Nhãn hiệu chứng nhận và chỉ dẫn địa lý đều là đối tượng SHCN được bảo hộ và đều được dùng để chỉ dẫn nguồn gốc sản phẩm. Khoản 22 Điều 4 Luật SHTT 2005 quy định: "Chỉ dẫn địa lý là dấu hiệu dùng để chỉ sản phẩm có nguồn gốc từ khu vực, địa phương, vùng lãnh thổ hay quốc gia cụ thể" [30].
gốc, xuất xứ địa lý của sản phẩm trong khi đó, NHCN cũng có chức năng này. Vì vậy, thật sự cần thiết, phải có sự phân biệt rõ ràng giữa hai đối tượng này cũng như chế độ bảo hộ đối với chúng.
Trước hết, NHCN và chỉ dẫn địa lý có những điểm chung nhất định: Cả NHCN và chỉ dẫn địa lý đều thuộc nhóm chỉ dẫn thương mại, gắn liền với các sản phẩm hàng hóa. NHCN về đặc tính xuất xứ của hàng hóa, dịch vụ và chỉ dẫn địa lý đều có chức năng cung cấp thông tin về nguồn gốc sản phẩm. Cả hai đối tượng này đều có thể được sử dụng bởi nhiều cá nhân, tổ chức kinh doanh sản phẩm hàng hóa, dịch vụ, miễn là họ đáp ứng được các tiêu chuẩn nhất định. Chẳng hạn với NHCN là việc đáp ứng được các điều kiện đề ra trong quy chế như về nguồn gốc xuất xứ, về nguyên vật liệu, về phương thức sản xuất, về chất lượng sản phẩm... Còn với chỉ dẫn địa lý yếu tố được nhấn mạnh là nguồn gốc, uy tín, danh tiếng của hàng hóa, tính đặc thù của điều kiện địa phương và mối quan hệ nhân quả giữa các yếu tố này để tạo nên danh tiếng của hàng hóa, dịch vụ.
Tuy nhiên, NHCN và chỉ dẫn địa lý cũng có những khác biệt cơ bản như sau:
Một là, NHCN giúp người tiêu dùng xác định được các đặc tính về xuất xứ, nguyên liệu, vật liệu, cách thức sản xuất hàng hóa, cách thức cung cấp dịch vụ, chất lượng, độ chính xác, độ an toàn hoặc các đặc tính khác của hàng hóa, dịch vụ mang nhãn hiệu. Trong khi đó, chỉ dẫn địa lý lại giúp người tiêu dùng xác định một khu vực địa lí cụ thể mà trên đó một hoặc một số cá nhân, tổ chức có hoạt động sản xuất kinh doanh, sản xuất hàng hóa mang chỉ dẫn địa lý đó và các sản phẩm của họ có chất lượng đặc thù.
Hai là, NHCN không bắt buộc phải chứa đựng những thông tin về nguồn gốc địa lý của sản phẩm. Ngược lại, với chỉ dẫn địa lý, dấu hiệu thông tin về nguồn gốc địa lý của sản phẩm lại là điều kiện bắt buộc để sản phẩm đó được bảo hộ.
Ba là, về các dấu hiệu được bảo hộ: NHCN là dấu hiệu nhìn thấy được dưới dạng chữ cái, từ ngữ, hình vẽ, hình ảnh kể cả hình ảnh ba chiều hoặc sự kết hợp các yếu tố đó, được thể hiện bằng một hoặc nhiều màu sắc. Dấu hiệu từ ngữ được bảo hộ với danh nghĩa NHCN có thể là từ ngữ bất kỳ, kể cả những từ ngữ không có nghĩa. Trong khi đó, với chỉ dẫn địa lý dấu hiệu được bảo hộ có thể là từ ngữ, thường phải là từ có nghĩa, tức phải đọc được thành tiếng, phải chỉ dẫn đến một khu vực địa lý nhất định. Ví dụ: Nước mắm Phú Quốc, Yến Sào Khánh Hòa, Gạo tám Điện Biên… Chỉ dẫn địa lý cũng có thể là các dấu hiệu hình ảnh hoặc biểu tượng mô tả một khu vực địa lý. Tuy nhiên, những hình ảnh hoặc biểu tượng này phải thực sự nổi tiếng và được biết đến rộng rãi thì mới bảo đảm được chức năng chỉ dẫn về nguồn gốc sản phẩm.
Bốn là, cá nhân, tổ chức sử dụng NHCN là những người cùng sản xuất, kinh doanh sản phẩm, tuân thủ theo quy chế sử dụng, có thể là các doanh nghiệp ở các tỉnh thành khác nhau và không bị giới hạn phạm vi thực hiện hoạt động kinh doanh ở một địa phương nhất định. Trái lại, người sử dụng chỉ dẫn địa lý thì phải là những cá nhân, tổ chức sản xuất, kinh doanh sản phẩm tại địa phương gắn liền với chỉ dẫn đó.
Năm là, đối với NHCN, chủ sở hữu nhãn hiệu được độc quyền sử dụng, có quyền định đoạt đối với nhãn hiệu và nghiêm cấm người khác sử dụng hoặc cho phép người khác sử dụng nhãn hiệu mà mình đã đăng ký bảo hộ. Còn chỉ dẫn địa lý là đối tượng không được độc quyền sử dụng, vì vậy người sử dụng chỉ dẫn địa lý không được độc quyền chiếm hữu, định đoạt mà chỉ có quyền sử dụng.
Sáu là, với NHCN quyền sở hữu được bảo hộ hữu hạn trong 10 năm và có thể gia hạn nhiều lần liên tiếp. Còn chỉ dẫn địa lý được bảo hộ không xác định thời hạn.
Có thể thấy, NHCN và chỉ dẫn địa lý có một mối tương quan khá sâu sắc. Một NHCN có thể hàm chứa chỉ dẫn địa lý hoặc một chỉ dẫn địa lý được bảo hộ như một loại NHCN. Đặc biệt khi NHCN được đăng ký với chức năng
chứng nhận đặc tính xuất xứ của hàng hóa dịch vụ, thì ở một khía cạnh nào đó, NHCN tương đồng với chỉ dẫn địa lý. Vì thế, không ít quốc gia trên thế giới đã thực hiện việc bảo hộ chỉ dẫn địa lý dưới hình thức NHCN, trong đó điển hình là Hoa Kỳ.