Nghệ An thuộc xứ Trung Kì, nghĩa là thuộc dới quyền cai trị của chính phủ Nam Triều và chính phủ bảo hộ Pháp. Bộ máy thống trị của thực dân Pháp ở Nghệ An đợc tổ chức giống nh một số tỉnh khác của xứ bảo hộ Trung Kì.
Đứng đầu tỉnh là toà sứ, đứng đầu toà sứ là một công sứ, song song với công sứ Pháp, thay mặt cho chính phủ Nam Triều có quan Tổng đốc An - Tĩnh.
Giúp việc cho quan công sứ có quan phó sứ (giúp việc văn phòng và chủ sự kho bạc), quan lí ở Phủ Quỳ, quan Chánh sở liêm phóng. Dới toà sứ là các sở chuyên môn: sở cẩm, sở trớc bạ, lục lộ (coi việc giao thông xây dựng), đoan (đánh thuế gián thu), sở nông chính trông coi việc trồng trọt, sở lâm chính, công chính, thơng chính, bu chính, các quan lơng y, thú y, các giám binh đồn lính, quan toà án Tây và chức việc ngời an nam.
Giúp việc cho tổng đốc có các bố chánh, giữ việc tài chính coi số dân đinh việc su thuế, điền thổ, tế tự, bảo tồn, thổ trạch... Quan án sát trong coi hình
pháp, đốc học coi việc giáo dục, lãnh binh coi việc trật tự trị an. Dới cùng có thông phán, kinh lịch và một số thừa phái, lục sự giúp việc.
Mối quan hệ giữa hai cơ quan cai trị và phong kiến là mối quan hệ lệ thuộc. Mọi việc lớn hay nhỏ của cơ quan cai trị Nam Triều ở Nghệ An đều phải trình và đợc “toà sứ” duyệt phê mới có giá trị thực hiện. Điều đó chứng tỏ sự lệ thuộc của nhà nớc phong kiến Nam Triều vào chính quyền thực dân. Với sự tồn tại hai hệ thống chính quyền này, thực dân Pháp vừa thâu tóm quyền lực vừa đồng thời duy trì chính quyền quân chủ tạo ra bộ máy tay sai làm công cụ cho chúng. Trớc tình hình đó, Nghệ An có những thay đổi về mặt hành chính: “Tới năm 1896, sau khi dẹp xong cuộc khởi nghĩa Phan Đình Phùng, Hà Tĩnh chỉ còn 2 phủ, 6 huyện, tỉnh Nghệ An có 5 phủ huyện. Từ đó, các khu vực hành chính của Hà Tĩnh gần nh ổn định, chỉ có tỉnh Nghệ An theo từng bớc phát triển mới bởi công cuộc khai thác thuộc địa lần thứ nhất của thực dân Pháp mà trong thời kì đó có một số điều chỉnh về hành chính” [9, 285]. Đó là vào năm 1899, để nắm chắc hơn miền Tây - Nghệ An, bọn thực dân đã cho thành lập tại Cửa Rào (Tơng Dơng) một đại lí hành chính. Tiếp đó, chúng cho lập thị xã Vinh với đầy đủ các khoản ngân sách riêng. Năm 1902, chúng đặt ở Diễn Châu một đại lí của công sứ Nghệ An, đến năm 1907 thấy không có lợi mới bãi miễn. Để nắm chắc đồng bào các dân tộc ít ngời ở miền Tây - Nghệ An, năm 1907 chúng chia phủ Quỳ Châu thành hai đơn vị hành chính: huyện Nghĩa Đàn và phủ Quỳ Châu. Đến năm 1914, do sự mở rộng của khu vực công nghiệp, thị trấn Bến Thuỷ đã đợc đổi thành thị xã Bến Thuỷ ngang hàng với thị xã Vinh. Năm 1917, cùng với việc đặt tuyến đờng sắt Hà Nội - Vinh - Đông Hà chúng cho lập thêm đơn vị hành chính mới là thị xã Trờng Thi tơng đơng với thị xã Vinh, Bến Thuỷ. Đến ngày 10 - 12 - 1927, 3 trung tâm thị xã Vinh, Bến Thuỷ, Trờng Thi đợc nhập lại thành thành phố Vinh - Bến Thuỷ.
Cho đến năm 1936, đơn vị hành chính của Nghệ An gồm: 11 phủ huyện, trong đó có 3 phủ và 6 huyện ở trung châu và hai phủ ở thợng du và một thành phố lớn Vinh - Bến Thuỷ
Theo bảng thống kê của Toà Khâm sứ Trung Kì thì năm 1936, dân số toàn tỉnh Nghệ An có 681.002 ngời, trong đó ngời Việt 650.000 ngời, ngời Thái và ngời Mờng 30.000 ngời, các kiều dân 622 ngời, ngời Pháp 380 ngời.