Bên cạnh những kết quả đạt được, pháp chế xã hội chủ nghĩa trong quản lý nhà nước bằng pháp luật đối với hoạt động tôn giáo ở tỉnh Quảng Ngãi vẫn còn tồn tại một số hạn chế cần sớm khắc phục.
Thứ nhất, công tác tuyên truyền, phổ biến chủ trương của Đảng và chính sách,
pháp luật của nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo nhất là Nghị quyết số 25 NQ/TW ngày 12/3/2003 “về công tác tôn giáo”, pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo năm 2004, nghị định số 22/2005/ NĐ-CP, chỉ thị số 01/2005/CT-TTG chủ yếu được tổ chức theo đợt mà chưa có tính chất thường xuyên, liên tục, một số hội nghị tuyên truyền, phổ biến chất lượng chưa cao, nội dung cách thức tuyên truyền chưa thực sát hợp với đối tượng. Do hạn chế cuộc việc triển khai, một số cán bộ vẫn chưa hiểu hết tinh thần của pháp luật, nghị định, chỉ thị nên tổ chức quá trình thực hiện còn gặp nhiều lúng túng.
Thứ hai, chương trình công tác tôn giáo của các ngành các địa phương có nơi chưa
bám sát chương trình hành động của tỉnh ủy, ủy ban nhân dân tỉnh về thực hiện nghị quyết TW 7 (khóa IX), công tác tham mưu đề xuất chủ trương, biện pháp xử lý tình hình tôn giáo ở một số địa phương và ngành còn chậm, chế độ thông tin, báo cáo giữa các cấp, ngành về tôn giáo có lúc chưa kịp thời, quan điểm giải quyết một số vấn đề vè tôn giáo thiếu thống nhất.
Thứ ba, công tác tổ chức cán bộ làm công tác tôn giáo chưa được các cấp thật sự
quan tâm, nhất là bộ máy làm công tác tôn giáo ở cấp huyện, thành phố, cán bộ làm công tác tôn giáo ở các địa phương vừa thiếu lại vừa yếu, hầu hết là cán bộ kiêm nhiệm, không được đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ về tôn giáo và thường xuyên bị thay đổi nên việc nghiên cứu chủ trương, đường lối, chính sách tôn giáo của Đảng và Nhà nước chưa sâu, dẫn đến công tác tham mưu khi giải quyết vụ việc không đạt hiệu quả cao.
Thứ tư, sự phối hợp giữa Sở Nội vụ với các hội, đoàn thể theo chương trình phối hợp đã ký kết liên tịch còn hạn chế, chưa phát huy tác dụng, việc giải quyết một số vấn đề tôn giáo chưa thật sự chặt chẽ, kịp thời.
Thứ năm, công tác thông tin trong nội bộ ngành còn hạn chế, không kịp thời, thậm
chí có địa phương không thông tin báo cáo sự việc xẩy ra.
Thứ sáu, cán bộ làm công tác tôn giáo từ cấp tỉnh đến cơ sở chưa được đào tạo căn
bản, khoa học mà chỉ mới bồi dưỡng tập huấn nghiệp vụ đơn giản.
Thứ bảy, các cấp, các ngành các tổ chức chính trị, xã hội trong hệ thống chính trị
chưa thường xuyên coi trọng việc vận động quần chúng thực hiện nghiêm túc chủ trương, chính sách của Đảng và nhà nước về tôn giáo, chưa chú trọng trong việc vận động xây dựng lực lượng nòng cốt, cốt cán trong chức sắc, tín đồ các tôn giáo nhằm chủ động giải quyết những vụ việc phát sinh trong từng tôn giáo.
Công tác quản lý các hoạt động tôn giáo còn bị động cứng nhắc, nặng về giải quyết sự vụ, vụ việc, việc nắm tình hình chưa sâu sá dẫn đến xử lý chậm, có những địa phương quan tâm đến nhu cầu chính đáng của các tôn giáo, việc hướng dẫn cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các cơ sở tôn giáo vẫn chưa được một số địa phương thực sự quan tâm.
Thứ tám, việc thực hiện chương trình, nội dung làm việc hàng tháng với các tổ
chức tôn giáo trên địa bàn tỉnh chưa đúng theo định kỳ đã thống nhất trước đó, có lúc còn bị động.