Hiện nay, việc xây dựng quy hoạch sử dụng biển theo cách tiếp cận không gian vẫn còn tương đối mới ở Việt Nam. Các quy hoạch khai thác, quản lý và sử dụng tài nguyên biển vẫn còn mang nặng tính đơn ngành, thiếu sự cân nhắc và phối hợp giữa các ngành. Mặc dù hầu hết các Bộ, ngành, trung ương và địa phương đã có các quy hoạch từ tổng thể đến chi tiết, hầu hết các quy hoạch đều rơi vào tình trạng bị chia cắt trong sơ đồ quản lý do sự phân công nhiệm vụ khác nhau giữa các bộ, ngành. Quy hoạch nhiều nhưng thiếu đồng bộ, thiếu thống nhất, chưa khớp nối hài hoà với nhau và vẫn chưa đạt được mục tiêu dẫn đường cho khai thác và phát triển bền vững tài nguyên biển và vùng bờ. Quá trình xây dựng quy hoạch cũng chưa cân nhắc đến nhu cầu sử dụng không gian biển của các ngành theo lộ trình thời gian.
Công tác thẩm định quy hoạch không độc lập, thiếu tập trung, có quá nhiều quy hoạch phát triển ngành được lập và thẩm định riêng rẽ dẫn đến sự chồng chéo/mâu thuẫn giữa các ngành kinh tế trong việc sử dụng không gian ven biển và chồng chéo/mẫu thuẫn trong hoạt động khai thác và bảo tồn tài nguyên, môi trường biển. Có những địa điểm vừa quy hoạch phát triển khu du lịch vừa quy hoạch xây dựng cảng biển như cụm đảo Hòn Khoai hay vừa quy hoạch phát triển NTTS (nuôi nghêu) vừa quy hoạch phát triển điện gióở xã Đất Mũi,huyện Ngọc Hiển,hay vừa quy hoạch phát triển 3 loại rừng vừa quy hoạch nuôi tôm công nghiệp ở ấp Tân Hải, Thị trấn Cái Đôi Vàm huyện Phú Tân,...