Công tác tham mưu trong thời gian qua đã đạt được những thành tích quan trọng góp phần nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước đối với hoạt động tôn giáo, nhưng vẫn còn những hạn chế nhất định. Phần lớn cán bộ tham mưu chưa tích cực chưa chủ động nắm sát cơ sở có thói quen chờ đợ sự chỉ đạo của cấp trên, một số địa phương chưa quan tâm đến công tác tôn giáo làm cho cán bộ ở cơ quan chuyên trách chủ quan, lơ là chức trách của mình, khi có sự việc đột xuất xảy ra cần tham mưu để giải quyết lại không nắm rõ tình hình diễn biễn của vụ việc một số cán bộ chuyên trách tôn giáo cho rằng tham mưu chỉ là những công việc mang tính chất hành chính, tổng hợp mà chưa thực sự chú trọng đến vai trò tham mưu. Do đó, đối mới tăng cường công tác tham mưu trong quản lý nhà nước bằng pháp luật đối với hoạt động tôn giáo là cần thiết.
Để dổi mới tăng cường công tác tham mưu trước hết cần duy trì cơ quan tham mưu như hiện nay, nhưng chức năng chủ yếu phải được tăng cường bổ sung cho sát với tình hình thực tiễn. Đặc biệt là tăng trên thẩm quyền về chủ đạo nghiệp vụ chuyên môn, thẩm quyền trong phối hợp thực hiện nhiệm vụ giữa các cơ quan tổ chức. Đồng thời tạo cơ chế thông thoáng cho công tác tự kiểm tra và đôn đốc cấp dưới và tăng cường chế độ trách nhiệm về những cộng việc mà mình phụ trách, tạo cơ chế để cá nhân phát huy tính năng động sáng tạo trong thực thi nhiệm vụ.