Từ hệ thống đánh giá, căn cứ định mức theo số biên chế được giao và chức năng, nhiệm vụ cụ thể hàng năm của đơn vị, các cơ quan quản lý hành chính nhà nước lập dự toán NSNN. Dự toán được lập trên cơ sởsố biên chế được giao và định mức chi cho một biên chế. Ngoài ra, với những nhiệm vụ có tính chất đột xuất, không thường xuyên được giao, cơ quan sẽ xây dựng dự toán chi không thường xuyên và được cấp kinh phí không tự chủ. Như vậy, tổng kinh phí tự chủ sẽ được ổn định, chỉ khi có sự thay đổi về biên chế và chức năng nhiệm vụ thì kinh phí tự chủ mới được điều chỉnh. Điều đó sẽ tạo sự chủ động cho đơn vị, không phải xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ hàng năm mà chỉ xây dựng quy chế một lần và điều chỉnh, bổ sung khi chế độ, chính sách của Nhà nước, biên chế hay chức năng, nhiệm vụ của đơn vị có thay đổi. Tuy nhiên, trong nền kinh tế thị trường, một yếu tố thường xuyên tác động đến sự thay đổi chi tiêu của đơn vị đó là mức độ lạm phát, và sự lạm phát sẽ cuốn đi một phần đáng kể khoản tiết kiệm của đơn vị, đồng nghĩa với việc thu nhập tăng thêm không đáng kể, mặc dù tinh thần và thái độ làm việc của CBCC trong năm rất tích cực. Điều này nếu không được giải quyết thỏa đáng sẽ triệt tiêu động lực lao động. Phương cách tốt nhất là thay đổi phương thức khoán kinh phí theo hai nội dung: chi cho cá nhân (quỹ lương, các khoản chi theo lươngvà chi bồi dưỡng nghiệp vụ chuyên môn) thực hiện như cơ chế hiện hành; chi phí về vật liệu được cộng thêm phần lạm phát kỳ vọng hàng năm.