hệ sinh thái nước đứng: gồm hồ, đầm.
(1) Hệ sinh thái nước chảy: Với mạng lưới sông, suối phân bố tương đối đều trên các huyện, thị. Các sông lớn ở Hà Giang đều thuộc hệ sống Hồng, mạng lưới sông tương đối dày. Bao gồm hệ thống các sông, suối phân bố trong toàn tỉnh: sông Nho Quế phân bố ở huyện Đồng Văn, Mèo Vạc; sông Miện huyện Quản Bạ, Vị Xuyên; sông Lô huyện Vị Xuyên, Bắc Quang; sông Con ở các huyện Xín Mần, Quang Bình, Bắc Quang; sông Chảy tại các huyện Xín Mần, Hoàng Su Phì; sông Bạc huyện Quang Bình; sông Gâm ở các huyện Bắc Mê, Vị Xuyên; sông Nhiệm ở các huyện Mèo Vạc, Yên Minh; sông Bản An huyện Yên Minh.
(2) Hệ sinh thái nước đứng: Hiện nay trên địa bàn tỉnh Hà Giang có 41 hồ chứa loại vừa và nhỏ (từ 0,1ha đến dưới 150ha) với tổng diện tích 1.145,6ha có khả năng phát triển thủy sản. Ngoài ra còn có một số ao được xếp vào HST nước đứng. Trong số các hồ chứa, thì huyện Mèo Vạc có 3 hồ diện tích 120ha; huyện Đồng Văn 3 hồ diện tích 4,7ha; huyện Yên Minh 2 hồ diện tích 3,5ha; huyện Xín
Mần có 2 hồ diện tích 22ha; huyện Quản Bạ 3 hồ, diện tích 5,7ha; huyện Vị Xuyên 8 hồ diện tích 409ha; huyện Quang Bình có 11 hồ diện tích 22,9ha; huyện Bắc Quang có 16 hồ với 40,0ha; thành phố Hà Giang có 1 hồ, diện tích 20ha.