* Đa dạng về loài:
Theo kết quả thống kê tại báo cáo Quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học tỉnh Hà Giang đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 cho thấy hệ thực vật và động vật trên địa bàn tỉnh Hà Giang tương đối đa dạng và phong phú về thành phần loài, chi, họ và có nhiều loài quý hiếm, cụ thể:
- Số loài thực vật: Có 1.473 loài thuộc 755 chi, 193 họ của 6 ngành thực vật bậc cao có mạch. Số loài động vật:
+ Động vật có xương sống có 463 loài thuộc 108 họ, 34 bộ, 294 giống (Thú: 84 loài thuộc 62 giống, 27 họ và 9 bộ; Chim: 189 loài, thuộc 115 giống, 47 họ và 16 bộ; Bò sát - Ếch nhái: có 56 loài bò sát ếch nhái thuộc 45 giống, 16 họ, 4 bộ; Cá: 134 loài thuộc 72 giống, 19 họ, 5 bộ)
+ Động vật không có xương sống: Côn trùng: 558 loài thuộc 448 giống, 59 họ trong 8 bộ; Động vật nổi: 91 loài thuộc 56 giống, 21 họ, 2 lớp, 2 ngành là Rotatoria; và ngành Arthropoda; Động vật đáy: 131 loài, 104 giống, 60 họ, 22 bộ, 5 ngành.
- Số loài động, thực vật quý hiếm: + Thực vật: 106 loài thực vật quý hiếm + Thú có 22 loài trong sách đỏ Việt Nam + Chim: 06 loài trong sách đỏ Việt Nam
+ Bò sát- ếch nhái: 10 loài trong sách đỏ Việt Nam + Cá: 08 loài trong sách đỏ Việt Nam.
- Các hệ sinh thái rừng: Trên địa bàn tỉnh Hà Giang có 02 hệ sinh thái rừng là: Hệ sinh thái rừng tự nhiên và hệ sinh thái nhân tạo.
- Những loài có nguy cơ tuyệt chủng trên địa bàn
+ Thực vật: Có 5 loài: Bách Vàng, Du sam núi đá, Sâm vũ, Hoàng liên chân gà, Sa mộc dầu.
+ Động vật: Thú có 13 loài: Hổ, Vọc Mũi Hếch, Gấu…; Chim có 02 loài (Hồng Hoàng + Gà lôi Tía); Bò sát ếch nhái: 01 loài (rắn hổ mang chúa).
- Những loài mới phát hiện: Ốc Bươu Vàng, Rùa tai đỏ, Hải Ly, một số loài cá cảnh, Một số loài sâu nhập cảnh làm thức ăn cho chim…Cây Mai Dương, Cây Ngân Hạnh, Cây Bạch Đàn, Thông Caribê, Keo Tai Tượng, Trúc Đài Loan, Tre măng Bát Độ…
* Đa dạng nguồn gen cây trồng, vật nuôi: Hà Giang có tới 21 loại nguồn gen vật nuôi, cây trồng đặc sản nổi tiếng bao gồm:
- Về cây trồng có 14 nguồn gen bao gồm: 5 nguồn gen cây lương thực như lúa Khẩu Mang, lúa Già Dui, lúa nếp Râu Yên Minh…; 06 nguồn gen cây ăn quả như hồng không hạt Quản Bạ, cam sành Hà Giang, lê đường Hà Giang… và 3 nguồn gen cây công nghiệp như chè Shan Lũng Phìn, chè Shan Cao Bồ…
- Về động vật nuôi có 7 nguồn gen: gà Xước, gà chân đen, gà chân lông, gà không phao câu, lợn hung, lợn đen Lũng Pù, bò H'Mông.
Ngoài ra, theo Quyết định số 80/2005/QĐ-BNN, ngày 05/12/2005 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tỉnh Hà Giang có 15 nguồn gen cây trồng quý hiếm cần bảo tồn như: qua lâu trứng, hồng bì, mướp đắng, mướp khía, cam sành, quýt chum, lê đường, lúa Khẩu mang, hồng không hạt Quản Bạ, mận hậu, chè shan Cao Bồ, chè shan Chất Tiền, chè shan Lũng Phìn... Còn theo Quyết định số 88/2005/QĐ-BNN, ngày 27/12/2005 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thì tỉnh Hà Giang có 1 nguồn gen vật nuôi là bò H'Mông cần được bảo tồn.