Nguồn kinh phí cơ quan hành chính thực hiện chế độ tự chủgồm (1) ngân sách nhà nước cấp; (2) các khoản thu về phí, lệ phí được để lại theo chế độ quy định; (3) các khoản thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật.
Thứ nhất, kinh phí NSNN cấp cho các cơ quan thực hiện chế độ tự chủ được xác định và giao hàng năm, bao gồm:
- Khoán quỹ tiền lương và chi hoạt độngchi thường xuyên.
+ Quỹ lương khoán được xác định theo hai yếu tố. Đó là(1) số lao động trong biên chế và lao động hợp đồng được giao trên cơ sở vị trí công việc; (2) mức lương theo ngạch bậc và các khoản phụ cấp, các khoản đóng góp tính theo lương.
+ Khoán chi hoạt động thường xuyênđược xác định theo hai yếu tố. Đó là (1) biên chế được giao; (2) định mức phân bổ ngân sách hiện hành.
- Chi mua sắm tài sản, trang thiết bị, phương tiện làm việc, sửa chữa thường xuyên tài sản cố định.
- Các khoản chi hoạt động nghiệp vụ đặc thù thường xuyên.
Khoản kinh phí chi hoạt động nghiệp vụ đặc thù thường xuyên chỉ được giao thực hiện tựchủ đối với những hoạt động nghiệp vụ đặc thù thường xuyên mà tại thời điểm phân bổ, giao dự toán NSNN hàng năm theo quy định đã có dự toán chi tiết theo khối lượng công việc và tiêu chuẩn, chế độ định mức quy định, được cơ quan chủ quản thẩm tra tổng hợp trong phương án phân bổ giao dự toán.
Thứ hai, Phần thu phí, lệ phí được để lại để trang trải chi phí trong quá trình thực hiệnthu phí, lệ phívà các khoản thu khác.
Việc xác định mức phí, lệ phí trích để lại được căn cứ vào các văn bản do cơ quan có thẩm quyền quy định.
Thứ ba, Các khoản thu khác được để lại cho cơ quan theo quy định của pháp luật.