Quán triệt tinh thần Nghị quyết 25/NQ-TW ngày 12/3/2003 của Ban chấp hành Trung ương Đảng khóa IX về công tác tôn giáo, Tỉnh ủy, UBND tỉnh đã kịp thời lãnh đạo, chỉ đạo các cấp, các ngành tổ chức triển khai quán triệt, học tập các Nghị quyết, Chỉ thị liên quan đến vấn đề tôn giáo, các văn bản pháp luật về tôn giáo như: Nghị quyết 24/NQ- TW ngày 16/10/1996 của Bộ Chính trị về tăng cường công tác tôn giáo trong tình hình mới; Nghị quyết 25/NQ-TW ngày 12/3/2003 của Ban chấp hành Trung ương Đảng khóa IX về công tác tôn giáo; Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo năm 2004; Nghị định số 22/2005/NĐ-CP ngày 01/3/2005 của Chính phủ hướng dẫn thi hành một số điều của pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo; Chỉ thị số 01/2005/CT-TTg ngày 04/02/2005 của Thủ tướng Chính phủ về một số công tác đối với đạo tin lành, đã tạo bước chuyển mới về nhận thức cho cán bộ, đảng viên và đồng bào có đạo. Từ đó thực hiện nhất quán chủ trương của Đảng và Chính sách của Nhà nước về tự do tín ngưỡng, tôn giáo và không tín ngưỡng, tôn giáo của nhân dân; cụ thể:
Năm 2005: Tổ chức 6 lớp trong đó một lớp do Ban chỉ đạo công tác tôn giáo của Tỉnh ủy Quảng Ngãi tổ chức mỗi lãnh đạo Ban dân vận Trung ương, Ban tôn giáo Chính phủ triển khai, quán triệt cho cán bộ chủ chốt các cấp, cán bộ làm công tác tôn giáo từ tỉnh đến xã; 05 lớp do Ban Tôn giáo tỉnh phối hợp với UBND các huyện, ban dân tộc tỉnh, trường Chính trị, Hội liên hiệp phụ nữ, Tỉnh đoàn, Bộ đội biên phòng tỉnh tổ chức triển khai cho cán bộ chủ chốt cấp huyện, xã, phường, thị trấn và các hội đoàn thể.
Năm 2006, Ủy ban nhân dân tỉnh phối hợp với Ban tôn giáo Chính phủ tổ chức mở 02 lớp tập huấn triển khai phổ biến pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo và Nghị định hướng dẫn thi hành pháp lệnh trong đó: 01 lớp dành cho chức sắc tôn giáo trên địa bàn tỉnh Quảng Ngãi; 01 lớp cho cán bộ chủ chốt, cán bộ an ninh, cán bộ làm công tác tôn giáo từ tỉnh đến xã.
Thực hiện chỉ đạo của Ủy ban nhân dân tỉnh, Ban tôn giáo tỉnh đã phối hợp với Bộ chỉ huy Quân sự tỉnh (cơ quan thường trực hội đồng giáo dục quốc phòng tỉnh) tổ chức 02 lớp phổ biến, tuyên truyền pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo và giáo dục cho chức sắc tôn giáo cần nêu cao cảnh giác trước những luận điệu xuyên tạc của kẻ thù.
Năm 2007, Ủy ban nhân dân tỉnh đã giao cho Ban tôn giáo tỉnh (nay thuoc Sở Nội vụ) tổ chức 13 lớp phổ biến các văn bản pháp luật của nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo cho chấp sự và tín hữu thuộc hệ phái Tin lành Việt Nam ở tỉnh Quảng Ngãi; 04 lớp cho chức sức, chức viên thuộc truyền giáo cao đài trên địa bàn tỉnh và 8 lớp cho chức sắc, chức việc ban đại diện phật giáo các huyện, thành phố.
Năm 2008, Sở Nội vụ tỉnh Quảng Ngãi đã tổ chức nhiều lớp tập huấn triển khai, quán triệt Nghị quyết 25, pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo và một số văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến tôn giáo như:
Phối hợp với Ủy ban nhân dân các huyện, tỉnh đoàn, Ban dân tộc, Hội liên hiệp phụ nữ tỉnh tổ chức tập huấn triển khai các văn bản trên và Chỉ thị số 01/2005/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ về một số công tác đối với đạo Tin lành, trước tình hình các thế lực thù địch đang âm mưu lợi dụng tôn giáo vì mục đích chính trị cho cán bộ chủ chốt cấp huyện, xã, phường, thị trấn và các hội đoàn thể.
Mỗi Ban Tôn giáo Chính phủ tổ chức mở 2 lớp bồi dưỡng công tác tôn giáo năm 2008 cho cán bộ chủ chốt từ tỉnh đến cơ sở. Trong đó 01 lớp cho lãnh đạo và cán bộ làm
công tác tôn giáo của Ban ngành, mặt trận, dân vận, hội đoàn thể cấp tỉnh và huyện; 01 lớp cho cán bộ chủ chốt, cán bộ an ninh, cán bộ làm công tác tôn giáo cấp xã, phường, thị trấn.
Đã tổ chức 03 lớp phổ biến các văn bản quy phạm pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo cho chức sắc, chức việc của ban đại diện phật giáo các huyện, thành phố.
Ngoài các lớp tổ chức tập trung, Sở Nội vụ cũng đã thông qua các kỳ sinh hoạt tập trung của các tôn giáo như Hội đồng bồi linh, bồi dưỡng giáo lý, an cư kiết hạ, hội nghị sơ kết, hội nghị cư sĩ phật tử (phật giáo) … báo cáo tình hình kinh tế – xã hội và phổ biến pháp lệnh tín ngưỡng, tà giáo và Nghị định hướng dẫn thi hành pháp lệnh, các chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước đối với tôn giáo để nâng cao nhận thức cho chức sắc và các tín đồ tôn giáo.